Blue Pippin全自动核酸片段分选回收仪

2026-07-17 10:27:29, 环亚生物 环亚生物科技有限公司


脉冲场电泳功能,根据DNA片段大小全自动进行精准的DNA片段分选筛选回收小片段DNA及几十到上百kb的大片段DNA


Sage Science公司

  • 位于美国马萨诸塞州,2010年成立以来专注于全自动DNA片段筛选回收和大片段质控

  • 全球超过3000家客户的认可,国内装机数量超过400台

  • 2万篇文献中应用,包括众多Nature、 Science、 Cell系列的文章

  • 全球科研实验室广泛应用的全自动片段回收系统





产品简介


Blue Pippin全自动核酸片段分选回收仪

  • 采用双通道凝胶电泳自动分离和回收的专利技术

  • 高精度DNA片段分选、微量样品DNA回收、高得率回收、宽范围回收、可回收到几kb、几十kb、几百kb的大片段DNA

  • 解决了手工切胶和磁珠分选回收DNA片段时,常见的无法精准分选回收或回收效果不好等问题





产品图片


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DNA片段回收原理


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采用独家双通道电泳回收专利技术(Patents 8,361,298 and 8,361,299)搭配多模式回收选项,全程自动化运行:

1. 上样后,软件设定DNA片段大小的bp范围,设备自动完成DNA分离、检测、回收全流程。

2. 通过荧光 Marker 精准计算核酸片段迁移速度,自动控制回收时间,无需人工值守。

3. 回收完成后可直接用移液枪吸取目标片段,无缝衔接下游实验。

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产品特点


  •  —— 精确度高(DNA 片段分选精度可达 99%

  •  —— 低起始量(可对ng级DNA样本进行片段筛选)

  •  —— 高回收率(50-80%的回收得率)

  •  —— 大分子DNA (脉冲场电泳分离回收kb-几百kb的大片段DNA)

  •  —— 省时间(仅需 5 分钟完成样品上样,过程全自动运行,无需人工值守)

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应用方向


NGS二代测序建库

  • 小RNA/small RNA文库回收、单细胞RNA文库、外泌体RNA测序

  • cfDNA/ctDNA循环血游离DNA/循环血肿瘤DNA测序文库

  • ddRAD-SEQ双酶切简化基因组测序文库、16S文库微生物测序文库

  • 全基因组测序(WGS)、ChIP-seq染色质免疫沉淀测序文库

  • MeDIP-seq / hMeDIP-seq甲基化DNA免疫沉淀片段测序文库

  • ATAC-seq转座酶可及染色质高通量测序文库、外显子/目标区域/遗传病 panel 扩增子文库等各种复杂样本的处理

  • 微生物16S/宏基因组测序、真菌18S、ITS等有效提高测序数据质量


代测

  • Pacbio  HiFi文库构建,Nanopore、华大序丰、齐碳科技、普译生物

  • 今是科技等纳米孔长片段文库建库、超长测序(Ultra long Sequencing)文库构建

  • 全基因组重测序、全长转录本测序、宏基因组测序、16SrDNA全长测序

  • 细胞器基因组测序、结构变异、表观遗传学、甲基化研究

  • 胚胎植入前 PGT 测序片段筛选、新型病原体的快速鉴定、外显子测序等等


分子克隆与基础分子生物学

  • 质粒酶切后目的片段 + 载体骨架精准回收、多片段同源重组、无缝克隆片段回收

  • 定点突变、载体改造、启动子 / 终止子片段回收、PCR 产物纯化、限制性酶切产物

  • 合成生物学DNA样本制备、噬菌体病毒载体(腺病毒、慢病毒)骨架及插入片段纯化

  • 制备核酸探针、细胞转染/显微注射合算样本制备、gRNA 表达模板

  • Cas 载体构建片段回收,突变检测片段筛选

  • 脱靶效应测序(GUIDE-seq)片段分选回收

  • 病原微生物(细菌 / 病毒 / 真菌)特异扩增片段纯化

  • 合成基因、基因回路、代谢通路基因簇精准分选、工程菌株

  • 酵母底盘改造大片段DNA回收、mRNA 疫苗、DNA 疫苗模板片段纯化


低起始量样品的精准浓缩回收

  • 血浆/血清cfDNA/ctDNA

  • 微量细胞/单细胞

  • 空气/冰川/岩石样本

  • 低丰度病原体等


降解样本的精准浓缩回收

  • FFPE(石蜡切片)

