腺相关病毒衣壳蛋白的肽图

样品:

20µL AAV浓度为2E13vg/mL

变性剂:

50%v/v 三氟乙醇

还原剂:

2mM三羧酸乙基膦

孵育:

70°C下30分钟

烷基化:

2mM碘乙酰胺

孵育:

22°C下30分钟, 在黑暗条件下

稀释:

以100mM碳酸氢铵, pH8.25稀释4.5倍

酶解:

1:25w/w Trypsin

孵育:

37°C下18小时

淬灭:

0.4%v/v with 10%甲酸

浓度:

SpeedVacto浓缩至约25%最终反应体积

复溶:

加入等体积的25mM碳酸氢铵，pH为8.25

色谱柱:

Biozen 2.6µm Peptide XB-C18

规格:

150x2.1mm

订货号:

00F-4768-AN

流动相:

A: 0.1% 甲酸水

B: 0.1% 甲酸乙腈

梯度:

Time (min)           %B

0                           2

50.5                      60

55.5                      60

60.0                      90

63.0                      90

63.1                       2

70.0                       2

流速:

0.3mL/min

进样体积:

1µL

温度:

60°C

仪器:

UHPLC

检测器:

MS

Scan Type:

Full MS

Resolution:

70,000

AGC Target:

3e6ms

Maximum IT:

200ms

Scan Range:

200 to 2000m/z

Scan Type:

MS2

Resolution:

70,000

AGC Target:

1e5ms

Maximum IT:

200ms

Protein Name

#Peptides

%Coverage  

# AAs  

>tr|Q9YIJ1|Q9YIJ1_9VIRU Capsid protein OS=adeno-associated virus 5 OX=82300 GN=cap PE=1 SV=1

193

93.6

723

Protein Name

#Peptides

%Coverage  

# AAs  

>tr|Q6JC40|Q6JC40_9VIRU Capsid protein VP1 OS=Adeno-associated virus 9 OX=235455 GN=cap PE=1 SV=1

205

92.7

768