破译近4万条“暗肽组”：ZenoTOF 8600多碎裂模式重新定义组学深度

多肽组学样本中常包含大量数据库未收录的新序列，仅依赖数据库检索容易遗漏关键信息。因此，从头测序（de novo sequencing）在未知多肽鉴定中具有重要价值，可直接基于MS/MS谱图推断氨基酸序列。借助PEAKS Studio的de novo分析功能，可进一步识别大量“de novo-only”肽段。

与传统CID碎裂相比，EAD及EAciD可显著拓展序列鉴定覆盖范围，额外识别超过8600条CID难以覆盖的多肽。该结果表明，多碎裂策略在解析低丰度及未知多肽方面具有明显优势，可为“暗肽组”（hidden peptidome）挖掘提供有力技术支撑。

图2. CID, EAD与EAciD de-novo从头测序肽段鉴定数，相比传统CID，EAD / EAciD新增识别 >8600条多肽

ZenoTOF 8600系统搭载的Zeno trap技术可显著提升MS/MS利用率，使低丰度多肽得到更有效的捕获与识别。下表展示了结肠癌细胞系在不同前处理条件下的鉴定结果（EAD+CID+EAciD三种碎裂模式合计），单针进样量为100 ng。

表1. 各样本蛋白与多肽鉴定数

结果表明，不同前处理策略会显著影响蛋白质与多肽鉴定数量。整体来看，3–10 kDa分子量区间的组分表现出更高的鉴定深度；无论是否进行酶切，该区间均可实现约2500种蛋白和超过39000条多肽的鉴定，显示出其在内源性多肽富集中的优势。

ZT Scan DIA通过四极杆扫描引入额外数据维度，可提升复杂样本中的定量稳定性和数据完整性，适用于大规模样本分析。

图3. ZT Scan DIA模式下蛋白质与多肽鉴定结果

ZT Scan DIA实验共鉴定2473个蛋白，其中93.2%可在三次重复中稳定检出，86.3%的蛋白定量CV小于20%。在肽段层面，三针重复率为85.7%，CV小于20%的比例为72.1%，表明该方法具有良好的重复性和定量可靠性。

⭐ 更深覆盖：单个多肽组学样本可鉴定近4万条多肽
⭐ 更高灵敏度：100 ng级进样量即可实现高深度检测
⭐ 更全序列解析：CID、EAD与EAciD多碎裂模式互补提升覆盖范围
⭐ 更强新发现能力：平台化工作流程支持大规模de novo分析与未知多肽挖掘

总体而言，ZenoTOF 8600可为疾病机制研究、生物标志物筛选及多肽药物开发提供关键技术支撑。