全部分类
山新杨基因组三代测序及分析、柳树蛋白组分析验证等项目招标公告【11-3下午2:30】
招标江苏
发布时间：2017-10-27
招标内容
南京林业大学就山新杨基因组三代测序及分析、柳树蛋白组分析验证项目、花色差异蛋白组和转录组、杨柳树自然群体重测序、杨树基因敲除库的构建行招标采购，欢迎具备独立法人资格以及相关资质的生产供应厂商报名，参与竞争。
一、项目名称和编号及简要说明：
NLZB2017197-山新杨基因组三代测序及分析、柳树蛋白组分析验证项目、花色差异蛋白组和转录组、杨柳树自然群体重测序、杨树基因敲除库的构建
包号
仪器设备名称
数量（台/套）
1
山新杨基因组三代测序及分析
1
2
柳树蛋白组分析验证项目
一批
3
花色差异蛋白组和转录组
1
4
杨柳树自然群体重测序
200
5
杨树基因敲除库的构建
1
二、投标人的基本条件:
1、投标人参加本次采购活动应当具备《政府采购法》第22条规定之条件供应商或厂商；
2、投标人是独立法人资格，上一年度年检合格，具有独立承担民事责任的能力，具有本次投标项目的经营许可，有能力提供本次采购项目货物，具有售后服务能力及措施；
3、投标人应具有所投产品的生产厂家授权或相关产品的代理资质；
4、具有良好的经营行为，文明经营，诚实守信且有良好的经营业绩；
5、本次招标不接受联合体供应商参加投标。
报名时需提交的资料：
（一）生产厂家的授权委托书（原件）
（二）企业营业执照（原件）；
（三）法定代表人授权书（原件）；
（四）被授权人代表身份证，企业法人代表身份证复印件；
以上资料需另带复印件加盖公章，一式一份，于规定日期内提交。
三、采购文件的获取和方法：
投标申请人于2017年10月27日至2017年11月2日在线下载招标文件并将公司全称、参加标段、投标人姓名及联系方式等信息发送至邮箱:njfuzbb@126.com。
投标商需于2017年10月27日至2017年11月2日（上午8：00—12：00；下午2:00-5:30，节假日除外)到南京林业大学招标办公室进行资格预审并现场购买标书，招标文件售价：人民币壹佰元整/份，现金支付。文件售后一概不退。
将以上报名时需提交的资料（复印件加盖红章）装订成册（原件备查），凡不按要求提供相关材料的，视为资格预审不合格。
地点：南京林业大学行政4号楼305、307室。
四、投标文件递交时间、地点：
1、投标文件接收时间：2017年11月3日 下午2:00-2:30
2、投标文件接收地点：南京林业大学行政4号楼一楼招标会议室
3、投标文件接收人：招标办工作人员
五、开标时间及地点：
1、开标时间：2017年11月3日 下午2:30
2、开标地点：南京林业大学行政4号楼一楼招标会议室
六、投标保证金：
投标保证金金额为叁仟元整。交纳形式必须为有效银行本票（同城）或银行汇票（异地）或现金（建议）。
保证金有效期：投标保证金应在投标有效期截止日后五天内保持有效。如成交则在货物交付后无利息退回；如未成交，则在评标结束后无利息退回。
投标保证金须在投标文件递交截止时间之前交校招标办，地点：南京林业大学行政4号楼一楼招标会议室
七、本次招标相关事项联系人：
南京林业大学招标办公室
陈老师 夏老师 於老师
联系电话：025-85427390；025-85427077；025-85427252（技术咨询专用）
招标文件下载：NLZB2017197山新杨基因组三代测序及分析、柳树蛋白组分析验证项目、花色差异蛋白组和转录组、杨柳树自然群体重测序、基因组编辑.doc
南京林业大学招标办公室
2017年10月27日
南 京 林 业 大 学
仪器设备采购招标文件
申请编号 NLZB2017197
招标项目名称山新杨基因组三代测序及分析柳树蛋白组分析验证项目花色差异蛋白组和转录组杨柳树自然群体重测序杨树基因敲除库的构建
南京林业大学招标办公室
2017年10月24日
目 录
TOC o 13 h z u HYPERLINK l Toc367622804 供应商须知表 PAGEREF Toc367622804 h 3
HYPERLINK l Toc367622805 招标文件 PAGEREF Toc367622805 h 4
HYPERLINK l Toc367622806 一采购范围 PAGEREF Toc367622806 h 4
