2024-03-13 15:11:30 Illumina因美纳(中国)科学器材有限公司
Q值基础知识:什么是碱基质量分值?什么是Phred分值?
Q值误差来源:并非所有误差都在测序仪上产生
Q值分辨率:大量基因组数据推动了碱基质量标记的优化,从而降低了存储需求
Q值在下游应用中的意义:
Q值重要吗?
因美纳基因测序仪的Q值设计:
重要的考虑因素
附录:Q值校准训练
在向客户发布之前,测序仪平台会通过校准训练来优化碱基质量分值预测。这可确保测序平台上分配的碱基质量分值与经验碱基检出准确度密切吻合。
许多碱基质量分值校准训练算法都源自1998年发表的一篇基础论文,该论文描述了一种高效的计算质量分值的分配方法10。它使用少量预测变量(如信噪比)来构建一个查找表。每一行都记录了预测空间中一小块区域的经验质量。它为给定一组量化预测值生成碱基质量分值提供了一种简便的方法。虽然该论文仅使用了从色谱文件中提取的四个启发式预测变量,但这种通用方法可以在任何类型的测序仪中使用任意数量的预测变量。
经验质量的定义是,在给定的预测变量空间区域内,被正确检出的碱基数与被检出的碱基总数之比。用于计算的碱基仅限于已知真值的碱基,例如,用于人类数据的Genome in a Bottle(GIAB)真值集,它涵盖了人类基因组的大部分内容。具有自己的高质量真值集的其他基因组(细菌、微生物)也包含在其中,以确保k-mers在训练中得到尽可能公平的体现。容易出现映射错误的区域将从计算中剔除,因为映射不是测序操作的一部分,不应影响测序错误率的测量。
参考文献:
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仅供研究使用,不得用于诊断。
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