干货 | METLIN：一个强大的代谢物鉴定及查询的数据库

2022-05-14 05:42:51, 多组学定制服务 上海欧易生物医学科技有限公司


METLIN数据库（https://metlin.scripps.edu）是由美国斯克里普斯研究院开发的，是目前最大的二级质谱数据库，这些数据来自多个QTOF质谱检测平台，包括SCIEX、Agilent、Bruker、Waters。METLIN现在拥有超过500,000种分子标准品，具有多种能量和正/负模式的MS/MS数据。


METLIN包含超过一百万个分子，包括脂质、类固醇、小肽、碳水化合物、外源性药物/代谢物、中心碳代谢物和有毒物质等。


由于METLIN网站已商业化，其检索功能在国内无法使用。为了给科研工作者提供更全面更准确的代谢物数据信息，鹿明生物购买了METLIN网站的商业版数据库用于LC-MS/MS非靶代谢组学的代谢物鉴定研究（下图为METLIN数据库官网首页图片）。



那么，既然METLIN网站免费查询功能现已基本无法使用，很多老师拿到我们项目报告后会问：哪些代谢物是通过METLIN鉴定得到的，这些代谢物的功能以及通路信息怎么查？下面我们就METLIN数据库使用方法做详细说明：


1

代谢物ID查找方式


在鹿明生物项目报告——数据矩阵——找到“Compound ID”列。

如下图所示，Metlin数据库中代谢物ID号为纯数字形式：


图1 | 数据矩阵中查找代谢物对应的ID号


2

在网址中输入代谢物在Metlin数据库中的ID号


以代谢物6-Hydroxy-1H-indole-3-acetamide为例，其METLIN ID号为87466，修改下面网址中等号后面的数字即可访问该物质METLIN详细信息：https://metlin.scripps.edu/metabo_info.php?molid=87466


图2-1


Metlin数据库中提供丰富的物质信息，包括名称、结构、分子式、分子量、CAS号、


KEGG ID和链接、HMDB ID和链接、PubChem ID和链接等等。


图2-2 | Metlin数据库中指定代谢物信息展示


图2-3 | Metlin数据库中指定代谢物信息展示


最近十几年代谢组学技术发展迅速，但数据库仍然是最大的制约因素之一，数据库的不全面导致了能够检测鉴定出来的物质数目不够丰富。而我们通常希望非靶向代谢组检测能够鉴定出我们感兴趣的几种十几种物质，那么通用的方法就是我们可以搜索一下常用的代谢物数据库，就可以做到心里有底啦~

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文末看点｜lumingbio

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