什么！你不会用KEGG进行自动注释？

2020-04-13 09:10:33, APT-WW 上海中科新生命生物科技有限公司

中科新生命，成立于2004年，专注于质谱技术方法在科技服务、生物医药、精准医疗领域的应用开发。12年质谱服务经验，每年处理本数超万例，通过与中科院的技术合作及企业研发团队的自主创新，致力成为您优秀的生物技术合作伙伴。

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之前介绍了KEGG代谢通路查询方法的教程，时间间隔有些久，不记得的可以复习一下：APT干货分享||手把手教你探索KEGG Pathway

今天就来介绍介绍如何使用KEGG进行自动注释。

KEGG Automatic Annotation Server，KEGG数据库的自动注释服务简称KAAS。在线网址为：http://www.genome.jp/tools/kaas/，其首页页面见图1。那当我们拿到目标蛋白时如何进行KEGG的自动注释呢？

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1. 进入KEGG中自动注释工具界面，KAAS(http://www.genome.jp/tools/kaas/)，如图1，点击KAAS jobrequest(BBH method)按钮

图1 KAAS首页

2. 跳转到KAAS参数设置页面，如图2，首先选择合适的比对算法，KAAS提供BLAST，GHOSTX，GHOSTZ三种，其中BLAST算法分别适用核酸及氨基酸序列，比对结果最精确，但该方法是比对速度最慢的，所以这是一个质量和效率的选择，如果想追求平衡可以选择中间的GHOSTX的比对方法。

图2 KAAS提交页面

3. 接下来提交蛋白序列，需要目标蛋白的序列信息的FASTA格式。FASTA格式是什么？

序列首行一定以>开头+蛋白ID或蛋白名称

目标蛋白序列既可以复制粘贴到图2中Query sequences下的方框内，也可以上传FASTA格式的文件，注意：如果是核酸序列请勾选图2中圆圈标识出来的需要勾选的地方

4. Query name可以任意填写用于区分多次提交的任务结果

5. E-mail address处填写邮箱地址，用于接收KAAS注释结果链接，注意：邮箱必须要填写正确的邮箱。

6. Gene data set参数设置，该项进行物种选择，点击GENES data set下的organism list按钮后会显示KEGG收录物种的数据库，如图3所示，我们选择大鼠数据库后，下面的方框中会显示出来，KAAS物种可以进行多选，但是最多只能选择40种。

图3数据库选择界面

7. 最后是两种注释打分方法（BBH (bi-directional best hit)和SBH (single-directional best hit)），具体的公式可以点开网站的右上角的help按钮，推荐选择BBH的方法

8. 点击compute计算按钮后会接收到KAAS发送的邮件，点击确认后等待其计算结果的完成，以上即KAAS自动注释的参数设置的基本情况，是不是so easy！

在漫长的等待之后，注释结果出炉了！

那么注释结果长什么样？注释结果长这样↓↓↓

KAAS计算结束后，发送邮件到任务提交时注册的邮箱，通过邮箱链接即可看到结果页面，如图4，点开ID后返回的是选用的方法和数据库，不是重要的，重要的是点开result中的html！

图4 KAAS返回的结果

点击html链接点如图5的界面，罗列了目标蛋白可能参与的代谢/信号转导通路，括号对应的数字代表该通路中所包含的目标蛋白的个数。

在Color Objects in KEGG Pathways可以进行颜色的修改，图中Defaultbgcolor表示特定物种的代谢图species-specific pathway中用什么颜色来标识这个物种特有的基因或酶，只有这些颜色的框点击以后才会给出更详细的信息，图中#bfffbf代表的是默认颜色绿色。

图中Genes bgcolor表示基因或者蛋白的背景颜色，一般默认的都是白色。我们以map00010为例，点开后其图片见下图6。通路图中各个符号所代表的意思见图7中的图例。