干货 | 微生物组新技术2bRAD-M之样本准备

2022-06-30 19:38:24, 星标关注 上海欧易生物医学科技有限公司


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2022年1月26日, Genome Biology(IF:13.518)在线发表了由中国科学院青岛生物能源与过程研究所徐健教授团队、中国海洋大学王师教授团队和青岛欧易生物科技有限公司联合完成的题为“Species-resolved sequencing of low-biomass or degraded microbiomes using 2bRAD-M”的研究论文。该研究开发的2bRAD-M技术是一种简化宏基因组测序技术,研究团队根据2bRAD简化基因组测序原理(Nature Methods, Wang et al. 2012),将NCBI海量微生物基因组进行IIB酶电子酶切后的简化参考基因组作为基础,并开发相关的计算和测序分析流程,实现了低成本、高准确性、高分辨率地鉴定微生物菌群结构的目标。


样本准备是实验顺利进行的基础保障,也是获得具有科学意义实验结果的前提。如果我想用2bRAD-M技术来进行科学研究,应该怎样准备样本呢?


欧易生物想你所想,已为您备好样本准备宝典,助力微生物组研究~


FFPE样本 (高降解样本)

取石蜡切片(10mm*10mm)5-10张,石蜡块约30 mg的组织样本(尽量去除多余的石蜡),将样本放入专用的病理切片盒中。石蜡包埋样本可常温保存,最佳保存温度为4°C,建议保存不超过3年。


运输条件:常温运输


图:石蜡组织容器

组织样本(高宿主污染样本)

取绿豆大小的新鲜组织2粒于2ml无菌组织管中,放入液氮中冷却,然后转入-80°C冰箱长期保存。


注意事项:切记不要保存在Trizol中!

运输条件:干冰运输

皮肤拭子样本(微量样本)

用洁净的皮肤拭子(无菌棉签)来回擦拭皮肤表面后,将皮肤拭子或棉签≥2个,放入10ml无菌管内,置于-80°C冰箱长期保存。


运输条件:干冰运输



血液样本(高宿主污染/微量样本)

全血:

采集外周血≥1ml,迅速转移到EDTA抗凝血管中,颠倒混匀,置于-80°C冰箱保存。


血浆:

采集外周血≥2ml,迅速转移到EDTA抗凝血管中,涡旋或用移液器吹吸混匀。在1小时(室温条件下)或2小时(4°C条件下)内进行下面的操作:4°C,1600g离心10min,吸取上清转移到无菌1.5ml离心管中,16000g,4°C离心10min,小心吸取上清到新的无菌1.5ml离心管中,置于-80°C冰箱保存。


注意事项:注意避免反复冻融,请不要选择肝素或肝素钠作为抗凝剂


运输条件:干冰运输


图:血液样本处理图示

粪便样本

用无菌勺挖取新鲜的,排泄中后部的内部粪便(避免尿液等对样本污染)≥2g放入无菌管中,迅速放入液氮冷却,然后转入-80°C冰箱长期保存。


运输条件:干冰运输

其他样本



样本寄送指南

应采用壁厚(4厘米以上)致密且质量完好的泡沫箱进行运输,将样品和登记单装入自封袋后、用气泡纸包裹、防止样本管被挤压碎裂,埋入干冰中,泡沫箱扣严并用封箱带封严,泡沫箱外套纸壳箱或包装袋以免碰裂。

24 小时内能到达的,干冰数量不得低于5公斤;

48小时内能到达的,干冰数量不得低于8公斤;

72小时内能到达的,干冰数量不得低于15公斤。


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END

本文系青岛欧易原创

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