代谢组学数据如何轻松上传到公共数据库？

我们都知道，多组学联合分析目前是比较热门的研究形式。在发paper中，往往审稿人或者编辑都会提出要求上传原始数据，所以学会多种组学的原始数据上传方式非常有必要。上期小鹿分享了蛋白质组数据如何轻松上传到公共数据库？之后，很多老师都反馈简单好用~本期小鹿带来技能分享—代谢组学原始数据如何上传公共数据库，解决您投稿前的最后一只拦路虎！

MetaboLights作为EMBL-EBI数据库的子数据库，是重要的代谢组学实验和衍生信息的数据库。该数据库是跨物种、跨技术的数据库，涵盖了代谢物结构及其参考光谱，以及它们的生物学作用、位置和浓度，以及来自代谢实验的实验数据。MetaboLights是许多领先期刊的推荐代谢组学资料库。

网址 | https://www.ebi.ac.uk/metabolights/

步骤一：打开网址，注册MetaboLights帐户；

https://www.ebi.ac.uk/metabolights/

步骤二：登陆注册邮箱，激活账户，点击邮箱中的链接即可激活账户；

步骤一：登录。点击右上角“Logn in”，输入注册的账号和密码登录；

步骤二：进去之后点击Submit Study ，首次提交，选择“提交新研究数据”；

步骤三：点击“Create online”选择“Create New Study”之后跳转的页面选择“Let’s get started”

步骤四：2种选择“现在上传原始数据”和“延后上传原始数据”，如需要现在就上传数据，请按照下图点击；

步骤五:系统会生成一个project，还有一个独有的项目号MTBLxxxx;之后点击“NEXT”；

备注：可记录下项目编号和网址链接（便于后面查看自己数据信息，或是写入论文）

步骤六：2种数据上传方式，Aspera Upload和Private FTP Upload，选择Aspera Upload（上传数据快），点击Upload file之前如需安装插件，先点击install plugin下载；

步骤七：点击Upload file选项后，弹出一个选择文件的窗口，选择需要上传的文件；选中文件后弹出选择窗口，选择允许；点击允许后，上传成功显示界面如下，关闭IBM Aspera Connect窗口;

步骤八：点击refresh按钮，之后显示出上传的文件，如下图红色框所示，表示上传成功，点击NEXT进行下一步；

步骤九：在这个界面可选择性填写信息，可以选择“Skip”，跳转页面点击Add technique，填写信息，例如：

Technique：Mass spectrometry

Assay：LC-MS

Define assay：LC

Scan polarity：Alternating

Column Type:Reverse Phase

之后点击Add assay type；

步骤十：点击“OK”，这样上传的数据已经准备好了，之后点击Add assay type，点击“NEXT”，弹出新界面；

步骤十一：点击“Submitted”，弹出窗口，根据自己项目是否完成决定选择”Submitted”或者“In Curation”，之后点击“OK”；

步骤十二：之后点击“绿色”按钮，选择数据释放到数据库的时间，点击“OK“，选择”Add Publication”，在新窗口填入论文相应信息，点击“Save“，相关信息进行保存；

Status（状态）：刚创建项目时，这里都是''Submitted''状态，只有你按照网站要求准确填写并且最后没有报错（error），你才可以手动把状态改为“In curation”，此后你的项目数据才会呈递到网站审核人手里，由他们进行数据的审核以及补充，只有通过curation，数据最终才能be public

Release Date（数据释放日期）：这个也是我们自己选择的，你可以根据自己的需要，结合文章online的时间。自行选择数据公开发布的时间点，这个时间咱们是可以更改的。

Validation（数据验证结果）：网站根据你上传的数据以及你提供的测序参数，审核你数据的完整性、真实性及可靠性，而后给出是否允许你的数据公开的判断，我这里因为还没填写完整，所以现在是''Failed''

Publications: 这里主要涉及该部分数据的文章情况，你要在这里如实填写文章title、key words、author、abstract以及factor信息，值得注意的是factor指该研究的变量（可以是药物类型、药物浓度、基因类型等等），此外，如果你已经有文章稿子了，可以把稿件上传帮助后台审核数据。

步骤十三：分别在Description，Protocol，Sample，Assays，Metabolites，Files，Study Validation选项卡填入论文相关信息，点击“OK”进行保存；当无误时，”Failed”变成“Success“，表明数据录入成功。

这里还会要求你把文章的PMID、DOI号填上，但是如果文章还没发表，实在没有可以不填。

Descriptions：把文章的keywords跟factor填上，该项技术难度指数零颗星

Protocols：技术难度三颗星，每项必须超过两句话，不然就会报错。

Samples：填样品信息

Assay：信息跟前面protocol一样，按照各个步骤填上相应的参数即可

Metabolites：测序公司会提供一个最终从你样品中识别到的代谢物信息表，直接上传即可，注意代谢物名称那一列只需要写代谢物名称即可，其他信息删掉

Files：我们可以在这一栏浏览我们上传的所有原始数据文件，以及前面几个条目所填项自动生成的表格

步骤一：到主界面，点击用户名，之后点击“My Studies”；

步骤二：点击项目编号；

学会了吗？快来试一试吧~

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Lisa  撰文

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