做寡核苷酸 LC/MS 的人，都在偷偷用这根“作弊神器”
2026-05-12 16:46:33, 安捷伦科技 安捷伦科技（中国）有限公司
为什么寡核苷酸 LC/MS 分析
容易被“金属”困扰？
在寡核苷酸的 LC/MS 分析中，分析人员经常会遇到一些“并非来自样品本身”的困扰，例如：
峰面积不稳定、回收率偏低；
色谱峰拖尾；
质谱中出现大量复杂的加合峰，导致数据解读困难。
这些问题的一个重要来源，是金属离子与寡核苷酸之间的相互作用。
一方面，传统 HPLC 系统和色谱柱中普遍使用不锈钢部件，暴露的铁离子位点可能吸附带强负电荷的寡核苷酸分子；另一方面，样品或溶剂体系中常见的钠、钾等碱金属离子，也极易与寡核苷酸形成加合物，使质谱图变得复杂。
为减少这类干扰，研究团队引入了安捷伦超高惰性（Ultra Inert, UI）色谱柱硬件，并结合完全生物兼容的液相系统，对寡核苷酸在不同分析条件下的表现进行了系统比较。
实验条件参数
围绕“金属控制”的整体设计
01
样品与前处理
测试样品包括：
25 mer DNA
50 mer DNA
样品均溶解于新制超纯水中，配置为 1 mg/mL。
实验中全程使用聚丙烯（PP）溶剂瓶，以降低溶液中碱金属离子的引入风险。
02
色谱与质谱系统
液相系统：Agilent 1290 Infinity II 系列
质谱系统：Agilent 6545XT AdvanceBio Q-TOF LC/MS
对比色谱柱：
不锈钢结构的寡核苷酸色谱柱
Altura Oligo HPH-C18 超高惰性涂层色谱柱
03
分析方法设置
实验分别考察了两种分析策略：
离子对反相色谱法（以胺类 / HFIP 为离子对体系，负离子检测）；
无离子对反相方法（以碳酸氢铵体系为流动相，正离子检测）。
同时，对流速、梯度和清洗步骤进行了系统优化，以更真实地评估金属离子对分析结果的影响。
数据结果分析
从峰面积到质谱清晰度的改变
1. 金属吸附对回收率与灵敏度的影响
在连续进样实验中可以观察到，使用传统不锈钢色谱柱时，首次进样的峰面积明显偏低。这表明寡核苷酸容易被柱内金属位点吸附。
而在采用超高惰性涂层色谱柱后，峰面积在初始进样阶段即保持稳定，有助于获得更可靠的定量结果。
图 1. 不同色谱柱条件下，寡核苷酸峰面积随进样次数变化的对比趋势
2. 色谱柱材质对离子对反相质谱数据解析的影响
即便样品经过离子交换纯化，质谱中仍然检测到明显的钠、钾加合物信号。这些离子可能来源于：
样品溶解用水；
溶剂体系；
实验室常规玻璃器皿。
在离子对反相条件下，质谱中可观察到多种加合形式，使原本清晰的电荷态分布变得复杂。
相比之下，结合超高惰性色谱柱与优化条件后，原始质谱图加合峰显著降低，解卷积后的分子量更接近理论值，为后续结构确认和杂质分析提供了更高的可信度。
图 2. 25 mer DNA 在不同色谱条件下的质谱与解卷积质量对比示意
我们将相同梯度条件与优化后的低流速应用于较大的 DNA 寡核苷酸(50mer)分析。结果显示，随着寡核苷酸链长增加，所呈现的电荷态数量明显增多。低电荷态更容易出现金属加合干扰。同时，经解卷积处理后的质谱图中加合物信号也显著减少。
图 3A. 采用离子对反相色谱法 (0.21 mL/min) 获得的 50 mer DNA 的紫外色谱图
图 3B. 采用离子对反相色谱法 (0.21 mL/min) 获得的 50 mer DNA 的质谱图 (FBF) 和解卷积质谱图
3. 无离子对反相方法的表现趋势
在某些情况下，无离子对分析条件更具优势，尤其是在需要避免使用 HFIP 的情况下。无需使用 HFIP 的无离子对替代方法条件下，检测模式由负离子转为正离子，可以观察到加合物水平整体下降，谱图更“干净”。
图 4. 不同分析策略下，25mer 和 50merDNA 的整体质谱表现对比
结语
Altura Oligo HPH-C18
超高惰性色谱柱的核心优势
综合不同样品类型与分析条件，本研究表明：
超高惰性涂层设计可显著降低金属吸附，改善寡核苷酸回收率；
峰形与峰面积更稳定，有助于提升定量重复性；
在 LC/MS 应用中，可有效减少金属离子加合物带来的质谱复杂度；
兼容离子对与无离子对反相策略，为用户在 HFIP 使用受限时提供灵活替代方案；
解卷积质量结果更接近理论值，MS 准确度更高。
对于从事寡核苷酸结构表征、杂质分析及方法开发的分析人员而言，在色谱柱硬件层面“提前消除金属干扰”，往往比事后复杂的数据处理中更高效、更可靠。
长按识别二维码， 关注安捷伦视界
05-13 汉尧
淮安色谱质谱学术研讨会｜清谱科技携创新质谱方案惊艳亮相05-13
[AFM] 如何同时实现高响应度与毫秒级响应速度？这项 Ga₂O₃ 研究给出了新答案05-12 光电传感器量测
Ultimate XS-C18对异构体的分离效果如何？05-12 分离纯化部
文献速递|InnoScan激光共聚焦荧光微阵列生物芯片扫描分析仪助力脊髓损伤后神经功能恢复研究05-12 环亚生物
InnoQuant激光共聚焦全景玻片扫描在非小细胞肺癌肿瘤微环境研究中的应用05-12 环亚生物
InnoScan荧光微阵列生物芯片扫描分析仪助力缺血性中风的神经机制研究05-12
Innopsys激光共聚焦扫描仪助力结直肠癌靶点发现05-12 环亚生物
学员招募|赛默飞扫描电镜培训班广州站05-12
0.005%~40% 宽量程！GB/T 27894.7-2025 天然气氦气精准检测方案05-12
荣耀再续：哈希荣获“2025年度科学仪器行业领军企业奖”05-12 哈希公司
从1微米到10纳米：精度跃迁背后的产业变革力量05-12 ZT小兵
兼容历史算法，中图仪器自主软硬件方案通过3C头部客户验证05-12 ZT小兵
活用PowerDMIS Mini程序，快速完成特定尺寸测量与验证05-12 ZT小兵
国际护士节 | 致敬生命的守护者05-12
喜报！莱伯泰科LabMS 3000荣膺“国产好仪器”，质谱业务增势势不可挡！05-12
莱伯泰科董事长胡克博士：AI重塑检测新生态，以仪器夯实根基，由线及面驱动实验室智能化发展05-12
【IEEE Sensors J.】响应度高达 190 A/W：WO₃ 紫外探测器是如何做到的？05-11 光电传感器量测
中国药企出海难在哪？05-11 环游世界的
【热点应用】XRF用于磷酸铁（铁磷比）定量分析05-11 马尔文帕纳科