2021-03-27 01:16:18, 沃特世 沃特世科技(上海)有限公司
质谱渐入千家万户,在各个科学领域发挥重要作用。
以化合物鉴定为例,目标化合物通过碰撞碎裂“解离”成小的碎片,形成碎片峰,也就是通常说的二级图谱。在大数据时代的今天,我们依托庞大丰富的数据库,通过将实验谱图与已知的化合物图谱库进行比对,进而可以确定未知化合物的结构。
但是江湖中,质谱种类千千万,数据格式纷繁复杂,来自于质谱数据的难题困扰着每位欲要大展身手的“侠客”。亟需一种数据语言,统一规范各个设备的“话术”,让数据协作以及下游数据库共享分析得以更轻松,故此质谱数据标准化非常有意义。
在2003-2005年,两种标准质谱数据格式初露头角。一种是由人类蛋白质组组织(Human Proteome Organization, HUPO)蛋白质组标准倡议(Proteomics Standards Initiative, PSI)开发的mzData格式,主要作为数据交换和归档格式。一种是由系统生物学研究所(Institute for Systems Biology, ISB)开发的mzXML格式,主要是为了简化数据处理软件。
这两种格式都被广泛使用,但是对于本质上相同的信息,使用两种格式会造成不必要的混淆,并增加软件开发复杂性。2006年春季,各个供应商在PSI会议上表达了他们对支持两种格式的不满,最终在PSI的倡议与支持下,2008年,第三种新的数据标准格式应运而生,它就是mzML 1.0.0。
图1:mzML诞生史,引用文献 Eric W. Deutsch. Mass Spectrometer Output File Format mzML.
mzML文档包括质谱图以及相关元数据信息,如样品名称、处理软件名称、设备类型等,具体架构如图2所示。
图2.mzML架构,引用文献 Eric W. Deutsch. Mass Spectrometer Output File Format mzML.
其中Spectrum包含了TIC、BPI强度、MS1 (low energy)或MS2(high energy)、扫描时间、每个scan 点m/z以及强度信息。
图3. mzML文件run矩阵示例
可见,mzML作为通用质谱语言,受到了各方的青睐。UNIFI作为沃特世质谱平台化软件,同样也加入了数据标准化队伍中,在软件Analysis Review界面中,点击左上角的File,下拉选择Export,选择mzML格式,片刻即可导出。
图4.UNIFI软件导出mzML、mgf文件方式
当然现在也有很多数据库,需要mgf格式的数据,UNIFI也能一并导出。关于mgf文件架构如图5所示。
图5. UNIFI 导出mgf 文件架构
沃特世UNIFI科学信息系统平台,具有先进的应用程序接口(API),可与第三方软件无缝对接,助力质谱数据共享协作平台的建立。您也可以使用标准的API接口,与ProteoWizard对接,批量自动导出mzML、mgf格式文件。
04-25 赛默飞生命科学
CIBF2024|H.E.L诚邀新老朋友莅临指导04-25 Don Lin
苏州佳谱科技有限公司参与制定国家标准,助力水泥窑固体废物处理技术规范发展04-25
DW行业解决方案|食品安全微生物实验室能力建设04-24 DW
全国排名公布!色谱大赛战况激烈,高手如云!04-24 市场宣传部
在众多可能中,找到你的“那一个”04-24 赛默飞生命科学
融合创新,质领未来—钢研纳克蝉联检测及科学仪器行业重磅奖项04-24 钢研纳克
4月24日直播 | 使用安捷伦Seahorse技术快速精准检测线粒体毒性04-24 安捷伦细胞分析
Nature 子刊|陆军军医大肿瘤微环境新成果,一作分享研究思路04-24 转载自生物学霸
4月25日直播 | 中国PIC/S成员资格对监管实验室的影响与含义04-24 安捷伦细胞分析
它来了,符合国家卫生行业标准的流式细胞仪性能校准服务!04-24 安捷伦科技
剑桥大学/阿斯利康利用RTCA揭示cGAS-STING 该明星分子在神经小胶质细胞炎症中的机制04-24 安捷伦细胞分析
4月26日直播 | 类器官研究大讲堂 开启精准医学新时代04-24 安捷伦细胞分析
追忆星空回响,坚守使命信念——中科科仪与“东方红一号”的峥嵘岁月04-24
激光在激光粒度分析仪中的作用04-24 真理光学粒度仪
LT3600 Plus激光粒度分析仪04-24 真理光学
真理光学诚邀你参加粉体圈第八届全国氧化铝会议04-24 真理光学粒度仪
珂睿科技诚邀您参加广西分析仪器设备应用技术交流会!04-23 珂睿marketing
终于来啦,MitoTracker小包装04-23 赛默飞生命科学
践行新质生产力:Chromeleon CDS简化您的工作流04-23 飞飞