HYPERLINK l Toc367622807 二采购数量及主要技术参数及要求 下划线或星号为核心指标要求 PAGEREF Toc367622807 h 4
HYPERLINK l Toc367622808 三评标办法 PAGEREF Toc367622808 h 8
HYPERLINK l Toc367622809 四付款方式 PAGEREF Toc367622809 h 9
HYPERLINK l Toc367622810 五响应说明 PAGEREF Toc367622810 h 9
HYPERLINK l Toc367622811 六投标响应文件 PAGEREF Toc367622811 h 10
HYPERLINK l Toc367622812 一 供货一览表分包 PAGEREF Toc367622812 h 10
HYPERLINK l Toc367622813 二响应报价表 分包 PAGEREF Toc367622813 h 11
HYPERLINK l Toc367622814 三 技术参数响应与偏离表 PAGEREF Toc367622814 h 12
HYPERLINK l Toc367622815 四 服务承诺培训承诺 PAGEREF Toc367622815 h 12
HYPERLINK l Toc367622816 五 资格证明文件按照谈判文件第五款 PAGEREF Toc367622816 h 13
HYPERLINK l Toc367622817 格式1 工商营业执照 PAGEREF Toc367622817 h 13
HYPERLINK l Toc367622818 格式2 法定代表人授权书 PAGEREF Toc367622818 h 13
HYPERLINK l Toc367622819 附件合同格式 PAGEREF Toc367622819 h 14
供应商须知表
序号内 容1项目名称仪器设备采购 标书编号NLZB20171972招标组织人实验室与基地建设管理处 招标组织人地址南京市龙蟠路159号南京林业大学行政4号楼老招待所一楼招标会议室3招标文件售价人民币壹佰元整份现金支付文件售后一概不退4投标保证金金额为人民币叁仟元整
开票信息
单位名称南京林业大学 统一社会信用代码12320000466006885L 税?号320102466006885 地?址江苏省南京市龙蟠路159号 联系电话0258542725285428952 开户银行中国建设银行南京市城东支行 开户账号32001597336050000659 行号105301000894
招标采购所需交纳保证金的交纳形式为有效银行本票同城银行汇票异地或现金建议在开标现场交纳现金作为保证金否则由此给供应商造成的后果自负
保证金有效期投标保证金应在投标有效期截止日后五天内保持有效如成交则在货物交付后无利息退回如未成交则在招标结束后无利息退回5投标文件递交至南京市龙蟠路159号南京林业大学行政4号楼老招待所一楼招标会议室
递交投标文件截止时间2017年11月3日 下午230
投标文件接收人招标办公室负责人在现场收6投标文件正本份数1份 投标文件副本份数2份7招标日期2017年11月 3日 下午230
招标地点南京市龙蟠路159号南京林业大学行政4号楼老招待所一楼招标会议室8签订合同地点南京林业大学实验室与基地建设管理处老图书馆114室9交货地点按买方要求学校内10交货时间以合同为准
招标文件
一采购范围
本次采购范围包括
仪器设备采购
包号仪器设备名称数量台套1山新杨基因组三代测序及分析12柳树蛋白组分析验证项目一批3花色差异蛋白组和转录组14杨柳树自然群体重测序2005杨树基因敲除库的构建1设备的现场安装调试线路施工及人员常用操作的现场培训
投标企业所提供的货物应为完整全7新的设备功能符合该设备的要求或同档次高于本谈判文件中的品牌档次的产品货物必须符合国家有关标准
下划线或星号为核心指标要求
二采购数量及主要技术参数及要求 下划线或星号为核心指标要求
包1 PacBio RSII测序及分析 1 套
一三代基因组测序使用PacBio RSII平台进行测序完成测序量达到40 Gbclean data测序N50读长12kb以上
二基因组拼接对测序数据进行基因组拼接contig N50达到Mb级别与模式物种基因组共线性评价其拼接质量
