干货 | 人类代谢数据库（HMDB）使用指南来啦！

人类代谢数据库（HMDB，https://hmdb.ca）是最大、最全面的生物体特异性代谢数据库。该数据库包含或链接了三种数据：化学数据、临床数据和分子生物学/生物化学数据。目前，该数据库包含220945个代谢物条目，包括水溶性和脂溶性代谢物。此外，还包含了8610个和这些代谢条目有关的蛋白质序列（酶和转运蛋白）。

每个代谢物条目里包含物质的分子量、结构、分子式、分类、生物学作用、生理浓度、组织位置、疾病和遗传关联、化学和酶促反应、代谢途径和参考图谱等信息。还有超链接能够连接到其它数据库，包括KEGG、PubChem、MetaCyc和ChEBI等。

为了满足代谢组学研究中不断变化的需求，自2007年首次发布以来，HMDB一直在快速地扩大和更新，如今已更新到5.0版本。

HMDB数据库也是我们鹿明用于LC-MS非靶代谢组学物质鉴定的主要公共数据库之一，也是代谢物信息查询最重要的数据库之一。如何使用HMDB数据库？重要的信息有哪些？跟着小编一起学习下吧~

拿到代谢组学数据结果后，老师们若想了解代谢物的更多信息，可以通过HMDB数据库查询，包括一些分子式、分子量、CAS号、物质分类等信息。具体操作如下：

1. 首先从项目报告中数据矩阵找到代谢物的Compound ID（以HMDB开头的为HMDB数据库的代谢物号）；

2. 然后将该ID号输入到HMDB网站的问询栏中，就会出现该物质的相关信息。

以Xanthosine（HMDB0000299）为例：

（1）首先可以获取基本信息：代谢物名称、描述、结构式、分子式、分子量、CAS号等，其中代谢物描述可以重点看下，有助于进一步了解代谢物信息；

（2）然后是代谢物的分类，HMDB对代谢物做了比较详细的分析，可帮助我们进一步对重要代谢物生物学意义进行解析；

（3）HMDB提供了非常全的其他数据库链接，可帮助我们非常方便的访问该代谢物在其他数据库的信息；

（4）提供代谢物在人体中存在的位置、内源/外源，如果是外源物质，还提供了具体来源与哪些物种；

（5）提供了代谢物在人体不同类型样品中的含量信息，基于已发表的文献获取信息；

（6）其他：疾病信息，不够全和新，建议以文献调研结果为准；

1. Browse

用户可以从Browse的下拉菜单中，根据代谢物、疾病、通路、生物样本、分类、蛋白和反应等信息查找代谢物，或是根据和BMI、年龄和性别等相关查找。点击进入页面后，就可以获得数据信息，还可以设置筛选，缩小数据范围。

2. Search

老师们在Search栏里可以对目标数据进行搜索，例如一些文本信息、基因和蛋白序列、质谱和NMR的谱图等。只需要点进相应的选项，输入数据。

3、Downloads

老师可以根据需求，下载相应的库。可以下载总库，也可以根据尿液、血清、唾液、脑脊液、粪便、汗液不同样品来源下载库。

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lemon|撰文

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