  • 古DNA

  • 腐烂样本

  • RNA样本等


背景极高的复杂样品的精准筛选回收

  • 废水、土壤、腐殖质、粪便、肠道内容物、痰液,脓液、临床拭子、血液、脑脊液、共生微生物、食品微生物等





案例:PCR后纯化,去除杂带,区分2.8kb和3kb
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Blue Pippin 用于PCR后纯化+去除杂带,筛选回收有生物素(Biotins)标签的目标产物DNA片段3kb,有效去除2.8kb的杂带

参考文献:Shrestha, Prakash, et al. "Single-molecule mechanical fingerprinting with DNA nanoswitch calipers." Nature nanotechnology 16.12 (2021): 1362-1370.





案例: HIV病毒精确鉴定,彻底去除非目标核酸
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DNA片段筛选磁珠 VS Blue Pippin


可以从电泳图结果中看出,对比DNA片段分选磁珠,Blue Pippin回收后产物更纯净(红色框),更精准,更聚焦于目标片段。

参考文献:FWestfall, Dylan H., et al. "Optimized SMRT-UMI protocol produces highly accurate sequence datasets from diverse populations—Application to HIV-1 quasispecies." Virus Evolution 10.1 (2024): veae019.





案例:小RNA文库高精准回收
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左图:Illumina公司miRNA文库制作中,一般small RNA测序文库的长度在140-150bp左右,杂带较多引物二聚体、接头二聚体等等,比它大的包括tRNA、rRNA等

右图:自动化回收后的目标miRNA文库,二聚体等杂带去除干净,目标条带大小准确

  • small RNA大小一般在20-30nt,包含miRNA 、siRNA和piRNA等。

  • 功能:调控基因表达和mRNA的稳定性、维持生殖系和干细胞功能以及沉默转录基因过程等。

参考资料:Automated size selection of NEB Next® Small RNA libraries with the Sage Pippin Prep™





案例:ctDNA/cfDNA回收


  • ctDNA是由肿瘤坏死、凋亡或者正常分泌到血液中的DNA片段,其携带了癌症相关的基因变异信息,在肿瘤分子层面发生变异时就可检测到,所以可以用于癌症的早期筛查,是肿瘤精准医学的重要组成部分。


  • 技术难点:肿瘤分期越早,ctDNA 含量越低,对检测手段的灵敏度要求越高。


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  • 剑桥大学研究结果表明通过片段筛选(size selection) ctDNA 在 90 -150 bp之间的片段富集,能提高循环肿瘤 DNA 的检测效果,>95%的病例中位富集超过两倍,>10%病例中位富集超过四倍。对经片段筛选的游离 DNA 进行分析,可检出常规方法无法识别的临床可干预突变及拷贝数变异


  • 文中使用Sage Science全自动核酸片段筛选系统精准筛选并回收cfDNA 样本中的90-150bp,作为ctDNA回收富集的工具

参考文献:Florent Mouliere et al.Enhanced detection of circulating tumor DNA by fragment size analysis.Sci. Transl. Med.10,eaat4921(2018)





案例:无创产前检测NIPT Plus测序


  • NIPT技术难点:胎儿游离DNA浓度低,孕12-22周时,母体血浆总游离DNA中约90%来自母体,胎源DNA含量仅为约10%。


  • 2010年,来自“NIPT之父”、香港中文大学卢煜明教授研究团队发表在Science转化医学子刊的一篇文献中指出:胎儿cfDNA与母体cfDNA在片段大小分布上最显著的区别是胎儿cfDNA在166bp峰值处的含量较低,但在143bp处存在一个突出的峰,提示胎儿cfDNA含有更多比母体DNA小约20bp的DNA分子。