三生物信息学分析
1 重复序列LTRFINDERRepeatScoutPilerRepeatModelerTRFRepeatMasker的默认为Repbase库RepeatProteinMask分别在蛋白质和核苷酸水平分别对基因组重复序列进行Mask然后进行基因注释
2 对四个杨柳科基因组进行基因预测功能注释及ncRNA 注释同源注释拟南芥毛果杨番木瓜葡萄蓖麻水稻TblastN再用Genewise预测Denovo 采用AugustGenescan等最少两个软件进行预测RNAPASA分析最后用EVM整合功能注释KEGGSwissprotInterproscanGOTrembl
3 对四个基因组进行共线性分析和变异检测
4 比较基因组分析及进化分析
1 基因家族聚类及特有共有基因和基因家族统计分析OrthoMCL
2 直系和旁系同源基因及杨属和柳属特异基因的筛选分析
3 基因家族扩张收缩分析CAF? V31
4 基因家族进化分析
5 选择压力分析正向选择基因分析kaks
6 十个代表物种系统发育树的构建用RAxML828完成拟南芥毛果杨番木瓜葡萄蓖麻水稻簸箕柳等系统发育树构建
7 物种分化时间推算甲方提供化石标定时间MCMCTree V49计算分化时间
8 全基因组复制分析4DTV分析
9 LTR 形成时间估算
四公司运营要求
1 企业运营PacBio RS II测序平台3年以上提供相应的文件证明
2 公司成立12年以上提供证明材料
3 公司注册资本不少于一个亿提供证明材料
4 公司可用PacBio RS II机器3台以上要求提供机器的设备号
5 公司在Nature杂志发表过高水平文章
6 本项目不接受联合体投标不允许分包转包
五合作要求乙方负责解决甲方对原始数据结果分析方法等方面的疑问咨询一直到甲方文章发表前乙方无偿提供额外个性化分析
包2柳树蛋白组分析验证 一套
序号名称使用平台数量1柳树蛋白质组定量分析Q Exactive? HF 组合型四极杆 Orbitrap 质谱仪36个样品210个目标蛋白验证分析Q Exactive? HF 组合型四极杆 Orbitrap 质谱仪36个样品
招标参数
1技术指标要求
11预备实验包括蛋白质提取蛋白质定量SDSPAGE蛋白质酶解LCMSMS分析数据库查询质量控制以及出具预备实验报告等步骤质控和评价蛋白质质量和样本间的蛋白质表达谱平行性质控和评价蛋白质总量和浓度质控和评价用于数据库查询的蛋白质序列数据库选取是否合理
12在预备实验合格的基础上正式实验采用DDA+hpRP分级定量技术分5级且每级对应的质谱分析时间不少于1小时或者DIA定量技术对36株柳树样本进行高分辨质谱仪Q Exactive? HF分析获得质谱原始数据
2鉴定水平
21使用Peptide FDR≤001Protein FDR≤001唯一肽段数量≥1作为蛋白质鉴定的筛选标准以倍数变化大于20倍上调大于2倍或者下调小于05p value ＜005为标准进行差异表达蛋白质的筛选
22鉴定和定量结果评估肽段离子得分分布蛋白质相对分子质量分布肽段序列长度分布肽段序列覆盖度鉴定肽段数量分布鉴定蛋白质 Venn 图差异蛋白质结果图的火山图和梭形图
23每个样本鉴定至少60008000个蛋白数量保证鉴定的重复率达到 80
3 PRM验证
36个样品中挑选不少于10个的蛋白去进行PRM验证其中成功建立PRM方法的比例＞90建立不成功不收取费用
4生物信息学分析包括
41 蛋白质鉴定结果统计提供详细的质谱采集和鉴定信息见表样本组内重复样本的鉴定结果Venn图展示两组或者多组之间的蛋白质鉴定重叠Venn图展示
42差异表达蛋白质筛选以倍数变化大于20倍上调大于2倍或者下调小于05且P value小于005的标准筛选差异表达蛋白质提供各比较组的差异表达蛋白质数目列表蛋白质定量结果统计火山图展示
43差异蛋白质聚类分析采用层次聚类算法Hierarchical Cluster对比较组的差异表达蛋白质分别进行聚类分析并以热图Heatmap形式进行数据展示
44 差异表达蛋白质Gene Ontology GO 富集分析 采用Blast2Go软件对鉴定的所有蛋白质进行GO功能注释然后通过Fisher精确检验方法对差异表达蛋白质进行GO功能富集分析结果以GO功能富集分析图展示
