名师助力！第四届上海陶术CADD/AIDD药物设计培训班报名正式开始！

2025-06-05 17:32:08, 小陶 TargetMol中国


2025年7月23-26日，陶术特邀 复旦大学药学院人工智能药物设计团队 授课的第四期药物设计培训班将在上海丽昂豪生大酒店正式开班！


培训班师资队伍内容强大，三位老师均为药物分子设计领域的资深研究者，理论基础深厚且教学经验丰富。他( 她)们将带领学员系统地、全面的学习分子对接、虚拟筛选、大分子相互作用的基础理论和案例实操，提升对CADD方法的理解和实践能力，助您跻身于研发领域的学术前沿。


我们诚挚地邀请大家报名参与，学会CADD，发文更容易！报名信息详见文末!



第一天（2025.7.23）



CADD/AIDD药物设计概论

一、 计算机辅助药物设计的发源和基本概念

  • 药物研发的历史演化

  • 当代药物研发的典型流程

  • 计算机辅助药物设计的常规装备

  • 计算机辅助药物设计概念

  • 计算机辅助药物设计能发挥的作用

  • 计算机辅助药物设计的成功实例

  • CADD技术对新药研发产生的影响


二、计算机辅助药物设计中常用的计算方法

  • 分子模拟介绍

  • 分子模拟应用场景

  • 量子力学介绍

  • 分子力学介绍

  • 分子力学和量子力学的应用

  • 化学信息学介绍

  • 基于靶标结构的药物设计方法

  • 分子对接介绍

  • 分子对接应用场景

  • 虚拟筛选

  • 配体分子的从头设计

  • 基于配体分子的药物设计方法

  • 基于配体分子的方法：2D-QSAR

  • 基于配体分子的方法：3D-QSAR

  • 基于配体的方法：药效团模型

  • 计算机辅助药物设计的应用

  • ADMET


三、人工智能驱动的药物设计

  • AIDD发展历史

  • AIDD的应用

  • AIDD的案例



分子结构显示和处理方法

一、蛋白结构准备

  • RCSB PDB数据库介绍

  • UniProt数据库介绍

  • AlphaFold数据库介绍

  • 用于存储有机分子结构的常见文件格式

  • 常见文件格式解读


二、小分子结构的构建与优化

  • PubChem、ChEMBLE数据库介绍

  • 分子指纹定义

  • 分子指纹类型

  • 不同分子指纹算法的特点总结

  • 分子指纹的应用

  • 数据库应用场景

  • PyMol介绍


三、实例讲解与练习

  • 案例a

  • 案例b


第二天（2025.7.24）


分子对接基本流程和技巧

一、分子对接基本流程

  • 分子对接历史

  • 分子对接原理

  • 分子对接方法分类

  • 代表性分子对接软件及部分软件介绍

  • 考虑水分子的对接

  • 共价分子对接

  • 分子对接受体模型的建立

  • 分子对接配体化合物库的准备

  • 受体结合位点的确定

  • 构象搜索与能量评价

  • 分子对接方法性能的比较

  • 打分函数评价体系CASF


二、AutoDock Vina软件执行分子对接

  • AutoDock Vina介绍

  • 与AutoDock4的性能对比

  • AutoDock Vina安装

  • 其他插件


三、分子对接结果的可视化分析

  • 对接结果分析

  • 对接结果展示


四、实例讲解与练习

  • 案例a

  • 案例b



虚拟筛选的基本流程和技巧

一、虚拟筛选基本流程

  • 药物发现与药物筛选流程

  • 高通量筛选 VS 虚拟筛选

  • 虚拟筛选基本要素

  • 虚拟筛选与分子对接区别

  • 基于受体的虚拟筛选方法：分子对接

  • 案例介绍

  • 基于受体的虚拟筛选方法：多构象策略

  • 基于受体的虚拟筛选方法：分子作用指纹

  • 基于受体的虚拟筛选方法：药效团模型

  • 基于配体的虚拟筛选方法：结构相似性搜索

  • 基于三维形状相似性的虚拟筛选方法ROCS

  • 基于形状匹配和分子对接的虚拟筛选工具比较

  • 基于配体的虚拟筛选方法：2D-QSAR

  • 3D-QSAR：比较分子场分析 

  • 基于配体的虚拟筛选方法：药效团模型

  • 基于配体与受体联合的虚拟筛选方法

  • 基于人工智能的虚拟筛选

  • 虚拟筛选一般流程

  • 虚筛前的准备工作

  • 分子对接方法性能的比较

