2022-12-07 05:35:44, 多层组学定制服务 上海欧易生物医学科技有限公司
TCGA✬ | TCIA✬ | ICGC |
cBioPortal | canEvolve | UCSC Cancer Genomics Browser |
肿瘤转录组数据库 | ||
Oncomine✬ | GEO✬ | ArrayExpress |
ChiTaRS | miRCancer | OncomiRDB |
UALCAN | CRN |
基因组数据库 | ||
Cancer Hotspots✬ | BioMuta✬ | ArrayMap |
Mitelman | SomamiR | CGP |
遗传变异数据库 | ||
ClinVar✬ | dbVar | DECIPHER |
DGV | HGVS | EGA |
gnomAD | HGMD | MOKCa |
RefSeqGene | dbSNP✬ | HRC |
DNA甲基化数据库 | ||
MethHC | MethyCancer | methDB |
GSmethDB | PubMeth | SurvivalMeth |
DiseaseMeth | MethBank✬ | Lnc2Meth |
MEXPRESS | EWAS | m6A2Target✬ |
蛋白组数据库 | ||
CPTAC | Cancer3D | InterPro |
UniProt✬ | STRING✬ | PIR |
PDB |
代谢组学数据库 | ||
HMDB✬ | METLIN✬ | GMD |
LIPID MAPS | PubChem | MassBank |
NPACT | BiGG |
肿瘤驱动基因数据库 | ||
CGC✬ | Network of Cancer Genes | DriverDB |
IARC TP53 | OncoKB✬ | IntOGen |
通路pathway数据库 | ||
KEGG✬ | Reactome✬ | Pathway Commons |
innate edb | BioGRID | ConsensusPathDB-human |
SMPDB |
部分蛋白组学,代谢组学常用经典数据库罗列:
Vol.1/ uniprot数据库
目前较常用的蛋白质组数据库是UniProt和NCBI这2个公共库,其中UniProt整合了Swiss-Prot、 TrEMBL 和 PIR-PSD 三个数据库,主要优势在于添加了蛋白功能注释信息。具有更新速度快、与其他数据库联系密切、分析工具齐全、使用便捷的特点,成为了目前信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。
一般情况下,如果蛋白质组所研究的物种已经被测序,推荐使用Uniprot数据库作为蛋白搜库匹配的数据库,如果所研究的物种在UniProt数据库中蛋白数据较少,推荐使用NCBI数据库进行搜库。
数据库链接:https://www.uniprot.org/
点击查看:uniprot数据库使用方法
Vol.2/ String数据库
String数据库(https://string-db.org/)是一个搜索已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库,该数据库可应用于五千多个物种,包含两千四百万种蛋白的,大于2000万种蛋白质之间的相互作用连接。
Vol.3/ PhosphoSitePlus数据库
PhosphoSitePlus数据库是一个由 CST 和 NIH 联合开发的免费资源数据库,总结归纳了海量通过科学研究发现的蛋白修饰位点,包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等,并且包括一些 CST 公司发现但未发表的蛋白修饰位点。
该数据库是动态的、开放的、高度互动并持续更新的。它有助于研究 PTMs 在正常和病理细胞/组织中的作用,同时它也是发现新的疾病标志物和药物靶点的有力工具。
Vol.4/ PDB数据库
国际蛋白质结构数据库(PDB)全称为Protein Data Bank,是全球最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维(以二维的形式表示三维的数据)结构的数据库。PDB网址https://www.wwpdb.org/,用户可以经由网络免费访问,是结构生物学研究的重要资源。
PDB主要收集蛋白质的结构信息,也包括了少量的核酸及糖的三维结构。截至目前,该数据库共收录192095个蛋白质/核酸结构,其中人类序列结构57738个,含核酸结构14495个。
Vol.1/ HMDB数据库数据库
人类代谢数据库(HMDB,https://hmdb.ca)是最大、最全面的生物体特异性代谢数据库。该数据库包含或链接了三种数据:化学数据、临床数据和分子生物学/生物化学数据。目前,该数据库包含220945个代谢物条目,包括水溶性和脂溶性代谢物。此外,还包含了8610个和这些代谢条目有关的蛋白质序列(酶和转运蛋白)。
点击查看:干货 | 人类代谢数据库(HMDB)使用指南来啦!
