干货 | 人类代谢数据库(HMDB)使用指南来啦!

2022-06-12 10:27:24, 多组学定制服务 上海欧易生物医学科技有限公司



人类代谢数据库(HMDB,https://hmdb.ca)是最大、最全面的生物体特异性代谢数据库。该数据库包含或链接了三种数据:化学数据、临床数据和分子生物学/生物化学数据。目前,该数据库包含220945个代谢物条目,包括水溶性和脂溶性代谢物。此外,还包含了8610个和这些代谢条目有关的蛋白质序列(酶和转运蛋白)。


每个代谢物条目里包含物质的分子量、结构、分子式、分类、生物学作用、生理浓度、组织位置、疾病和遗传关联、化学和酶促反应、代谢途径和参考图谱等信息。还有超链接能够连接到其它数据库,包括KEGG、PubChem、MetaCyc和ChEBI等。


为了满足代谢组学研究中不断变化的需求,自2007年首次发布以来,HMDB一直在快速地扩大和更新,如今已更新到5.0版本。



HMDB数据库也是我们鹿明用于LC-MS非靶代谢组学物质鉴定的主要公共数据库之一,也是代谢物信息查询最重要的数据库之一。如何使用HMDB数据库?重要的信息有哪些?跟着小编一起学习下吧~


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根据报告,在HMDB数据库上查找物质信息


拿到代谢组学数据结果后,老师们若想了解代谢物的更多信息,可以通过HMDB数据库查询,包括一些分子式、分子量、CAS号、物质分类等信息。具体操作如下:


1. 首先从项目报告中数据矩阵找到代谢物的Compound ID(以HMDB开头的为HMDB数据库的代谢物号);



2. 然后将该ID号输入到HMDB网站的问询栏中,就会出现该物质的相关信息。

以Xanthosine(HMDB0000299)为例:


(1)首先可以获取基本信息:代谢物名称、描述、结构式、分子式、分子量、CAS号等,其中代谢物描述可以重点看下,有助于进一步了解代谢物信息;



(2)然后是代谢物的分类,HMDB对代谢物做了比较详细的分析,可帮助我们进一步对重要代谢物生物学意义进行解析;



(3)HMDB提供了非常全的其他数据库链接,可帮助我们非常方便的访问该代谢物在其他数据库的信息;



(4)提供代谢物在人体中存在的位置、内源/外源,如果是外源物质,还提供了具体来源与哪些物种;



(5)提供了代谢物在人体不同类型样品中的含量信息,基于已发表的文献获取信息;



(6)其他:疾病信息,不够全和新,建议以文献调研结果为准;



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HMDB数据库其它功能介绍


1. Browse


用户可以从Browse的下拉菜单中,根据代谢物、疾病、通路、生物样本、分类、蛋白和反应等信息查找代谢物,或是根据和BMI、年龄和性别等相关查找。点击进入页面后,就可以获得数据信息,还可以设置筛选,缩小数据范围。



2. Search


老师们在Search栏里可以对目标数据进行搜索,例如一些文本信息、基因和蛋白序列、质谱和NMR的谱图等。只需要点进相应的选项,输入数据。



3、Downloads


老师可以根据需求,下载相应的库。可以下载总库,也可以根据尿液、血清、唾液、脑脊液、粪便、汗液不同样品来源下载库。



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文末看点lumingbio

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