手把手教您用R语言绘制双曲线火山图

2022-10-28 03:07:49, 多层组学定制服务上海欧易生物医学科技有限公司

经过 往期火山图的学习，想必大家对绘制火山图都有一定的了解，火山图其实就是散点图的一种表示方式，是形如火山喷发的一种图形展示方法。典型的火山图一般横坐标表示Log2FC(即Log2 Fold Change)，纵坐标表示-log10(Pvalue)，再经过设置参数最终绘制出一张精美的火山图，那么不知道大家有没有遇到过双曲线火山图，如下图所示：

显而易见，双曲线火山图其实就是将Pvalue和FC的阈值线转换为双曲线，下面这张图是添加了阈值线和双曲线的火山图，从这张图可以清晰的看出双曲线作为阈值线的阈值标准：

双曲线火山图与常规火山图的区别是什么？为什么要绘制双曲线火山图呢？其实这样绘制的火山图更加有利于筛选差异更显著的蛋白或基因，讲了这么多理论，那到底怎么用代码实现呢？不要急，下面小鹿将一步一步带领大家征服双曲线火山图。

一、载入R包

在进行R图绘制前需要载入所需R包，没有安装过请先安装：

library(ggplot2)library(openxlsx)

二、读入数据，筛选显著蛋白

data <- read.xlsx(''data.xlsx'', sheet = 1,rowNames = TRUE)pv <- 0.05    #设置Pvaluefcv <- 2     #设置FCdata$sort <-as.factor(ifelse(data$`P-value`<=pv&data$FC>=fcv|data$`P-value`<=pv&data$FC<=1/fcv,ifelse(data$`P-value`<=pv&data$FC>=fcv,''up-regulated'',''down-regulated''),''non-significan''))                #按照FC及P值判断每个蛋白所属的上下调情况data$FC1 <- log2(as.numeric(data$FC))   #计算log2(FC)data$P1 <- -log10(data$`P-value`)   #计算-log10(Pvalue)

三、双曲线阈值方程式

scfun<-function(x) {  y=1/(abs(x)-log(2))-log10(0.05)}

四、绘制双曲线火山图

p <- ggplot(data,aes(x=FC1,y=P1,color=sort))+          geom_point(size=4,stroke = 0.5,alpha=0.9)+   stat_function(fun = scfun, colour="#dd7694",size=1,lty=4)+#重点在这里  scale_color_manual(values = c("#6c5ccc","gray50","#fc8474"))+   theme_linedraw()+  theme(panel.border = element_rect(fill=NA,color="black", size=1.5, linetype="solid"))+  theme(legend.text = element_text(size = 15))+  theme(legend.position = "right",legend.title = element_blank())+  theme(legend.background = element_rect(color="gray"))+  theme(panel.grid.major = element_blank(),        panel.grid.minor = element_blank())+  theme(axis.text = element_text(size = 18,family="Arial",colour = "black"),        axis.title = element_text(size = 18,family="Arial",colour = "black"))+  labs(x="log2(FC)",y="-log10(P-value)",title = "Volcano Plot")+  theme(plot.margin=unit(rep(5,11),''lines''))+  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5,size = 20))

经过以上几步就可以得到这张双曲线火山图了，是不是非常简单，重点就在于双曲线的方程式：y=1/(|x|-log(2))-log10(0.05)，单看这个方程式是不是感觉很麻烦，但其实它就是我们初中学习的反比例函数y=1/x演变而来的，这样想想是不是就变得简单了。今天的双曲线火山图学习就到这里了，快用自己的数据试试吧！

如有问题，欢迎留言~