2021-03-27 01:16:18, 沃特世 沃特世科技(上海)有限公司
质谱渐入千家万户,在各个科学领域发挥重要作用。
以化合物鉴定为例,目标化合物通过碰撞碎裂“解离”成小的碎片,形成碎片峰,也就是通常说的二级图谱。在大数据时代的今天,我们依托庞大丰富的数据库,通过将实验谱图与已知的化合物图谱库进行比对,进而可以确定未知化合物的结构。
但是江湖中,质谱种类千千万,数据格式纷繁复杂,来自于质谱数据的难题困扰着每位欲要大展身手的“侠客”。亟需一种数据语言,统一规范各个设备的“话术”,让数据协作以及下游数据库共享分析得以更轻松,故此质谱数据标准化非常有意义。
01
变迁:笑傲江湖,以简驭繁
在2003-2005年,两种标准质谱数据格式初露头角。一种是由人类蛋白质组组织(Human Proteome Organization, HUPO)蛋白质组标准倡议(Proteomics Standards Initiative, PSI)开发的mzData格式,主要作为数据交换和归档格式。一种是由系统生物学研究所(Institute for Systems Biology, ISB)开发的mzXML格式,主要是为了简化数据处理软件。
这两种格式都被广泛使用,但是对于本质上相同的信息,使用两种格式会造成不必要的混淆,并增加软件开发复杂性。2006年春季,各个供应商在PSI会议上表达了他们对支持两种格式的不满,最终在PSI的倡议与支持下,2008年,第三种新的数据标准格式应运而生,它就是mzML 1.0.0。
图1:mzML诞生史,引用文献 Eric W. Deutsch. Mass Spectrometer Output File Format mzML.
02
mzML:秀外慧中,知根知底
mzML文档包括质谱图以及相关元数据信息,如样品名称、处理软件名称、设备类型等,具体架构如图2所示。
图2.mzML架构,引用文献 Eric W. Deutsch. Mass Spectrometer Output File Format mzML.
其中Spectrum包含了TIC、BPI强度、MS1 (low energy)或MS2(high energy)、扫描时间、每个scan 点m/z以及强度信息。
图3. mzML文件run矩阵示例
可见,mzML作为通用质谱语言,受到了各方的青睐。UNIFI作为沃特世质谱平台化软件,同样也加入了数据标准化队伍中,在软件Analysis Review界面中,
图4.UNIFI软件导出mzML、mgf文件方式
当然现在也有很多数据库,需要mgf格式的数据,UNIFI也能一并导出。关于mgf文件架构如图5所示。
图5. UNIFI 导出mgf 文件架构
03
UNIFI:高级玩家,融为一体
沃特世UNIFI科学信息系统平台,具有先进的应用程序接口(API),可与第三方软件无缝对接,助力质谱数据共享协作平台的建立。您也可以使用标准的API接口,与ProteoWizard对接,批量自动导出mzML、mgf格式文件。
图5:UNIFI 与ProteoWizard无缝对接,(a) 选择UNIFI接口 (b) 输入url (c) 输入UNIFI登录名和密码 (d)选择多个UNIFI数据,批量转换
07-01 英斯特朗
连载 | 药物一致性评价与粒度分析(三)07-01 欧美克仪器
【仪器百科】LS-909丨干湿二合一激光粒度分析仪07-01 欧美克仪器
标准物质解决方案 | PFASs(全氟及多氟化合物)06-29
第九期阿尔塔有约 | 环境专题【新污染物:PFAS】技术研讨会精彩回顾及提问解答06-29
“绿色技术范式”,分析化学未来发展方向——访中国分析测试协会副理事长、辽宁省分析科学研究院原院长刘成雁教授06-29 转载仪器信息网
华西医院-标准型数显脑立体定位仪、双通道体温维持仪、体式显微镜安装完成06-29 迈越生物
科鉴检测助力2家仪器企业获得首批产品可靠性认证证书06-28 科鉴检测
德国耶拿:锂电池生命周期分析解决方案06-28 德国耶拿
AI已来!生命科学本科教学如何紧跟技术浪潮06-28 Opentrons
盛瀚售后,五星级服务的秘诀是什么?06-28 SHINE
专为汽车制造商打造的柔性解决方案——实现制程控制06-28
西北工业大学-脑立体定位仪安装完成06-28 迈越生物
会议邀请 | 第九届海上检验医师论坛06-28
卓立要闻 | 创新发展ing…6月卓立“大事小情”速览06-28 光电行业都会关注
打造信任合作伙伴!2024年度卓立汉光客户满意度调查开启06-28 光电行业都会关注
如何挑选适用于三阶光学非线性的测量系统?Z扫描测量系统来助力!06-28 光电行业都会关注
招聘启事—中国科学院沈阳自动化研究所微纳光学测量表征技术课题组06-28 光电行业都会关注
谱育科技作为主要完成方 荣获2023年度国家科学技术进步一等奖和二等奖06-28 点击关注→
仪器原理丨顶空仪与吹扫捕集仪科普小知识06-28 天美色谱