ESCMID 2026 爆点 | MiSeq i100系列携6项病原精准测序应用数据亮相

欧洲临床微生物与感染病学会全球大会（ESCMID Global）作为全球感染病领域顶级学术平台，聚焦病原基因组学、耐药监测与公共卫生防控前沿。本届大会上，因美纳 MiSeq i100系列测序仪重磅亮相，同步展出6项应用数据，覆盖HIV精准分型与耐药、食源性细菌溯源、呼吸道病毒组学、流感监测、污水耐药基因、污水病毒广谱监测六大核心场景，验证其在临床与公共卫生领域的价值。

• IMAP实现HIV-1不同亚型 pol基因100%覆盖，中位测序深度>8000×（图1）

• VSP v2相比非富集方法，显著提升覆盖度和测序深度（图2）

• 与斯坦福HIV耐药数据库比对，符合率高达100%，耐药突变（PI/NRTI/NNRTI/INSTI）检出一致性优异。

• 结论：MiSeq i100系列结合IMAP或VSP v2，可实现HIV基因分型、进化追踪与耐药基因型精准鉴定。

图1. IMAP实现HIV-1亚型的高度覆盖

图2. VSP v2显著提升病毒基因组覆盖度

• 核心场景：食源性致病菌(沙门菌)分型、耐药基因与质粒特征鉴定

• 建库方案：Illumina DNA Prep

• 关键数据

• 获得32株菌株的高质量测序数据：Q30≥97.5%，中位Q-score = 37.1（图3）

• 覆盖深度 46.1×–109.9×，cgMLST核心位点检出率>99%

• 血清型预测符合率100%，精准识别REP JFX01特征突变gyrA_D87Y及质粒IncFIB

• 结论：高质量菌株全基因组测序支持食源性致病菌高分辨率溯源。

图3. 食源性致病菌高质量测序性能数据

图4. 扩增法和富集法对病毒检测的比较

• 39 例样本（含 27 例临床鼻咽拭子），Reads Pass Filter > 94%，上级至出报告<10 h

• 检测下限低至100拷贝

• 临床样本中>71%基因组覆盖≥95% (图5)，完美覆盖流感病毒的不同亚型和区段

• 结论：满足流感季节性监测、毒株变异、耐药及疫苗株匹配性快速评估需求。

图5. 鼻咽拭子样本中不同流感病毒亚型基因组区段覆盖

• 60例污水样本，Q30 ≥ 94.2%，测序+分析<8 h

• 靶向耐药基因reads占比52.8%，ESBL、碳青霉烯酶基因富集效果突出

• 同步覆盖24类耐药基因（图6），可检出大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌等

图6. 学生宿舍与污水处理厂监测到的耐药基因

• 24例污水样本，平均Q30 > 90%，上机至报告< 8 h

• 仅 1M reads 即可实现≥22%病毒靶标覆盖≥60%，4M reads（8M PE reads）达到检测饱和

• 稳定检出诺如病毒、星状病毒、鼻病毒、博卡病毒等，呈现季节性流行规律（图7）

图7. 某实验室污水中监测到的肠道及呼吸道病毒

学术展望

本次 ESCMID Miseq i100系列及六大应用数据，系统验证其在病毒分型、细菌溯源、耐药监测、环境基因组学的全场景适配性。未来，该平台将进一步推动NGS从中心实验室走向临床一线与公共卫生前端，为精准抗感染、耐药防控、新发突发传染病监测提供核心技术支撑。

因美纳Miseq i100测序仪