2022-03-25 00:31:40, 小迈 武汉迈特维尔生物科技有限公司
质谱成像(MSI)已被证明是一种用于绘制生物组织中分析物的强大工具。通过将质谱的无标记特异性添加到传统组织学的详细空间信息中,数百种代谢物可以在肿瘤内同时成像。MSI提供高度详细的代谢物图,可用于比较肿瘤内、肿瘤边缘和健康区域,识别生物标志物、疾病模式和潜在的治疗靶点,研究药物作用靶点、传输途径等。
本系列文章将着重讨论空间质谱成像技术在肿瘤方向具体应用,理论层面展示代谢物在癌症发生过程中扮演的角色,列举空间代谢组在癌症中研究方向,应用环节将解析肿瘤空间代谢组学具体操作,包含方案设计、样本收集要素、实验流程、数据分析、数据挖掘等。本章节讨论了癌症代谢特征以及空间代谢组学在癌症中的研究方向。
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空间代谢组学在肿瘤研究中的应用方案
肿瘤代谢特点
代谢物在癌症研究和最终治疗策略中具有很高的潜在价值,其在结构生物学中具有广泛公认的作用。以脂质为例,其是细胞和细胞器膜脂质双层的关键组成部分。此外,脂质是对免疫激活和疾病发展产生深远影响的信号传导和代谢分子,在某些疾病(包括癌症)中可以看到组织脂质组成的改变。某些磷脂及其酶副产物的差异丰度被发现是恶性转化和一些生理过程的特征。一般而言,已知异常的物质代谢是癌细胞的共同特征,并且已经可以在肿瘤发展的早期阶段观察到。下面展示部分肿瘤代谢过程。
1.肿瘤脂肪酸代谢
快速增殖的细胞中的脂质代谢发生了变化,碳必须从能量生产转移到脂肪酸(FA)合成,以进行膜和信号分子的生物合成。FA构件来自外源或从头合成,虽然大多数正常人类细胞更喜欢外源性来源,但肿瘤更倾向于从头合成FA,并且经常表现出向FA合成的转变。
癌细胞依赖FAs作为细胞膜形成、能量储存和信号分子产生的组成部分。由于FA对癌细胞增殖至关重要,因此限制它们的可用性可以提供一种治疗策略。从脂质代谢的角度来看,限制FA的可用性可以通过多种方式实现:1)阻止FA合成,2)通过氧化增加FA降解,3)将FA转移到储存中,或4)减少储存中FA的释放。
细胞内脂肪酸代谢 限制FA抑制癌细胞增殖模型
2.肿瘤脂质代谢
癌细胞微调合成代谢/分解代谢平衡以满足不断增加的代谢需求并导致侵袭性进展。此外,细胞膜内的脂筏提供了介导导致转移的脂质信号传导的平台。在转移过程中,癌细胞可以将脂质代谢与微环境中的宿主细胞耦合,以利于其远处转移。
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与癌症转移有关的脂质代谢示意图
3.肿瘤糖代谢
许多类型的癌细胞表现出明显的代谢重编程。这些代谢改变中最有据可查的是有氧糖酵解的激活,即Warburg效应。一些学者假设Warburg效应通过增加与糖酵解相关的能量产生速度做出贡献。还有一些学者提出,活化的糖酵解通过生物合成中间体的产生做出贡献。另一方面,大部分糖酵解碳以乳酸和丙氨酸的形式排出体外,而不是流入生物合成中。也有学者研究表明Warburg效应通过产生丙酮酸接受来自谷氨酰胺分解代谢的氮,从而严重支持肿瘤发生。值得注意的是,葡萄糖和谷氨酰胺代谢的致癌耦合是由LDH转换、GPT2诱导的,这些代谢表型为不同类型的癌症所共有。
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GPT2介导的葡萄糖和谷氨酰胺耦合致癌
空间代谢组在肿瘤研究中的应用
从肿瘤代谢部分内容可看出,代谢物在肿瘤研究中分布是不均匀的,在正常组织、病灶和癌旁组织中存在分割。质谱成像(MSI)是癌症组织代谢组学分析的一种有价值的工具,它可以将质谱信息添加到详细的空间信息中,不仅记录了代谢物的强度,而且还记录了样本内的各个位置,从而允许生成物质在组织中分布图像。空间代谢组学技术可应用于肿瘤标志物筛选(以便对肿瘤进行诊断、分型、分级)、肿瘤边缘区分(肿瘤病理学,区分肿瘤边界,有利于外科医生手术)、药代动力学(药物作用靶点、传输系统)。
1.肿瘤标志物研究(肿瘤诊断、分型、分级)
针对肿瘤临床诊断、预后和治疗,需要更具体的生化标志物来准确描绘肿瘤边界,以防止肿瘤再次出现的可能性,并尽量减少过度切除健康组织引起的并发症。
癌症预后和临床治疗决策关键取决于肿瘤类型和等级的准确分类,在可能的癌症早期阶段识别这些肿瘤的分子标记将在临床癌症研究中具有很高的价值。多种质谱成像方法已被用于识别和分级各种癌症类型。
2.肿瘤边缘区分研究
用传统冷冻切片方法进行组织学描绘的准确性可能存在问题,其在敏感性、特异性和患者间变异性方面存在局限性,并需要由经验丰富的病理学家进行显微镜评估。空间质谱成像能够对组织标本中小分子化合物进行空间分辨成像,可将成像图片共定位,并与相邻切片H&E染色结果比对,以供病理学家详细评估,增加人工智能诊断准确性。
有研究人员对胶质瘤和乳腺肿瘤标本(包括正常组织和癌症组织)进行冷冻切片实验,并使用空间质谱成像方法采集代谢物空间分布数据,使用t-SNE方法将空间质谱图像投影到组织标本上,结果表明质谱成像数据可定义组织学上不明确结构,从而增强冰冻切片诊断能力。
组织学和空间质谱图像可视化方法及结果
3.药代动力学
全身性癌症治疗的失败可能至少部分是由于药物没有以足够高的浓度或足够均匀的分布递送至肿瘤;要了解药物是否被充分递送至肿瘤,需要“精准药理学”技术。质谱成像(MSI)是一种相对较新且复杂的技术,可以对组织内的药物分布进行成像。因此MSI可表征体内和肿瘤内的抗癌药物分布,在临床前研究中以确定最佳药物剂量、时间、组合和新的药物输送系统。
小迈结语
MSI技术速度、灵敏度和空间分辨率的改进正在不断扩大其在肿瘤研究中的应用,当MSI与肿瘤球体再现性结合时,可以评估肿瘤细胞亚群中的小分子特征,以及药物对感兴趣的肿瘤区域的渗透。MSI技术可用于筛选肿瘤标志物,从而协助肿瘤诊断、分级、分型,更好的应用于临床治疗。由此可见空间质谱成像在肿瘤研究领域潜力巨大。
感谢各位老师浏览今天的内容,下期我们将对空间代谢组学在肿瘤研究中的具体方案进行分享,包含方案设计、样本制备、检测流程、数据处理、数据挖掘等内容。
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