2021-01-30 10:39:12, 麦特绘谱 麦特绘谱生物科技(上海)有限公司
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2020已渐行渐远
2021已拉开帷幕
继“乘风破浪”2020之麦特绘谱客户文章汇编(一)后
2020下半年又一批优秀客户文章强势来袭
小编激动之余整理出部分成果
邀您一起回顾
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可解释的机器学习框架揭示2型糖尿病肠道菌群特征
期刊名:Diabetes Care,IF=16.019
合作单位:西湖大学、中山大学、南方医科大学附属珠江医院等
2型糖尿病(T2D)是一种复杂疾病,受宿主遗传和环境因素影响,而肠道菌群被认为是一种可改变的环境因素,在T2D发展中发挥重要作用。近年来,机器学习在生物医学领域得到广泛应用,经过多年发展和完善,可解释的算法可以解锁传统机器学习结果的“黑匣子”。本研究旨在利用一种可解释的机器学习分析框架确定与T2D相关的肠道菌群特征,并评估微生物与宿主血液代谢物之间的相关性,以深入了解T2D相关肠道菌群在宿主代谢中的作用,通过粪菌移植实验证实所确定的特征菌群对T2D发展的影响。
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EGF信号通过COP1影响FOXO4稳定性调控肿瘤发生发展
期刊名:Advanced Science,IF=15.84
合作单位:中山大学附属第六医院
结直肠癌(CRC)是世界上发病率与死亡率均位列第三的恶性肿瘤,仅次于乳腺癌和肺癌。CRC病理研究集中在癌基因、抑癌基因,甚至微生物和真菌上,越来越多研究表明一些原癌基因与肿瘤代谢异常相关,通过代谢重编程等手段促进CRC发展。Forkhead-Box Class O (FOXO)转录因子是参与重要生物功能发挥的调控因子。本研究表明COP9信号体亚基6(CSN6)通过增强COP1的E3连接酶活性来结合并调控FOXO4的稳定性,COP1通过FOXO4上的VP基序直接与FOXO4相互作用,加速泛素介导的FOXO4的降解。进一步研究发现FOXO4介导的丝氨酸/甘氨酸代谢通过CSN6-COP1轴进行功能调节,为CRC靶向治疗提供新的思路。
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靶向葡萄糖利用,改善结直肠癌治疗效果
期刊名:Signal Transduction and Targeted Therapy,IF= 13.493
合作单位:复旦大学附属肿瘤医院
能量代谢重编程是癌细胞的重要特征,有望成为干预肿瘤的关键靶点之一。肿瘤细胞快速增殖和恶性进展的过程中,由于葡萄糖供应不足而造成的代谢应激十分常见。因此,不断探索肿瘤细胞重塑能量代谢模式对抗代谢应激的分子机制,有助于找到有效的干预靶点。本研究发现AMPK/CREB1/GLUT3通路在结直肠癌(CRC)细胞抵抗限糖应激中的重要性,并强调了维生素C在GLUT3高表达CRC中的治疗潜力。
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抗生素对肠道真菌的影响更持久
期刊名:Microbiome,IF=11.607
合作单位:德国Hans Knöll Institute、香港大学等
抗生素严重影响肠道细菌组成,但对真菌群落的影响尚不清楚。胃肠道腔内的细菌可能限制真菌的定植和侵袭,因此,针对细菌的抗生素药物被视为真菌感染和诱导过敏的重要危险因素。本研究对服用抗生素的14名健康受试者粪便进行宏基因组学、元转录组学、代谢组学和真菌ITS2测序分析,探究抗生素对肠道细菌-真菌相互作用的影响,包括真菌群落组成的破坏和复原力。本研究揭示抗菌药物对人体肠道真菌具有更持久的影响,虽然细菌群落在抗菌治疗30天后得以恢复,但真菌群落却从互惠关系转向竞争。
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牛磺酸代谢促进浆细胞样树突状细胞功能从而加快狼疮进展
期刊名:Arthritis & Rheumatology,IF=9.586
合作单位:上海交通大学附属仁济医院
系统性红斑狼疮(SLE)是一种累及多器官的自身免疫病,致病原因复杂,已知I型干扰素通路(IFN-I)的异常活化在SLE发病中具有重要作用。本研究通过代谢组学分析发现SLE患者外周血清中牛磺酸水平明显升高,进一步研究发现牛磺酸通过抑制NCF1基因表达,降低浆细胞样树突状细胞的ROS水平,导致TLR信号通路过度活化,促进IFN-I产生,从而加快SLE进展。
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利用刺激响应表面增强拉曼散射以实现精确的癌症分子诊断
期刊名:Chemical Science,IF= 9.346
合作单位:南开大学
分子诊断在癌症检测中发挥着越来越重要的作用,然而,开发一种能够分析肿瘤分子表型的原位分析方法对于精确的癌症诊断仍具有挑战性。本文报道了一种基于刺激响应表面增强拉曼散射(SR-SERS)的“特洛伊木马”策略,用于选择性地原位记录肿瘤的综合分子信息,而不需要进行破坏性的样品制备和复杂的数据分析。该技术能够高精度地描述肿瘤与正常组织之间的边界,并进一步判别肿瘤在早期和晚期的分子指纹。该SR-SERS技术也为识别肿瘤分类或鉴别原发和转移肿瘤提供了一种潜在的有效手段。
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血清牛磺胆酸水平与药物性肝损伤严重程度的相关性研究
期刊名:Clinical Gastroenterology and Hepatology,IF=8.549
