干货 | 秘籍宝典：免疫浸润分析-TIMER2.0介绍

首先进入官方（访问链接- http://timer.cistrome.org/），然后点击导航栏 “Estimation”或者页面中 “Immune Estimation”都可以。

进入Immune Estimation模块之后看到如下界面：

首先选择我们的编码基因表达矩阵文件（支持csv和txt格式的文本文件，测序、芯片的数据都可以），格式示例如下，表头是样本名称，第一列是编码蛋白的基因名称：

表达矩阵上传好之后选择物种（数据库支持Human和Mouse两个物种，实际上CIBERSORT、xCell等数据库只支持人的表达矩阵数据）；

然后选择数据对应的癌种，如果不清楚癌种类型，可以选择“AUTO”让数据库自动判断；

设置好之后点击RUN即可。

TIMER 2.0的Immune Estimation是在线即时分析的，可以在网页右下方看到实时分析进展，一般几分钟内就可以分析好：

分析完成之后网页会展示结果表格预览和汇总的柱状图和饼图（如果上传的表格样本数超过10个不提供汇总图片）：

结果表格/图片都可以下载：

以结果表格为例，下载下来的表格示例如下，表格第一列是免疫细胞的类型+数据库名称，表头是样本名称，数值表示各个数据库/工具计算得到score值：

除了数据库提供的汇总图片，我们可以结合自己的需求，利用欧易云平台的小工具做一些可视化和统计类的分析：

利用使用得到的矩阵绘制热图

2号传送门：欧易云平台热图工具

链接：

https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/heatmap/

如果要统计不同分组内结果的差异显著性可以使用欧易云平台统计工具

链接：

https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/diffstatistic-oehw/

以上就是TIMER2.0的免疫浸润分析的介绍，有分析需求的老师赶紧试试吧~