45 差异表达蛋白质KEGG通路富集分析以KEGG通路为单位以所有定性蛋白质为背景通过 Fisher 精确检验Fishers Exact Test对比较组的差异表达蛋白质进行KEGG通路富集分析结果以KEGG通路富集分析图展示
46 蛋白质互作网络分析比较组的差异表达蛋白质以构建的蛋白质互作网络图形式展示
47 蛋白组学和已有转录组学联合分析蛋白组和转录组关联数量统计定量及差异关联性分析定量关联分类表达量密度分析表达量密度分析关联结果功能注释差异蛋白与差异基因聚类分析GO富集关联分析Pathway富集关联分析Pathway MAP整合分析
48 蛋白组和PRM相关性分析
5投标人的资格条件
1公司的信用评级能够达到五分能够对签署的合同完全执行
2投标人需具备的实验平台能力
1投标人需自主拥有Q Exactive? HF 组合型四极杆 Orbitrap 质谱仪
2具备独立自主的实验平台及设备仪器
3计算机资源充沛基于项目数据量巨大故要求投标人具备高性能计算平台基本要求计算峰值速度 50Tflops总内存 15TB总存储 3PB 以上
3投标人需要具备充足专业的实验技术人员有能力保证整个项目顺利开展相关实验技术人员不能低于100人
4已发表文章及在研项目
投标人近5年内参与发表蛋白方面相关SCI文章不低于50篇累计影响因子不低于200且有丰富的质谱项目研发经验需在投标文件中列出可以解决任何在实验过程中遇到的问题
56本项目不接受联合体投标不允许分包转包
7交付周期样品收集送样后不超过3个月
8尾款交付后对于本项目的原有数据结果分析方法等方面的疑问咨询以及后续文章书写返修意见等方面竞标单位需提供蛋白组分析服务和问题解答服务
包3花色差异蛋白组和转录组 一套
序号仪器设备名称数量台套1毛地黄转录组及定量蛋白质组学研究62紫荆种子转录组及定量蛋白质组学研究63醉蝶花转录组及定量蛋白质组学研究6
投标商的资质其它要求
1公司的信用评级能够达到五分能够对签署的合同完全执行
2投标人需具备的实验平台能力
1投标人需自主拥有Q Exactive? HF 组合型四极杆 Orbitrap 质谱仪
2具备独立自主的实验平台及设备仪器
3已发表文章及在研项目
投标人近3年内参与发表蛋白组学相关的SCI文章不低于50篇累计影响因子不低于200且有丰富的质谱项目研发经验需在投标文件中列出可以解决任何在实验过程中遇到的问题
一蛋白组学技术指标
1技术指标要求
1预备实验包括蛋白质提取蛋白质定量SDSPAGE蛋白质酶解LCMSMS分析数据库查询质量控制以及出具预备实验报告等步骤质控和评价蛋白质质量和样本间的蛋白质表达谱平行性质控和评价蛋白质总量和浓度质控和评价用于数据库查询的蛋白质序列数据库选取是否合理
2在预备实验合格的基础上正式实验采用label free+hpRP分级分5级且每级对应的质谱分析时间不少于1小时方法对样本进行高分辨质谱仪Q Exactive? HF分析获得质谱原始数据
2鉴定水平
21 使用Peptide FDR≤001Protein FDR≤001唯一肽段数量≥1作为蛋白质鉴定的筛选标准以倍数变化大于20倍上调大于2倍或者下调小于05p value ＜005为标准进行差异表达蛋白质的筛选
22 鉴定和定量结果评估肽段离子得分分布蛋白质相对分子质量分布肽段序列长度分布肽段序列覆盖度鉴定肽段数量分布鉴定蛋白质 Venn 图差异蛋白质结果图的火山图和梭形图
23 鉴定蛋白数量总量不少于3000个
3生物信息学分析包括
31 蛋白质鉴定结果统计提供详细的质谱采集和鉴定信息见表样本组内重复样本的鉴定结果Venn图展示两组或者多组之间的蛋白质鉴定重叠Venn图展示
32差异表达蛋白质筛选以倍数变化大于20倍上调大于2倍或者下调小于05且P value小于005的标准筛选差异表达蛋白质提供各比较组的差异表达蛋白质数目列表蛋白质定量结果统计火山图展示
33差异蛋白质聚类分析采用层次聚类算法Hierarchical Cluster对比较组的差异表达蛋白质分别进行聚类分析并以热图Heatmap形式进行数据展示
34 差异表达蛋白质Gene Ontology GO 富集分析 采用Blast2Gohttpswwwblast2gocom软件对鉴定的所有蛋白质进行GO功能注释然后通过Fisher精确检验方法对差异表达蛋白质进行GO功能富集分析结果以GO功能富集分析图展示
