探“云”指南 | 欧易云GO/KEGG气泡图制作秘籍

2022-10-15 03:06:18, 欧易生物上海欧易生物医学科技有限公司

背景知识介绍

我们知道，GO/KEGG通路富集分析是将感兴趣的差异基因富集到相关功能通路上。差异基因富集到的通路，其所对应的相关功能通常为差异基因在生命进程中发挥作用的研究推断提供重要的支持。因此通路富集结果的展示，往往是差异分析结果展示的最后“临门一脚”。

GO/KEGG气泡图用于展示富集分析结果中P值最小的前N个功能或者通路。通过气泡图，可以生动地展示富集分析结果中的各个关键统计量，从而在一张图上呈现更多的信息。

那究竟要怎么实现它？很简单，继续看下去吧！

背景知识介绍

2.1 GO/KEGG绘图小工具

作为富集结果的展示，GO/KEGG气泡图的输入数据为进行GO/KEGG通路富集的结果文件。绘图所需的输入数据中需包含中"Term_description"、"ListHit"、"FoldEnrichment"和"p-value"列（详见平台页面右侧的使用说明），示例文件如下；

图1 绘图输入的通路富集结果示例文件，一行为一条通路

若在常用参数中“y轴添加TermID”为“是”，则输入数据中还须存在"Term_ID"列。可添加‘Category’列，对Term进行分类展示，例如：GO中的BP（biological_process），CC（cellular_component），MF（molecular_function）。

2.2 绘图主要参数选择

在进行绘图时默认选择输入文件前20行（按p-value进行排序）的通路生成图片，用户可自选输入相关参数来调整进行绘图的通路数量。为了更好的图片展示效果，建议选择绘制的通路数量不要大于30条。

2.3 用户常用参数选择

如果只是生成一张默认的气泡图，那么输入文件选择行数后就可以直接运行了。若是想要生成更美观的图片，可以通过下面常用参数的选用和调整来实现；

1. 有些通路的名称较长，为了图片展示效果，可以选择是否对长度在50以上的通路名50以后的字符进行省略；

2. 在进行绘图时默认选择输入文件前N行（按p-value进行排序）的通路生成图片，可选择按输入数据提供的其他特征（ListHit，FDR_bh）的通路进行排序，或选择默认表格的排序，来筛选用于绘图的前N条通路；

3. 平台上提供了7种配色方案供选择，默认为“红-黄-蓝”的渐变配色；

4. 生成图片中的气泡直径大小取决于ListHit值，也可以对其进行手动自定义；

5. 图片的标题、图例标签均可自定义输入，标题、图例及x轴的字体大小也可进行自定义调整。

2.4 结果展示说明

生成的气泡图Y轴对应功能或者通路，X轴表示特定通路中差异基因与该通路所包含的所有基因的比值，值越大，说明该通路的差异基因占比越高；气泡的大小表示该通路中差异基因的多少，点越大，特定通路中的差异基因越多；点的颜色根据排序依据的数值大小渐变生成，如下图所示，绘图的通路数据根据p-value进行排序筛选，点的颜色也根据p-value值的大小渐变展示，p-value值越小，显著程度越大；