  • 打分函数评价体系CASF

  • 虚拟筛选模型的验证

  • 人工检查


二、使用AutoDock Vina软件执行虚拟筛选

  • AutoDock Vina虚拟筛选需要的文件准备

  • AutoDock Vina虚拟筛选运行


三、虚筛的结果分析和技巧

  • 虚拟筛选结果挑选

  • 虚拟筛选结果保存


四、实例讲解与练习

  • 案例a

  • 案例b


第三天（2025.7.25）


分子动力学模拟基础

一、分子动力学模拟原理

  • 分子动力学模拟定义

  • 分子动力学模拟历史

  • 分子动力学模拟原理


二、分子动力学模拟的一般流程

  • 分子动力学模拟流程简介

  • 力场的介绍

  • 轨迹的介绍

  • 力场和轨迹演化：键的拉伸

  • 力场和轨迹演化：键角

  • 力场和轨迹演化：二面角

  • 力场和轨迹演化：Improper Dihedral

  • 力场和轨迹演化：非键相互作用

  • 力场和轨迹演化：静电相互作用

  • 力场和轨迹演化：其他形式的力场

  • 力场和轨迹演化：能量极小化

  • 力场和轨迹演化：初始速度

  • 力场和轨迹演化：积分算法

  • 力场和轨迹演化：周期性边界

  • 力场和轨迹演化：非键作用计算

  • 力场和轨迹演化：温度和压强控制

  • 力场和轨迹演化：整体流程


三、分子动力学模拟体系搭建

  • 分子动力学模拟体系介绍

  • 分子动力学模拟搭建体系搭建体系流程

  • 分子动力学模拟搭建体系常见报错及解决方案

  • 分子动力学模拟搭建体系检查


四、实例讲解与练习

  • 案例a

  • 案例b



分子动力学模拟进阶

一、分子动力学模拟增强采样方法

  • 溶剂模型介绍

  • 增强采样

  • 增强采样：TMD

  • 增强采样: SMD

  • 增强采样: 伞抽样

  • 增强采样: Metadynamics

  • 增强采样: T-REMD

  • 增强采样: Hamiltonian-REMD

  • 增强采样: REST

  • 增强采样: REST2


二、配体结合自由能计算：MM-GB/SA方法

  • 配体结合自由能定义

  • 配体结合自由能常见方法

  • MM-GB/SA介绍及使用

  • 轨迹分析:Time correlation function 

  • 轨迹分析: principal component analysis

  • 轨迹分析: source of error in MD

  • 模拟硬件和软件

  • 参考资料


三、实例讲解与练习

  • 案例a

  • 案例b


第四天（2025.7.26）


大分子药物设计

一、 蛋白-蛋白和蛋白-核酸分子对接

  • 蛋白质结构

  • 蛋白-蛋白对接常见的软件

  • 蛋白-蛋白对接结果分析

  • 核酸结构

  • 蛋白-核酸对接常见的软件

  • 蛋白-核酸对接结果分析


二、人工智能蛋白质结构预测

  • 蛋白质结构预测方法进展

  • AlphaFold和RosettaFold介绍

  • 蛋白质结构设计方法介绍

  • ProteinMPNN和RFDiffusion等方法介绍


三、实例讲解与练习

  • 案例a

  • 案例b



药物发现之旅

一、 化合物库的选择

  • Topscience database介绍

  • 不同化合物的区别

  • 建议的化合物库选择方式

  • 硬件的选择


二、化合物的选择

  • 化合物参数介绍

  • 化合物参数的选择


三、ADMET

  • ADMET基本概念

  • ADMET预测原理

  • ADMET预测工具实战


培训老师介绍








往期评价

陶术药物设计培训课程目前已成功开展三期，教学内容受到了众多学员的高度赞赏，并且在课程结束后我们也会持续的为学员们解答相关疑问 。






报名及联系


费用：

4280元/人（含四日酒店午餐）

7480元/人（含四日酒店住宿（单人间）及早、中、晚餐）


6.20日前报名可享早鸟价立减800~

活动安排可能调整，敬请关注最新通知 。









  • 客服电话： 400-6699-117 转 1000
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