35 差异表达蛋白质KEGG通路富集分析以KEGG通路为单位以所有定性蛋白质为背景通过 Fisher 精确检验Fishers Exact... 查看详情
一、项目名称和编号及简要说明：
NLZB2017197-山新杨基因组三代测序及分析、柳树蛋白组分析验证项目、花色差异蛋白组和转录组、杨柳树自然群体重测序、杨树基因敲除库的构建
包号
仪器设备名称
数量（台/套）
1
山新杨基因组三代测序及分析
1
2
柳树蛋白组分析验证项目
一批
3
花色差异蛋白组和转录组
1
4
杨柳树自然群体重测序
200
5
杨树基因敲除库的构建
1
二、投标人的基本条件:
1、投标人参加本次采购活动应当具备《政府采购法》第22条规定之条件供应商或厂商；
2、投标人是独立法人资格，上一年度年检合格，具有独立承担民事责任的能力，具有本次投标项目的经营许可，有能力提供本次采购项目货物，具有售后服务能力及措施；
3、投标人应具有所投产品的生产厂家授权或相关产品的代理资质；
4、具有良好的经营行为，文明经营，诚实守信且有良好的经营业绩；
5、本次招标不接受联合体供应商参加投标。
报名时需提交的资料：
（一）生产厂家的授权委托书（原件）
（二）企业营业执照（原件）；
（三）法定代表人授权书（原件）；
（四）被授权人代表身份证，企业法人代表身份证复印件；
以上资料需另带复印件加盖公章，一式一份，于规定日期内提交。
三、采购文件的获取和方法：
投标申请人于2017年10月27日至2017年11月2日在线下载招标文件并将公司全称、参加标段、投标人姓名及联系方式等信息发送至邮箱:njfuzbb@126.com。
投标商需于2017年10月27日至2017年11月2日（上午8：00—12：00；下午2:00-5:30，节假日除外)到南京林业大学招标办公室进行资格预审并现场购买标书，招标文件售价：人民币壹佰元整/份，现金支付。文件售后一概不退。
将以上报名时需提交的资料（复印件加盖红章）装订成册（原件备查），凡不按要求提供相关材料的，视为资格预审不合格。
地点：南京林业大学行政4号楼305、307室。
四、投标文件递交时间、地点：
1、投标文件接收时间：2017年11月3日 下午2:00-2:30
2、投标文件接收地点：南京林业大学行政4号楼一楼招标会议室
3、投标文件接收人：招标办工作人员
五、开标时间及地点：
1、开标时间：2017年11月3日 下午2:30
2、开标地点：南京林业大学行政4号楼一楼招标会议室
六、投标保证金：
投标保证金金额为叁仟元整。交纳形式必须为有效银行本票（同城）或银行汇票（异地）或现金（建议）。
保证金有效期：投标保证金应在投标有效期截止日后五天内保持有效。如成交则在货物交付后无利息退回；如未成交，则在评标结束后无利息退回。
投标保证金须在投标文件递交截止时间之前交校招标办，地点：南京林业大学行政4号楼一楼招标会议室
七、本次招标相关事项联系人：
南京林业大学招标办公室
陈老师 夏老师 於老师
联系电话：025-85427390；025-85427077；025-85427252（技术咨询专用）
招标文件下载：NLZB2017197山新杨基因组三代测序及分析、柳树蛋白组分析验证项目、花色差异蛋白组和转录组、杨柳树自然群体重测序、基因组编辑.doc
南京林业大学招标办公室
2017年10月27日
南 京 林 业 大 学
仪器设备采购招标文件
申请编号 NLZB2017197
招标项目名称山新杨基因组三代测序及分析柳树蛋白组分析验证项目花色差异蛋白组和转录组杨柳树自然群体重测序杨树基因敲除库的构建
南京林业大学招标办公室
2017年10月24日
目 录
TOC o 13 h z u HYPERLINK l Toc367622804 供应商须知表 PAGEREF Toc367622804 h 3
HYPERLINK l Toc367622805 招标文件 PAGEREF Toc367622805 h 4
HYPERLINK l Toc367622806 一采购范围 PAGEREF Toc367622806 h 4
HYPERLINK l Toc367622807 二采购数量及主要技术参数及要求 下划线或星号为核心指标要求 PAGEREF Toc367622807 h 4