合作单位:首都医科大学附属北京友谊医院
药物性肝损伤(DILI)是临床上最常见肝损伤疾病之一,且具有多种临床表型。已有研究表明胆汁酸(BA)变化在DILI中起着关键作用,并且BA水平可作为DILI诊断和轻症发展到重症的潜在生物标志物。本文对三组人群进行了前瞻性研究,分析了血清胆汁酸水平与药物性肝损伤(DILI)程度和预后的关系,以及BA变化与ABCB11基因及其产物(BSEP)表达的关系。结果显示血清牛磺胆酸(TCA)水平与DILI严重程度和临床恢复有关,肝活检胆小管中较低水平的BSEP与血清胆汁酸水平改变有关。
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薜荔同聚半乳糖醛酸型果胶多糖通过肠道菌群和代谢产物发挥减肥作用
期刊名:Carbohydrate Polymers,IF=7.182
合作单位:浙江中医药大学、上海中医药大学
环境和遗传因素在肥胖发生和发展中发挥重要作用。研究表明,肠道菌群作为环境因素之一对肥胖具有重大影响。而改善肠道菌群的益生元在肥胖治疗中显示出巨大潜力。本研究利用16S rRNA测序和代谢组学技术,证实来自薜荔的同聚半乳糖醛酸(HG)型果胶多糖(FPLP)通过改变小鼠的肠道菌群及代谢产物从而显著改善小鼠的肥胖相关表型。该研究对肠道菌群(如Akk菌和Blautia菌)、代谢产物(肉豆蔻酸和十五烷酸)、HG型果胶及其降低胆固醇功能之间关系进行系统探索。
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S100A11通过FOXO1介导的自噬和脂肪生成促进肝脏脂肪变性
期刊名:Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology,IF=7.076
合作单位:云南大学、云南中医药大学、广东医科大学第二附属医院等
非酒精性脂肪肝(NAFLD)已成为世界性严重肝病,而自噬在肝脏脂肪变性中起着至关重要的作用,其可促进肝细胞脂滴(LD)形成和脂质积累。本文对S100钙结合蛋白A11(S100A11)在肝脂肪变性发病机制中的作用进行了探究,揭示了S100A11-HDAC6-FOXO1轴调节自噬和肝脏脂肪变性的作用机制,进一步研究发现抑制FOXO1和自噬或缺失Dgat2可减轻S100A11诱导的脂质积累,为NAFLD治疗提供了新方向。
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肝癌中miR-192-5p丢失启动高血糖和干细胞正反馈
期刊名:Journal of Experimental & Clinical Cancer Research,IF=7.068
合作单位:浙江大学等
新的研究表明,癌症干细胞(CSCs)具有独特的代谢特性,但在肝癌(HCC)中尚不清楚,肝脏miR-192-5p遗传沉默是多组CSC阳性HCCs的一个关键特征。本研究旨在通过miR-192-5p沉默的HCCs模型描述肝脏CSCs的基本代谢特征。研究发现临床上低表达miR-192-5p HCCs患者存在高水平糖酵解相关代谢物和基因。进一步研究显示miR-192-5p的敲除和丢失可通过上调GLUT1、PFKFB3和c-Myc增强糖酵解。此外,过度产生的乳酸可通过NDRG3和MCT1刺激ERK磷酸化,从而促进肝癌细胞的恶性增殖。
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队列研究揭示多摄入水果可调节菌群并降低2型糖尿病风险
期刊名:BMC Medicine,IF=6.782
合作单位:西湖大学、中山大学、南方医科大学附属珠江医院等
水果和蔬菜都是健康饮食模式的重要组成部分,在预防T2D中发挥重要作用,然而,不同的前瞻性队列研究结果不一致,有关果蔬摄入与T2D联系的证据依然薄弱。基于以往研究结论,果蔬中丰富的纤维、黄酮和抗氧化物质可影响肠道菌群,研究人员提出假设:肠道菌群是果蔬摄入与T2D发展的关键介质。为验证该假设,研究人员在近万名中国中年人的两个队列中发现,水果摄入与肠道菌群的多样性和组成显著相关,而与水果摄入相关的肠道菌群组成及粪便代谢产物与T2D的风险显著相关。
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肠道菌群代谢物吲哚-3-丙酸赋予桑椹衍生的1-脱氧野尻霉素抗高脂血症的作用
期刊名:mSystems,IF= 6.633
合作单位:浙江农业科学院
高脂血症是动脉粥样硬化性心血管疾病主要原因,发病率存在明显的性别差异,也就是说,女性比男性更容易血脂异常。调节肠道菌群正成为药物控制高脂血症的潜在机制。本研究发现桑叶提取物(MLE)及其活性化合物1-脱氧野尻霉素(DNJ)通过特异性富集Akkermansia和Clostridium XIVa,提高雌性小鼠微生物代谢物吲哚-3-丙酸(IPA)水平,表现出对雌性更优的抗高脂血症作用。
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抗生素和微生物代谢物对肝癌免疫诊疗的影响
期刊名:Frontiers in Immunology,IF= 5.085
合作单位:中国医学科学院
γδT细胞的T细胞受体(TCR)是以体细胞重组产生的γ和δ链为特征,与αβT细胞相比,γδT细胞可以识别更多样的肿瘤抗原。研究表明肠道菌群可调节宿主免疫和免疫检查点介导的肿瘤细胞反应。本研究确定了肠道微生物如何影响γδT细胞的抗肿瘤能力,以及连接肠道微生物和γδT细胞的潜在中间代谢分子,3-吲哚丙酸可提高γδT细胞的细胞毒性,增强肿瘤免疫治疗效果。
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