Vol.2/ METLIN数据库
METLIN数据库(https://metlin.scripps.edu)是由美国斯克里普斯研究院开发的,是目前最大的二级质谱数据库,这些数据来自多个QTOF质谱检测平台,包括SCIEX、Agilent、Bruker、Waters。METLIN现在拥有超过500,000种分子标准品,具有多种能量和正/负模式的MS/MS数据。
METLIN包含超过一百万个分子,包括脂质、类固醇、小肽、碳水化合物、外源性药物/代谢物、中心碳代谢物和有毒物质等。
由于METLIN网站已商业化,其检索功能在国内无法使用。为了给科研工作者提供更全面更准确的代谢物数据信息,鹿明生物购买了METLIN网站的商业版数据库用于LC-MS/MS非靶代谢组学的代谢物鉴定研究(下图为METLIN数据库官网首页图片)。
点击查看:干货 | METLIN:一个强大的代谢物鉴定及查询的数据库
Vol.3/ KEGG数据库
信号通路是基础科研的精粹所在,而掌握通路浩瀚数据的钥匙就是KEGG。KEGG是日本京都Kanehisa Laboratories根据文献证据手工整理的一个庞大数据库(包括信号通路、基因、疾病、药物等等)。
KEGG有别于其他数据库的一个显著特点就是具有强大的图形功能,它利用直观图形而不是繁缛的文字来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系,简单明了。但初见KEGG也不是这么好用的,因为日本人清奇的脑回路,很(sang)贴(xin)心(bin)的(kuang)在网站里放了16个子数据库。
关注鹿明生物公众号,后台回复“客服”即可联系鹿明生物专业技术工程师详聊~
猜你还想看
END
Lisa 撰文
欢迎转发到朋友圈
本文系鹿明生物原创
转载请注明本文转自鹿明生物
我知道你在看哟
点“阅读原文”了解更多
07-13 标乐中国
直击火热现场|福立仪器在第十一届慕尼黑上海分析生化展持续发力07-13 福立仪器
【专“柱”三十载】analytica China 2023 迪马科技大放异彩!07-12 DIKMA
当之无愧的临床质谱“金字塔”——德米特 DMT9500 直接血样质谱系统07-12
检测报告到底该怎么盖章?07-12 食品实验室服务
HJ 637-2018方法中的计算公式需要在原始记录中体现吗?07-12 检测家
【圆满举办】2023中药材及饮片质量安全检测技术论坛(上海慕尼黑站)07-12 检测家
【会议通知】2023浙江省样品前处理技术创新大会07-12
观众报名 | 爱色丽诚邀您参观 2023 Interdye展07-12 爱色丽彩通
如何快速配制准确的包装油墨色彩?07-12 爱色丽彩通
直播回顾 | 错过Netprofiler直播?没关系,赶紧点进来学习吧!07-12 爱色丽彩通
聚核安全 品质领跑 | 美正&珀金埃尔默盛装出席2023中国奶业展览会07-12 珀金埃尔默
首日精彩,不容错过!珀金埃尔默慕尼黑展,科技前沿尽在眼前!07-12 珀金埃尔默
牛津仪器纳米科学部推出全新的开源输运测量系统07-12 牛津仪器
就在明天!Oi Service直播讲堂:刻蚀沉积设备已停产备件的升级推荐07-12 牛津仪器客户服务
从强悍性能到自动智能——国产仪器自主研发突破新高度07-12 屹尧科技
安捷伦在Analytica China 2023展示数智分析创新技术07-12
TESCAN能谱CT助力波城大学研究再上一层楼07-12 TESCAN中国
合作交流 | 热烈欢迎四川腾盾科技一行到访艾立本彭州总部参观交流07-12
慕尼黑上海分析生化展丨仪真分析精彩抢先看07-12