HYPERLINK l Toc367622808 三评标办法 PAGEREF Toc367622808 h 8
HYPERLINK l Toc367622809 四付款方式 PAGEREF Toc367622809 h 9
HYPERLINK l Toc367622810 五响应说明 PAGEREF Toc367622810 h 9
HYPERLINK l Toc367622811 六投标响应文件 PAGEREF Toc367622811 h 10
HYPERLINK l Toc367622812 一 供货一览表分包 PAGEREF Toc367622812 h 10
HYPERLINK l Toc367622813 二响应报价表 分包 PAGEREF Toc367622813 h 11
HYPERLINK l Toc367622814 三 技术参数响应与偏离表 PAGEREF Toc367622814 h 12
HYPERLINK l Toc367622815 四 服务承诺培训承诺 PAGEREF Toc367622815 h 12
HYPERLINK l Toc367622816 五 资格证明文件按照谈判文件第五款 PAGEREF Toc367622816 h 13
HYPERLINK l Toc367622817 格式1 工商营业执照 PAGEREF Toc367622817 h 13
HYPERLINK l Toc367622818 格式2 法定代表人授权书 PAGEREF Toc367622818 h 13
HYPERLINK l Toc367622819 附件合同格式 PAGEREF Toc367622819 h 14
供应商须知表
序号内 容1项目名称仪器设备采购 标书编号NLZB20171972招标组织人实验室与基地建设管理处 招标组织人地址南京市龙蟠路159号南京林业大学行政4号楼老招待所一楼招标会议室3招标文件售价人民币壹佰元整份现金支付文件售后一概不退4投标保证金金额为人民币叁仟元整
开票信息
单位名称南京林业大学 统一社会信用代码12320000466006885L 税?号320102466006885 地?址江苏省南京市龙蟠路159号 联系电话0258542725285428952 开户银行中国建设银行南京市城东支行 开户账号32001597336050000659 行号105301000894
招标采购所需交纳保证金的交纳形式为有效银行本票同城银行汇票异地或现金建议在开标现场交纳现金作为保证金否则由此给供应商造成的后果自负
保证金有效期投标保证金应在投标有效期截止日后五天内保持有效如成交则在货物交付后无利息退回如未成交则在招标结束后无利息退回5投标文件递交至南京市龙蟠路159号南京林业大学行政4号楼老招待所一楼招标会议室
递交投标文件截止时间2017年11月3日 下午230
投标文件接收人招标办公室负责人在现场收6投标文件正本份数1份 投标文件副本份数2份7招标日期2017年11月 3日 下午230
招标地点南京市龙蟠路159号南京林业大学行政4号楼老招待所一楼招标会议室8签订合同地点南京林业大学实验室与基地建设管理处老图书馆114室9交货地点按买方要求学校内10交货时间以合同为准
招标文件
一采购范围
本次采购范围包括
仪器设备采购
包号仪器设备名称数量台套1山新杨基因组三代测序及分析12柳树蛋白组分析验证项目一批3花色差异蛋白组和转录组14杨柳树自然群体重测序2005杨树基因敲除库的构建1设备的现场安装调试线路施工及人员常用操作的现场培训
投标企业所提供的货物应为完整全7新的设备功能符合该设备的要求或同档次高于本谈判文件中的品牌档次的产品货物必须符合国家有关标准
下划线或星号为核心指标要求
二采购数量及主要技术参数及要求 下划线或星号为核心指标要求
包1 PacBio RSII测序及分析 1 套
一三代基因组测序使用PacBio RSII平台进行测序完成测序量达到40 Gbclean data测序N50读长12kb以上
二基因组拼接对测序数据进行基因组拼接contig N50达到Mb级别与模式物种基因组共线性评价其拼接质量
三生物信息学分析
1 重复序列LTRFINDERRepeatScoutPilerRepeatModelerTRFRepeatMasker的默认为Repbase库RepeatProteinMask分别在蛋白质和核苷酸水平分别对基因组重复序列进行Mask然后进行基因注释
