2022-05-14 05:42:51, 多组学定制服务 上海欧易生物医学科技有限公司
METLIN数据库(https://metlin.scripps.edu)是由美国斯克里普斯研究院开发的,是目前最大的二级质谱数据库,这些数据来自多个QTOF质谱检测平台,包括SCIEX、Agilent、Bruker、Waters。METLIN现在拥有超过500,000种分子标准品,具有多种能量和正/负模式的MS/MS数据。
METLIN包含超过一百万个分子,包括脂质、类固醇、小肽、碳水化合物、外源性药物/代谢物、中心碳代谢物和有毒物质等。
由于METLIN网站已商业化,其检索功能在国内无法使用。为了给科研工作者提供更全面更准确的代谢物数据信息,鹿明生物购买了METLIN网站的商业版数据库用于LC-MS/MS非靶代谢组学的代谢物鉴定研究(下图为METLIN数据库官网首页图片)。
那么,既然METLIN网站免费查询功能现已基本无法使用,很多老师拿到我们项目报告后会问:哪些代谢物是通过METLIN鉴定得到的,这些代谢物的功能以及通路信息怎么查?下面我们就METLIN数据库使用方法做详细说明:
1
代谢物ID查找方式
在鹿明生物项目报告——数据矩阵——找到“Compound ID”列。
如下图所示,Metlin数据库中代谢物ID号为纯数字形式:
图1 | 数据矩阵中查找代谢物对应的ID号
2
在网址中输入代谢物在Metlin数据库中的ID号
以代谢物6-Hydroxy-1H-indole-3-acetamide为例,其METLIN ID号为87466,修改下面网址中等号后面的数字即可访问该物质METLIN详细信息:https://metlin.scripps.edu/metabo_info.php?molid=87466
图2-1
Metlin数据库中提供丰富的物质信息,包括名称、结构、分子式、分子量、CAS号、
KEGG ID和链接、HMDB ID和链接、PubChem ID和链接等等。
图2-2 | Metlin数据库中指定代谢物信息展示
图2-3 | Metlin数据库中指定代谢物信息展示
最近十几年代谢组学技术发展迅速,但数据库仍然是最大的制约因素之一,数据库的不全面导致了能够检测鉴定出来的物质数目不够丰富。而我们通常希望非靶向代谢组检测能够鉴定出我们感兴趣的几种十几种物质,那么通用的方法就是我们可以搜索一下常用的代谢物数据库,就可以做到心里有底啦~还记得鹿明生物的百万数据库建库项目吗?百万立项计划 | 突破代谢组学化合物鉴定技术瓶颈:标品库管理背后的故事。目前鹿明生物在数据库的投入将作为重点项目,请持续关注~~同时,后续小鹿也将分享更多关于数据库的干货,欢迎关注鹿明生物科研数据库专题~~
.
文末看点|lumingbio
上海鹿明生物科技有限公司多年来,一直专注于生命科学和生命技术领域,是国内早期开展以蛋白组学和代谢组学为基础的多层组学整合实验与分析的团队。目前在多层组学研究已经有了成熟的技术方法,欢迎各位老师前来咨询哦~
同时,鹿明生物B站上线了5大频道板块,分别在空间代谢组学、生信分析、多层组学、代谢组学方向为各位科研老师提供有效的方法工具和思路~其中,生信板块也拥有着观看量1.5万的生信爆款视频~欢迎各位老师访问,鹿明生物B站:
https://space.bilibili.com/388691543
长按扫码咨询鹿明生物技术工程师
猜你还想看
1、百万立项计划 | 突破代谢组学化合物鉴定技术瓶颈:标品库管理背后的故事
2、导师给你推荐了吗?历隔4年,HMDB数据库5.0版强势来袭!
3、代谢组学数据如何轻松上传到公共数据库?
4、蛋白质组数据如何轻松上传到公共数据库?
07-01 英斯特朗
连载 | 药物一致性评价与粒度分析(三)07-01 欧美克仪器
【仪器百科】LS-909丨干湿二合一激光粒度分析仪07-01 欧美克仪器
标准物质解决方案 | PFASs(全氟及多氟化合物)06-29
第九期阿尔塔有约 | 环境专题【新污染物:PFAS】技术研讨会精彩回顾及提问解答06-29
“绿色技术范式”,分析化学未来发展方向——访中国分析测试协会副理事长、辽宁省分析科学研究院原院长刘成雁教授06-29 转载仪器信息网
华西医院-标准型数显脑立体定位仪、双通道体温维持仪、体式显微镜安装完成06-29 迈越生物
科鉴检测助力2家仪器企业获得首批产品可靠性认证证书06-28 科鉴检测
德国耶拿:锂电池生命周期分析解决方案06-28 德国耶拿
AI已来!生命科学本科教学如何紧跟技术浪潮06-28 Opentrons
盛瀚售后,五星级服务的秘诀是什么?06-28 SHINE
专为汽车制造商打造的柔性解决方案——实现制程控制06-28
西北工业大学-脑立体定位仪安装完成06-28 迈越生物
会议邀请 | 第九届海上检验医师论坛06-28
卓立要闻 | 创新发展ing…6月卓立“大事小情”速览06-28 光电行业都会关注
打造信任合作伙伴!2024年度卓立汉光客户满意度调查开启06-28 光电行业都会关注
如何挑选适用于三阶光学非线性的测量系统?Z扫描测量系统来助力!06-28 光电行业都会关注
招聘启事—中国科学院沈阳自动化研究所微纳光学测量表征技术课题组06-28 光电行业都会关注
谱育科技作为主要完成方 荣获2023年度国家科学技术进步一等奖和二等奖06-28 点击关注→
仪器原理丨顶空仪与吹扫捕集仪科普小知识06-28 天美色谱