精益求精!XLEAP-SBS助力测序潜能攀升

2024-03-13 15:11:30 Illumina因美纳(中国)科学器材有限公司


NovaSeq™ X系列的首批产品在因美纳新一代高通量平台上引入了XLEAP-SBS化学技术。通过使用全新改良的阻断物、连接键和精心设计的聚合酶,XLEAP-SBS能够以更快的速度和更高保真度结合核苷酸,与标准SBS技术相比,结合速度提高至2倍,阻断物切割速度提高至2.5倍。

结合这项化学技术,Q值评估的准确性得以进一步提升,NovaSeq™ X系列的“中碱基质量”和“高碱基质量”区间分别从Q20提高为Q24,从Q37提高为Q40。NovaSeq™ X Plus基因测序仪10B和25B流动槽的实测结果也都达到了Q40>90%的可靠表现1。

NovaSeq™ X 系列中的

Q值质量提升

上图是Q值直方图,展示了NovaSeq™ X系列软件版本v1.2中的改进。图中的细线表示质量分值达到特定整数值的碱基百分比。为了降低客户存储成本和数据传输时间,测序仪将这些整数间隔的质量分值聚合为三个区间,显示为深色条,标签分别为Q12、Q24和Q40。这些分区在概念上分别包含3至17、18至29和30及以上范围内的碱基质量。每个深色条下面的标签代表该聚合区间中所有碱基的质量分值。由于标签是区间数据的平均质量,因此区间会自然地聚合高于和低于标签值的各个高分辨率质量分值的碱基。由于Q值是对数尺度,因此分布是不对称的,聚合分区大多由质量较高的碱基组成。这个更新使得碱基代表质量的评估更加准确,质量分值有所上升,目前最高质量的碱基报告为Q40。NovaSeq™ X系列能够产生>= 85%的Q40分值输出碱基;其中大部分碱基在高分辨率下超过Q40。

NovaSeq™ X系列

实测Q值直方图

上图展示了10B流动槽捕获的数据的实际情况,使用的是由HG002样本制备的PCR-Free文库。图中的数据显示了三区间直方图(蓝色)与高分辨率直方图(橙色)的对比情况,Q40区间中的碱基占运行输出碱基的90%以上。实测数据中,10B流动槽与25B流动槽使用NA12878/HG001样本制备的PCR-Free文库在Q40区间中的碱基占运行输出总碱基的比例也分别高达93.15%和93.20%1。

良好的实测值与

真实值一致性

上图通过Q-Q图直观展示了NovaSeq™ X系列10B流动槽Q值校准的准确性,该图在x轴上显示预测的碱基质量,在y轴上显示经验评估的碱基质量。完美校准的预测结果v将位于x = y线上,它表明预测的Q值与经验值非常吻合。

结 论

NovaSeq™ X系列(软件版本v1.2)更准确地反映了XLEAP-SBS化学技术的测序质量。凭借更准确的碱基检出、质量分值和分区,NovaSeq™ X系列基因测序仪现在可在最高质量Q40区间提供碱基。

更多关于Q值的介绍请参考

因美纳Q值小课堂(今日次条推文)

因美纳存档数据,https://basespace.illumina.com

仅供研究使用,不得用于诊断。

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