2 对四个杨柳科基因组进行基因预测功能注释及ncRNA 注释同源注释拟南芥毛果杨番木瓜葡萄蓖麻水稻TblastN再用Genewise预测Denovo 采用AugustGenescan等最少两个软件进行预测RNAPASA分析最后用EVM整合功能注释KEGGSwissprotInterproscanGOTrembl
3 对四个基因组进行共线性分析和变异检测
4 比较基因组分析及进化分析
1 基因家族聚类及特有共有基因和基因家族统计分析OrthoMCL
2 直系和旁系同源基因及杨属和柳属特异基因的筛选分析
3 基因家族扩张收缩分析CAF? V31
4 基因家族进化分析
5 选择压力分析正向选择基因分析kaks
6 十个代表物种系统发育树的构建用RAxML828完成拟南芥毛果杨番木瓜葡萄蓖麻水稻簸箕柳等系统发育树构建
7 物种分化时间推算甲方提供化石标定时间MCMCTree V49计算分化时间
8 全基因组复制分析4DTV分析
9 LTR 形成时间估算
四公司运营要求
1 企业运营PacBio RS II测序平台3年以上提供相应的文件证明
2 公司成立12年以上提供证明材料
3 公司注册资本不少于一个亿提供证明材料
4 公司可用PacBio RS II机器3台以上要求提供机器的设备号
5 公司在Nature杂志发表过高水平文章
6 本项目不接受联合体投标不允许分包转包
五合作要求乙方负责解决甲方对原始数据结果分析方法等方面的疑问咨询一直到甲方文章发表前乙方无偿提供额外个性化分析
包2柳树蛋白组分析验证 一套
序号名称使用平台数量1柳树蛋白质组定量分析Q Exactive? HF 组合型四极杆 Orbitrap 质谱仪36个样品210个目标蛋白验证分析Q Exactive? HF 组合型四极杆 Orbitrap 质谱仪36个样品
招标参数
1技术指标要求
11预备实验包括蛋白质提取蛋白质定量SDSPAGE蛋白质酶解LCMSMS分析数据库查询质量控制以及出具预备实验报告等步骤质控和评价蛋白质质量和样本间的蛋白质表达谱平行性质控和评价蛋白质总量和浓度质控和评价用于数据库查询的蛋白质序列数据库选取是否合理
12在预备实验合格的基础上正式实验采用DDA+hpRP分级定量技术分5级且每级对应的质谱分析时间不少于1小时或者DIA定量技术对36株柳树样本进行高分辨质谱仪Q Exactive? HF分析获得质谱原始数据
2鉴定水平
21使用Peptide FDR≤001Protein FDR≤001唯一肽段数量≥1作为蛋白质鉴定的筛选标准以倍数变化大于20倍上调大于2倍或者下调小于05p value ＜005为标准进行差异表达蛋白质的筛选
22鉴定和定量结果评估肽段离子得分分布蛋白质相对分子质量分布肽段序列长度分布肽段序列覆盖度鉴定肽段数量分布鉴定蛋白质 Venn 图差异蛋白质结果图的火山图和梭形图
23每个样本鉴定至少60008000个蛋白数量保证鉴定的重复率达到 80
3 PRM验证
36个样品中挑选不少于10个的蛋白去进行PRM验证其中成功建立PRM方法的比例＞90建立不成功不收取费用
4生物信息学分析包括
41 蛋白质鉴定结果统计提供详细的质谱采集和鉴定信息见表样本组内重复样本的鉴定结果Venn图展示两组或者多组之间的蛋白质鉴定重叠Venn图展示
42差异表达蛋白质筛选以倍数变化大于20倍上调大于2倍或者下调小于05且P value小于005的标准筛选差异表达蛋白质提供各比较组的差异表达蛋白质数目列表蛋白质定量结果统计火山图展示
43差异蛋白质聚类分析采用层次聚类算法Hierarchical Cluster对比较组的差异表达蛋白质分别进行聚类分析并以热图Heatmap形式进行数据展示
44 差异表达蛋白质Gene Ontology GO 富集分析 采用Blast2Go软件对鉴定的所有蛋白质进行GO功能注释然后通过Fisher精确检验方法对差异表达蛋白质进行GO功能富集分析结果以GO功能富集分析图展示
45 差异表达蛋白质KEGG通路富集分析以KEGG通路为单位以所有定性蛋白质为背景通过 Fisher 精确检验Fishers Exact Test对比较组的差异表达蛋白质进行KEGG通路富集分析结果以KEGG通路富集分析图展示
