2021-06-17 21:11:20, Dr.WL 上海吉凯基因医学科技股份有限公司
RNA修饰是近两年一个大热的科研方向,特别是m6A RNA甲基化,这两年成了高分文章和国自然申请的宠儿,今天小编来给大家介绍一个继m6A修饰之后新的RNA修饰方向ac4C RNA乙酰化修饰,且看ac4C如何快速助力临床科研,帮助我们形成科研思路的?
ac4C乙酰化修饰高分文章
目前发现的RNA修饰超过160种,但是能够有方法检测到的并不多,比如:m6A、m7G、m1A、m5C、ac4C、2′-O-RNA等都是常见的RNA修饰,并且可以检测到的。
RNA修饰高分文章
ac4C RNA乙酰化修饰是众多RNA修饰的一种,它的修饰丰度比m6A 甲基化修饰要低很多,可能比m6A甲基化修饰低10倍左右,大概只有几万分之一,所以对于ac4C乙酰化的检测要比m6A甲基化难度要高许多。ac4C RNA乙酰化修饰主要富集在CDS区,5’UTR和3’UTR区也有少量分布。
ac4C乙酰化修饰分布示意图
ac4C乙酰化修饰最早在rRNA及tRNA中报道,该修饰受NAT10单酶系统调控,该酶同时具有乙酰化催化功能及RNA结合活性;目前关于ac4C的其他催化酶及特异性RBP尚未有报道。
Cell 175, 1872–1886, December 13, 2018 1875
低起始RNA量acRIP-Seq技术的出现,大大降低了ac4C高通量检测的成本,使得大量临床样本进行ac4C分布检测成为可能,最初ac4C检测的报道需要用2mg的total RNA,经过各种技术的优化,现在可以做到150ug的total RNA的起始量。
acRIP-seq实验流程示意图
ac4C RNA乙酰化如何助力临床科研,帮助我们快速的形成科研思路,小编简单总结了ac4C的一些研究思路。
绘制RNA乙酰化修饰图谱,
筛选疾病标志物
研究目的:探索RNA ac4C修饰的表观调控机制是否参与系统性红斑狼疮(SLE)。
研究方法:系统性红斑狼疮2个样本(SLE)vs 健康对照2个样本(HCs),acRIP-seq
研究结果:绘制了SLE患者CD4+ T细胞中整个转录组的ac4C乙酰化图谱,发现mRNA转录本中的ac4C分布高度保守,并富含mRNA编码序列区域。
解释新的功能机制方向
研究目的:探索ac4C RNA乙酰化修饰的功能和作用机制。
研究方法:NAT10(NC vs KO)细胞,acRIP-seq+RNA-seq
研究结果:研究发现ac4C是由NTA10催化的mRNA修饰;ac4C乙酰化修饰能够通过延长mRNA的半衰期并促进mRNA的稳定性(BRIC-seq);同时也能够通过ac4C peak中的密码子偏好性表达,影响mRNA的解码效率,促进底物翻译(Ribo-seq),这些发现确定了ac4C在mRNA翻译调控中的作用。
ac4C-RNA乙酰化修饰可能是继m6A RNA甲基化修饰以后另一个研究热点,没有赶上m6A甲基化修饰研究的小伙伴们,这是一个值得考虑的研究方向!!
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吉凯基因凭借多年在靶标筛选及验证服务领域的技术积累,建立的标准化 、工程化 、系统化的GRP平台,为中国研究型医生提供科研服务,加快科研成果转化;提供表观修饰相关的组学检测手段:meRIP-seq(m6A)、acRIP-seq(ac4C)、ATAC-seq、单细胞ATAC-seq、Ribo-seq、WGBS、RRBS、BSAS、Masarry(DNA甲基化位点验证)等服务。
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