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  • 片段筛选能够提高胎源DNA比例:在孕早期(12-14周),对107-145bp的短片段cfDNA进行富集,获得的胎源cfDNA平均含量(28%)显著高于常规NIPT方法所得含量(10%)


  • 通过片段筛选、富集提高胎源cfDNA的相对浓度,有助于提升产前筛查(NIPT)疑难样本的准确性




案例:PacBio HiFi测序文库构建
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全新“Range+T”模式,对HiFi文库的精细条件优化


如上图结果,同一样本的回收起点均设置为15kb,回收时间分别设置为13-30min,对于大片段DNA的筛选回收的结果会有差异。此模式的优点包括:

(1)彻底去除设置起点外的小片段DNA;

(2)可以更精准的控制文库回收的上限;

(3)可以调整HiFi文库分布的宽度,满足不同物种对于测序文库核酸片段分布的要求。





案例:纳米孔长片段DNA测序文库构建
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和核酸样本分选前对比,分选后文库短片段几乎完全去除,读长更多集中于 40 kb 及以上区间,有效避免短片段占用纳米孔,测序资源集中于长片段,大幅提升数据质量。(选择30-40kb High-Pass程序,回收起点bp设定 40 kb)



参考资料:


ONT 官方 Protocol https://nanoporetech.com/zh/document/extraction-method/bluepippin




核心参数

参数

详情

分离范围

100 bp–基因组DNA

单孔最大上样量

10μg

电场模式

直流高压 / 低压、脉冲场交变电场

回收模式

窄范围回收、宽范围回收、High Pass大片段回收、Range+T回收

回收方式

自动化回收

最优准确率

设定值 ±2%(501-600bp)

最佳重复性

99%(501-600bp)

大片段准确率

30-40kb范围>90%


代表客户:

  • 高校:清华、北大、上海交大、复旦、浙大、武大、中大、厦大、中国医科大学、首都医科大学、南京医科大学、华中农大、山东农大、河南农大等


  • 研究所:中国科学院、中国农业科学院、中国医学科学院、中国中医科学院、 军事医学科学院、中国社科院考古所、中国医科院输血所(成都)、香港基因组研究所等


  • 测序公司:华大基因、诺禾致源、安诺优达、未来组/希望组、百迈克、贝瑞基因、解码生物、浩瑞基因、康圣环球、贝纳基因、燃石医学、金域检验、苏州金维智、菲沙基因等


  • 生物公司:上海诺华、诺和诺德、药明康德、华智生物、恒瑞医药、中源协和、云南中烟、韦翰斯生物、上海凌恩生物、Illumina、中种集团、温氏食品、通州种业、齐碳生物、今是科技、普译生物等


  • 临床:协和医院、北医三院、华西医院、上海第六人民医院、精科医学检验所、广医呼研所、广医三院、第三军医大学附属西南医院、香港玛丽医院、北京胸科医院、深圳市人民医院、珠海市人民医院、深圳市妇幼保健院、武汉市中心医院、瑞金医院、中大附属第一医院等


  • 政府:中国检验检疫研究院、中国计量科学研究院生物所、中国疾控中心病毒所、深圳计量研究院、山东食品药品检验研究院、苏州食品安全中心、重庆出入境、广东省计划生育研究所、云南省计划生育研究所、江苏省动物疾控中心,上海CDC,成都CDC、湖北省CDC、广东CDC、杭州CDC、云南CDC等


部分代表文献:

  • Healey, Adam L., et al. "Newly identified sex chromosomes in the Sphagnum (peat moss) genome alter carbon sequestration and ecosystem dynamics." Nature Plants (2023): 1-17.(泥炭藻,即用于Illumina全基因组测序精准回收400bp,又用于 PacBioSMRTbell测序文库回收>6 kb的核酸片段)

  • Munson-McGee, Jacob H., et al. "Decoupling of respiration rates and abundance in marine prokaryoplankton." Nature (2022): 1-7.(海洋浮游生物,Illumina NextSeq 500单扩增基因组分选回收500±50bp,微生物宏基因组宏转录组筛选回收370bp)

  • Funnell, Tyler, et al. "Single-cell genomic variation induced by mutational processes in cancer." Nature (2022): 1-10. (癌症细胞,PromethION纳米孔单分子长度长测序,回收制备HMW DNA)