46 蛋白质互作网络分析比较组的差异表达蛋白质以构建的蛋白质互作网络图形式展示
47 蛋白组学和已有转录组学联合分析蛋白组和转录组关联数量统计定量及差异关联性分析定量关联分类表达量密度分析表达量密度分析关联结果功能注释差异蛋白与差异基因聚类分析GO富集关联分析Pathway富集关联分析Pathway MAP整合分析
48 蛋白组和PRM相关性分析
5投标人的资格条件
1公司的信用评级能够达到五分能够对签署的合同完全执行
2投标人需具备的实验平台能力
1投标人需自主拥有Q Exactive? HF 组合型四极杆 Orbitrap 质谱仪
2具备独立自主的实验平台及设备仪器
3计算机资源充沛基于项目数据量巨大故要求投标人具备高性能计算平台基本要求计算峰值速度 50Tflops总内存 15TB总存储 3PB 以上
3投标人需要具备充足专业的实验技术人员有能力保证整个项目顺利开展相关实验技术人员不能低于100人
4已发表文章及在研项目
投标人近5年内参与发表蛋白方面相关SCI文章不低于50篇累计影响因子不低于200且有丰富的质谱项目研发经验需在投标文件中列出可以解决任何在实验过程中遇到的问题
56本项目不接受联合体投标不允许分包转包
7交付周期样品收集送样后不超过3个月
8尾款交付后对于本项目的原有数据结果分析方法等方面的疑问咨询以及后续文章书写返修意见等方面竞标单位需提供蛋白组分析服务和问题解答服务
包3花色差异蛋白组和转录组 一套
序号仪器设备名称数量台套1毛地黄转录组及定量蛋白质组学研究62紫荆种子转录组及定量蛋白质组学研究63醉蝶花转录组及定量蛋白质组学研究6
投标商的资质其它要求
1公司的信用评级能够达到五分能够对签署的合同完全执行
2投标人需具备的实验平台能力
1投标人需自主拥有Q Exactive? HF 组合型四极杆 Orbitrap 质谱仪
2具备独立自主的实验平台及设备仪器
3已发表文章及在研项目
投标人近3年内参与发表蛋白组学相关的SCI文章不低于50篇累计影响因子不低于200且有丰富的质谱项目研发经验需在投标文件中列出可以解决任何在实验过程中遇到的问题
一蛋白组学技术指标
1技术指标要求
1预备实验包括蛋白质提取蛋白质定量SDSPAGE蛋白质酶解LCMSMS分析数据库查询质量控制以及出具预备实验报告等步骤质控和评价蛋白质质量和样本间的蛋白质表达谱平行性质控和评价蛋白质总量和浓度质控和评价用于数据库查询的蛋白质序列数据库选取是否合理
2在预备实验合格的基础上正式实验采用label free+hpRP分级分5级且每级对应的质谱分析时间不少于1小时方法对样本进行高分辨质谱仪Q Exactive? HF分析获得质谱原始数据
2鉴定水平
21 使用Peptide FDR≤001Protein FDR≤001唯一肽段数量≥1作为蛋白质鉴定的筛选标准以倍数变化大于20倍上调大于2倍或者下调小于05p value ＜005为标准进行差异表达蛋白质的筛选
22 鉴定和定量结果评估肽段离子得分分布蛋白质相对分子质量分布肽段序列长度分布肽段序列覆盖度鉴定肽段数量分布鉴定蛋白质 Venn 图差异蛋白质结果图的火山图和梭形图
23 鉴定蛋白数量总量不少于3000个
3生物信息学分析包括
31 蛋白质鉴定结果统计提供详细的质谱采集和鉴定信息见表样本组内重复样本的鉴定结果Venn图展示两组或者多组之间的蛋白质鉴定重叠Venn图展示
32差异表达蛋白质筛选以倍数变化大于20倍上调大于2倍或者下调小于05且P value小于005的标准筛选差异表达蛋白质提供各比较组的差异表达蛋白质数目列表蛋白质定量结果统计火山图展示
33差异蛋白质聚类分析采用层次聚类算法Hierarchical Cluster对比较组的差异表达蛋白质分别进行聚类分析并以热图Heatmap形式进行数据展示
34 差异表达蛋白质Gene Ontology GO 富集分析 采用Blast2Gohttpswwwblast2gocom软件对鉴定的所有蛋白质进行GO功能注释然后通过Fisher精确检验方法对差异表达蛋白质进行GO功能富集分析结果以GO功能富集分析图展示
35 差异表达蛋白质KEGG通路富集分析以KEGG通路为单位以所有定性蛋白质为背景通过 Fisher 精确检验Fishers Exact... 查看详情
移动版：