Front Endocrinol | FFPE样本 VS 新鲜样本，全转录组测序的肾上腺皮质肿瘤RNA表达高度相似？

1、肾上腺皮质癌样本（ACC）新鲜冻存和FFPE样本各3份；

2、产生醛固酮的腺瘤（APA）新鲜冻存和FFPE样本各3份；

3、皮质醇生成腺瘤（CPA）新鲜冻存和FFPE样本各3份。

1、RNA抽提质检：

（1）新鲜冻存样本使用Trizol抽提RNA，FFPE样本使用Promega的Maxwell RSC RNA FFPE kit抽提RNA。

（2）RNA质检使用Bioanalyzer 2100， RNA质量的判定使用RIN值和DV200两项指标。

2、建库：

使用NEBNext rRNA去除试剂盒及NEBNext Ultra II Direcational RNA建库试剂盒。

1、RNA抽提分析

与新鲜冻存的样本相比，FFPE样本的RNA抽提得率、RIN值和DV值均偏低（图1）。FFPE样本的RNA浓度平均值为36ng/μL， RIN值平均值仅为2.2， DV200平均值为47.6%；而新鲜冻存样本的RNA浓度为464.5ng/μL， RIN值平均值为7.9，DV200平均值为71%。将FFPE样本分成存放时间大于340天小于340天两组，新鲜冻存样本分成存放时间大于427天和小于427天，分别对RNA浓度、RIN值和DV200进行统计发现，无论是FFPE样本还是冷冻样本存放时长对RNA的得率、RIN值和DV200均无明显影响。

2、RNA测序数据分析结果

（1）FFPE样本与新鲜冻存样本RNA分别建库测序，得到的原始数据相近，分别为33M reads和32.9M reads。但是两者的基因组比对率差异较大，其中FFPE样本的基因组比对率为82.9%，而冻存样本的基因组为 87.7%。因此FFPE样本所得到的可用于分析的reads数明显少于冻存样本。但是二者分析得到的基因数并无明显差别，平均值分别为18160 和 18001。

（4）对比同组的FFPE样本和新鲜冻存样本的基因表达情况，ACC组的FFPE样本中有402个差异基因，其中161个上调，241个下调。在ACC组的新鲜冻存样本中则有356个差异表达基因，其中148个上调，208个下调，两者的共有基因为193个，其中76个上调，117个下调。

对APA和CPA的FFPE样本和新鲜冻存样本分别进行分析，结果表明FFPE样本产生的数据能够用来鉴定APA和CPA特异基因。

1、FFPE样本能够用来抽提RNA并进行转录组建库测序；

2、FFPE样本抽提RNA得率、RIN值及DV200与新鲜冻存样本有较大差异；

3、在肾上腺皮质肿瘤中可以使用FFPE样本替代新鲜冻存样本进行疾病marker基因的鉴定；

4、在肾上腺皮质肿瘤的FFPE样本的RNA表达模式与新鲜冻存样本的RNA表达模式高度相似；

5、FFEP样本能够进行组织形态观察，从而使显微切割获得特定部位的组织和细胞成为可能；

6、本篇文章的缺点是没有能够取到保存年限更长的样本进行研究。

7、本篇文章为大量的FFPE样本的使用挖掘提供了新思路。

引用文献

Iwahashi et,al., Whole transcriptome profiling of adrdnocortical tumors using formalin-fixed paraffin-embedded samples, Fromtiers in Endocrinology, February 2022, Volume 13, Article 808331.

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排版人：小久

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