鹿明生物对于友商关于空间代谢组质疑的几点说明

2022-08-12 05:49:08, 鹿明生物上海欧易生物医学科技有限公司

最近鹿明生物空间代谢组荣获某同行友商部分员工“重点评价”，并给圈内朋友赠送了一个不小的瓜。为了不想让这个瓜越变越大，同时也向关心支持鹿明的朋友们进行澄清，我们对相关质疑做了梳理并详细回复。

友商的质疑一共整理了十五项，为了不浪费大家时间，在十五项中，挑选三项与实验结果和研究论文密切相关的内容重点回复：

友商质疑1：

检测结果物质数量少，只有180个左右，覆盖类别少，检出脂质偏多，高达120个左右，脂质类代谢物占比67%。

真

实

情

况

过往的研究表明鹿明所采用的技术体系很好的均衡覆盖70-1000Da区间内的物质，而不是偏向性检测脂质类物质，实现了对尽量多的物质尤其是小分子功能代谢物的检测。在《A Sensitive and Wide Coverage Ambient Mass Spectrometry Imaging Method for Functional Metabolites Based Molecular Histology》文献中，在扣除背景离子和同位素离子后，检测到1500多种代谢物，这些代谢物包括胆碱、多胺、氨基酸、肉碱、核苷、核苷酸、氮碱、有机酸、碳水化合物、硫酸胆固醇、胆酸、脂质和其他小分子代谢物，非脂质类的功能代谢物占比达到近70%。

鹿明生物近年来又在前人基础上近一步对数据库进行了大的升级，在保证鉴定到数百个非脂类的功能代谢物的基础上，还使得定性准确性上大大提升，对于探究生物体内功能代谢物的空间调控将会发挥更大作用。

友商质疑2：

非专业小众仪器。

真

实

情

况

空间代谢组包括了离子源和质谱两部分，其中质谱仪是主体设备。鹿明的空间代谢组采用的是赛默飞的QE-HF质谱。该类型的质谱因其独特的原理使得其在质量分辨率比TOF类型的仪器更高，更能精准区分分子量接近的物质，实现更准确的定性。鹿明空间代谢组前端的离子源采用的是创新的AFADESI技术。DESI技术最早源自于2004年普渡大学Cooks教授课题组。该课题组利用解吸电喷雾电离技术（desorption electrospray ionization，DESI），无需前处理即在常压下对固体表面痕量待测物直接离子化，成功获得了不同表面痕量物质的质谱图，拉开了敞开式离子化质谱（ambient mass spectrometry，AMS）研究的序幕。

进一步的，鹿明生物在此基础上开发了与设备相匹配的专属空间代谢组数据库和分析软件，具体如下：

（1）空间代谢组质谱数据预处理软件，2021年5月15日，登记号2021SR1062343

（2）空间代谢组质谱下机数据转化软件，2021年5月15日，登记号20221SR1062344

（3）空间代谢组质谱数据成像软件，2021年7月6日，登记号2021SR1279454

（4）空间代谢组质谱数据定性软件，2021年7月6日，登记号20221SR1279456

（5）鹿明空间代谢组空间信息与HE染色图片信息配准软件，2021年9月18日，登记号2021SR2212592。

在空间代谢组的基础上，我们还结合母公司欧易生物成熟的空间转录组技术，开发了空间多组学联合分析的工具，相关软著如下：

（1）空间代谢组与空间转录组联合分析软件，2022年2月4日，登记号2022SR0387322

（2）空间代谢组与空间转录组数据联合软件，2022年2月4日，登记号2022SR0387320

（3）空间代谢组与空间转录组空间信息匹配软件，2022年2月4日，登记号2022SR0387321

另有更多的软著和专利在申请中，欢迎大家持续关注。

友商质疑3：

分辨率较低（50~500μm），图片模糊，不能准确反馈样本中代谢组的积累模式，无法划分组织结构，容易被拒稿/高分期刊不认可

真

实

情

况

鹿明生物在综合考虑不同组织结构成像特点以及确保鉴定到的用于后续研究的代谢物数量较多的情况下，最终确定对外服务的空间分辨率以40μm以及100μm为主。另外也有20μm等更小尺度分辨率以及500μm等更大尺度分辨率的参数选择。以大尺度的500μm分辨率为例，我们对整鼠切片进行检测，从整鼠器官层面去观测诸如药物等外源性物质的成像。我们不需要盲目地去选择高或者低的空间分辨率，而是要综合研究目的以及对于代谢物检测出来的数量综合去考虑，合适的才是最好的。

大鼠脑组织，矢状切面，100μm*100μm

基于该技术的部分研究论文展示：

[1]Integrated analysis of the faecal metagenome and serum metabolome reveals the role of gut microbiome-associated metabolites in the detection of colorectal cancer and adenoma. Gut IF= 31.793

[2]Liver-target nanotechnology facilitates berberine to ameliorate cardio-metabolic diseases. Nat Commun IF= 17.694

[3]A Sensitive and Wide Coverage Ambient Mass Spectrometry Imaging Method for Functional Metabolites Based Molecular Histology.Advanced science IF=15.840

[4]Spatially resolved metabolomics to discover tumor-associated metabolic alterations.PNAS IF= 17.521

[5]In situ metabolomics in nephrotoxicity of aristolochic acids based on air flow-assisted desorption electrospray ionization mass spectrometry imaging. Acta Pharmaceutica Sinica B IF= 14.903

[6]A temporo-spatial pharmacometabolomics method to characterize pharmacokinetics and pharmacodynamics in the brain microregions by using ambient mass spectrometry imaging. Acta Pharmaceutica Sinica B IF= 14.903

[7]Evaluation of the tumor-targeting efficiency and intratumor heterogeneity of anticancer drugs using quantitative mass spectrometry imaging. Theranostics IF= 11.600

[8]Mapping Metabolic Networks in the Brain by Ambient Mass Spectrometry Imaging and Metabolomics. analytical chemistry IF= 8.008（封面期刊）

以上是我们对这个“大瓜”的部分描述。如果已经在默默吃瓜的朋友，期望看完后可以安心洗洗睡觉了；如果没有吃过的，看一看，笑一笑，也就过了，一切都让它随风飘散去吧。我们不断坚持自主创新，给大家提供更好更具创新性的空间代谢组技术服务才是正道。感谢大家的关心关爱，并欢迎大家有空来上海鹿明和欧易总部实地考察。除了极具特色的空间代谢组之外，我们的常规代谢组、4D大队列蛋白组、单细胞及微量样品蛋白组、单细胞及空间转录组做的也很好。当然，如果朋友们对西瓜念念不忘的话，我们也可以准备好真西瓜进行款待，保证又香又甜。

近期我们也看见友商的积极回应，努力消除部分员工过往给大家传递不实信息所带来的负面影响。我们愿意相信这只是友商部分员工的错误之举。我们赞誉并感谢友商的积极态度，并愿意与友商所有员工一起为建设良好的竞争关系共同努力，为赋能生命科学和大众健康而携手并进，因为我们明白硬数据、好服务才是我们的经营正道。

自主创新正当时，撸起袖子加油干。借此机会，我们也诚挚邀约在生命组学分析检测仪器、技术、产品、软件、算法等诸多方向有创新、有想法、有一技之长或有资源的各路朋友以各种形式和鹿明生物展开合作，推动自主创新、助力科技发展、实现个人价值。我们欢迎推荐或自荐，如有兴趣可直接联系鹿明生物总经理舒烈波博士个人微信，我们将不甚感激。