  • Rhie, Arang, et al. "Towards complete and error-free genome assemblies of all vertebrate species." Nature 592.7856 (2021): 737-746.(脊椎动物,PacBioSequeII SMRTbell  HiFi测序,分选回收12-25kb DNA)

  • Fang, Li Tai, et al. "Establishing community reference samples, data and call sets for benchmarking cancer mutation detection using whole-genome sequencing." Nature biotechnology 39.9 (2021): 1151-1160.(肿瘤细胞,PacBioSequeII SMRTbell单分子长片段DNA测序,分选回收15-50kb DNA)

  • McKenzie, Rebecca E., et al. "Using CAPTURE to detect spacer acquisition in native CRISPR arrays." Nature protocols 14.3 (2019): 976-990.(原生 CRISPR间隔序列,Illumina建库,PCR扩增后分选回收100-250bp)

  • Shrestha, Prakash, et al. "Single-molecule mechanical fingerprinting with DNA nanoswitch calipers." Nature nanotechnology 16.12 (2021): 1362-1370.(DNA纳米开关卡钳研究Blue Pippin 用于PCR后纯化+去除杂带,回收有生物素(Biotins)标签的目标产物3kb,有效去除2.8kb的杂带)

  • Malachowski, Thomas, et al. "Spatially coordinated heterochromatinization of long synaptic genes in fragile X syndrome." Cell 186.26 (2023): 5840-5858.(脆性X综合征,Blue Pippin 用于Cas9-cut 后纯化+去除杂带+筛选回收5-12kb范围片段)

  • Alfonso-Gonzalez, Carlos, et al. "Sites of transcription initiation drive mRNA isoform selection." Cell 186.11 (2023): 2438-2455.(全长转录组,Blue Pippin 用于筛选回收cDNA文库中>3kb的片段,ONT纳米孔测序)

  • Chen, W., Wang, J., Chen, S. et al. Pan-centromere landscape and dynamic evolution in Brassica plants. Nat. Plants 11, 2240–2253 (2025). (植物全基因组组装,Blue Pippin ONT超长测序建库,回收>40kb)





环  亚  产  品




环亚生物科技有限公司(APG BIO Ltd)成立于2011年,专注于引进国外创新技术和高品质仪器设备。

主推产品包括




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全自动DNA核酸脉冲场电泳回收仪--美国Sage Science


代替手工切胶和磁珠,用于二代/三代/超长测序文库、常规分子实验的精准回收




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E-Peak 全自动核酸蛋白分析系统--融萦


毛细管原理,全自动、高通量、高灵敏度、高分辨率,对核酸蛋白分离检测和质控




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E-Tracking 微孔板加样记录仪--融萦


实时追踪加样,避免加样错误,兼容384/96孔板、排管,兼容单/8/12通道移液枪




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24通道 明场 实时活细胞成像分析仪--德国innoME


6/24孔板分组对比实验,用于细胞、类器官的生长监测、划痕迁移、培养优化等




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超高通量、高密度微阵列生物芯片点样仪 --英国ArrayJet


单次可喷点上万种生物样品,制备最多1000张高密度生物芯片,用于高通量筛选




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皮升、纳升级高精度微阵列生物芯片点样仪--德国M2 Automation


生物传感器、微流控、微孔板、微柱、微针、覆膜、POCT芯片等点样,可灵活定制




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超高通量 SPRi分子互作仪--美国Plexera


表面等离子共振成像技术,无标记实时动力学检测,最多同时检测3840对分子互作




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E-Pro4 全自动蛋白质免染成像分析仪--融萦


电泳成像一体,用于蛋白、多肽的定性定量、表达分析和纯度检测等




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超高精度组织 原位蛋白功能定量分析系统--西班牙Hawk Biosystems


小于10nm距离的蛋白质相互作用定量验证,用于互作、翻译后修饰、肿瘤免疫等




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毛细管电泳生物制药分析系统--荷兰Prince technologies


纳升级全自动压力浓缩进样,全程控温,用于蛋白纯度/等电点测定、制药质控等





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