2022-11-18 04:03:42, 欧易生物 上海欧易生物医学科技有限公司
各位老师们,大家好。说起如何优雅的展示复杂生物数据,那么一定少不了circos图。Martin Krzywinski 最早开发了Circos,他不仅是一名生物信息科学家,同时也是一位优秀的专业摄影师。科学与艺术的双重造诣使得 Circos 不仅具备完善的数据可视化功能,优美的展示方式也是Circos的一大特色。强大的功能,丰富展示方式虽是Circos相较于其他软件的优点,但也它的缺点,因为这使它比其他软件更难于上手。另外,软件没有的可视化操作界面,只能在DOS等命令窗口中以执行代码的形式作图。
为了解决大家的烦恼,我们对相关R包进行了二次开发,让大家在网页上点点点,就能画出优雅且漂亮的基因表达和弦图、物种丰度和弦图、富集圈图以及富集和弦图。
通过传送门快速进入分析界面:
欧易集团云平台 (www.oebiotech.com)
01
基因表达和弦图
Step1:上传基因表达信息文件
支持txt、xls、xlsx、csv格式读取,方法选择基因表达和弦图。
(1)基因表达信息文件
第一列为基因名,第一行为样本名,值为基因表达量。
Step2:其他可选参数
1、图片格式
2、配色方案
3、字体类型
4、轨道距离
5、选择表达量top_n基因
…(还有很多,不一一列举)
Step3:点击运行
结果说明:基因表达和弦图。
分析成功后,网页会显示结果图片以及结果下载按钮,点击即可下载;左边为基因,右边为样本;和弦连接不同基因和样本,第二圈和弦底座表示不同样本(基因)在不同基因(样本)中的表达量比例。
02
物种丰度和弦图
Step1:上传文件
上传物种丰度文件,以及样本分组信息文件(可选),支持txt、xls、xlsx、csv格式读取,方法选择物种丰度和弦图。
(1)物种丰度文件
第一列为物种分类信息,第一行为样本名,值为物种在样本中的丰度。
(2) 样本分组信息文件(可选)
第一列为样本分析名,第二列为样本的分组名称,可在分组文件中挑选想要画图的样本,程序会自动用分组文件中的样本信息画图。
Step2:其他可选参数
1、图片格式
2、配色方案
3、字体类型
4、轨道距离
5、选择表达量top_n基因
…(还有很多,不一一列举)
Step3:点击运行
结果说明:物种丰度和弦图
分析成功后,网页会显示结果图片以及结果下载按钮,点击即可下载;左边为物种信息,右边为样本。第一圈为分组圈,左边读取物种门级别信息作为分组,右边根据分组文件给样本分组;第二圈为主轨道左边为物种,右边为样本(若无分组文件,则此圈作为最外圈);最内圈和弦底座圈显示不同样本(物种)在不同物种(样本)中的丰度比例,和弦连接不同物种和样本。
03
富集圈图
Step1:上传文件
上传富集信息文件文件,以及差异比较文件(可选),支持txt、xls、xlsx、csv格式读取,方法选择富集圈图。
(1)富集信息文件文件
文件格式来自欧易报告文件。
(2)差异比较文件(可选)
文件格式来自欧易报告文件。
Step2:其他可选参数
1、图片格式;
2、配色方案;
3、字体类型;
4、轨道距离;
5、选择表达量top_n基因;
…(还有很多,不一一列举)
Step3:点击运行
结果说明:富集圈图。
第一圈为富集通路,标签显示通路id,颜色表示不同系统,宽度为通路总的基因数;第二圈为富集到各通路的基因数,颜色为p值渐变,与第一圈比较即为占比情况;第三圈为各通路上下调基因数及占比(根据差异比较文件得出);第四圈为各通路富集分数。
03
富集和弦图
Step1:上传文件
上传差异比较文件,支持txt、xls、xlsx、csv格式读取,方法选择富集和弦图。
(1)差异比较文件
文件格式来自欧易报告文件。
Step2:其他可选参数
1、图片格式
2、配色方案
3、字体类型
4、轨道距离
…(还有很多,不一一列举)
Step3:点击运行
结果说明:富集和弦图。
左边为基因,右边为通路;和弦连接基因与对应富集到的通路;基因的颜色是由logFC值生成的渐变色;图例太多影响显示效果,所以对于大于10个通路只截取10个图例。
(图例只选取了10个通路)
1、基因表达文件(主要参数文件1),适用于:基因表达和弦图。不需要样本分组文件。
2、物种丰度文件(主要参数文件1)和样本分组文件(可选参数文件2),适用于:物种丰度和弦图。可在分组文件中挑选想要画图的样本。程序会自动用分组文件中的样本信息画图。
3、富集信息文件(主要参数文件1)和差异比较文件(可选参数文件2),适用于:富集圈图。文件格式来自欧易报告文件。
4、另外差异比较文件(主要参数文件1),适用于:富集和弦图。文件格式来自欧易报告文件。
5、配色1是基因表达和弦图和物种丰度和弦图的默认配色。
6、配色2是富集圈图和富集和弦图的默认配色。
7、自动配色会分别选择默认配色。
本次欧易云circos小工具推荐到此结束啦,欢迎各位使用并提供反馈,我们会持续更新,竭诚为您提供最优质的服务。
猜你想看
1、探“云”指南 | 欧易云交互式火山图——助你轻松找到“理想型”(上)
END
排版人:小久
原创声明:本文由欧易生物(OEBIOTECH)学术团队报道,本文著作权归文章作者所有。欢迎个人转发及分享,未经作者的允许禁止转载。
点击“阅读全文” 收获更多精彩
03-18
屹尧科技荣获中国检验检测学会技术发明一等奖03-18 屹尧科技
推动高质量发展,德国耶拿助力科研设备更新03-18 德国耶拿
莱伯泰科《裂解技术分析原理及在化工新材料检测中的应用》线上会议邀您报名啦!03-18
整体解决方案+全方位客户服务——莱伯泰科助力大规模仪器设备更新03-18
莱伯泰科《硅片表面金属离子国产检测仪器首创项目》获中国检验检测学会科学技术奖03-18
Empower控制质谱系列使用小贴士(一) | 沃特世质谱以旧换新现在进行时03-18 沃特世技术服务
尖端科学仪器,助力高质量发展:沃特世支持大规模设备更新03-18
【光博会直播预告】直播倒计时,快来码攻略!03-18 OceanOptics
特色方案|川贝枇杷糖浆中薄荷脑的测定03-18
讲座回放 | 洞见大气中微塑料污染,前沿研讨回顾与检测方案分享03-17 安捷伦科技
喜报 | 恭喜Agilent Cary60紫外分光光度计获得ACT可持续发展标签!03-17 安捷伦科技
连续流制药引领制药工艺新革命03-17 安捷伦科技
时间胶囊已开启,您有一则3年前的重要推送!03-17 安捷伦科技
您的仪器是否需要更新了?是时候感受来自更高性能仪器的力量了!03-17 安捷伦科技
网络研讨会 | 安捷伦 Bio Tek 微孔板检测仪相关法规认证服务03-17 安捷伦科技
积极响应国家设备更新政策丨布鲁克电子显微分析仪器更新和升级指南03-17
3·15 | 守护食品安全,槽头肉鉴别标准品现货供应!03-16 阿尔塔科技
东京理化提供一站式前处理设备更新和产品选型指南03-16
@科研人,仪器升级不用愁,一站式学科热点升级选型方案来了03-16 帮您升级仪器的