3篇经典16S rRNA测序+代谢组文章突破医口领域高分期刊发文瓶颈

2022-04-26 02:40:21, 多组学定制服务上海欧易生物医学科技有限公司

微生物多样性测序 （主要指 16S 扩增子测序与宏基因组测序）可提供肠道细菌构成、基因丰度和功能性信息，可以解决「who is there？」（那儿有谁）和「what are they doing？」（在干嘛）的问题。

而代谢组学是研究生物体中代谢产物变化的科学，常用研究方法包括 LC/MS（液质联用）和 GC/MS（气质联用），可以解决「what have really happened？」（究竟发生了啥）的问题。

知道了样本当中有了哪些微生物，和它们具有的功能后，就需要进一步的验证这些功能是否真的发生了，发生的程度是什么样的？而单纯的微生物组学是无法完成验证的，这时候就需要代谢组学来救场。

本篇小鹿分享3篇经典16S rRNA测序+代谢组学研究探究多组学整合研究如何助力快速发文？

分享案例一

标题：藻酸盐寡糖化小鼠的微生物群成功减轻了小肠粘膜炎

期刊：Microbiome IF=14.650

研究思路：

*样本类型：小鼠小肠、肠道内容物、血浆

*检测平台：LC-MS非靶向代谢组、转录组、16S微生物多样性检测等

本研究发现藻酸盐寡糖（AOS）可以减轻抗癌药物白消安诱导的小肠细胞膜的损伤，特别是细胞连接和微绒毛；并有利于肠道菌群变化进而改善小肠功能，提高肠道的免疫功能。

LC-MS非靶向代谢技术发现了粪便移植（FMT）对血液代谢的影响，并分析了血液代谢物与肠道菌群之间的相关性，发现不同剂量的粪便移植对血液代谢组均产生了显著影响，其中大部分是在小肠功能中起着重要作用的脂质代谢物，表明FMT可以在血液中恢复被白消安扰乱的代谢物。

相关性分析表明，“有益菌”乳酸杆菌有助于血液代谢产物的恢复，“有害菌群”则不能协助血液代谢物的回收，揭示了FMT可改善小肠功能和肠道菌群，恢复血液代谢的原因。

分享案例二

标题：EphB6缺陷小鼠的肠道菌群通过介导维生素B6动态平衡调节孤独症行为

期刊：Microbiome IF=14.650

研究思路：

*样本类型：小鼠粪便、脑组织

*检测平台：LC-MS非靶向代谢组、16S微生物多样性检测

自闭症谱系障碍（ASD）是一种发育障碍，目前对孤独症的核心症状的有效治疗很有限。ASD患者临床研究证据表明，肠道菌群与ASD发展之间存在联系，但肠道菌群与ASD的脑功能障碍（肠脑轴）联系机制尚未完全阐明。

在肠道稳态起着重要作用的EphB6基因（位于7q号染色体，属于受体酪氨酸激酶Eph家族），因基因突变和在ASD患者中表达下调，被认为是ASD的候选基因。但尚不清楚EphB6在调节肠道菌群和ASD发生的作用机制。

本研究中作者发现EphB6在功能上与ASD相关，并通过肠道菌群介导的维生素B6和多巴胺，调节患者自闭症样行为。作者建立了EphB6缺陷小鼠肠道菌群失调与内侧前额叶皮层（mPFC）（关键的肠脑功能轴）的兴奋/抑制失衡之间的功能联系。

分享案例三

题目：粪便微生物可以区分酒精性肝炎引起的酒精摄入量，但不能区分疾病的严重程度

期刊：Hepatology IF=17.425

研究思路：

*样本类型：人粪便

*检测平台：LC-MS靶向代谢组、16S微生物多样性检测

为了表征酒精性肝炎有关的粪便微生物生态学，考察微生物组变化和疾病严重程度的关系，推断微生物生态学变化的功能相关性，本文作者将中度或重度酒精性肝炎患者（MAH和SAH）的粪便微生物组与健康（HC）和重度饮酒对照组（HDC）进行比较，通过16S rRNA基因测序鉴定微生物群分类，使用LC/MS平台测量粪便短链脂肪酸（SCFA）含量。

重度饮酒患者与健康对照组相比、重度饮酒组与酒精性肝炎相比，均可以发现明显的微生物组特征分布。但微生物分类不能区分中度和重度酒精性肝炎。在酒精性肝炎患者中，粪便中短链脂肪酸与产生SCFA的微生物菌群均减少，可以推断出，酒精性肝炎患者的粪便微生物组有明显的变化，与酒精性肝炎的严重程度无关。

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