聚焦 Stellar 质谱平台｜DIA→PRM 无缝转化，临床 LDT与前沿组学全场景蛋白质组解决方案

依托超高灵敏度，深度解析脑脊液微量低丰度蛋白，为中枢神经系统疾病分型、病程监测、机制挖掘提供高质量组学数据支撑。

研究^[1]流程: Orbitrap™ Astral™ DIA 全景发现 → Proteome Discoverer™ + CHIMERYS™  搜库 → Skyline → PRM Conductor™ 一键生成高通量 PRM 方法 → Stellar™ 靶向定量。（图2）

25 分钟内实现 >800 条肽段、300多种CSF 内源蛋白PRM靶向定量。在CSF 复杂基质中达到 amol 级定量限（LOQ），最低检出2.441 amol（图3）。利用PRM Conductor™ 将 DIA 数据1 小时内完成大规模靶向方法构建，大幅提升研发效率。基质耐受性优异，CSF 从 100% 至 1% 系列稀释，信号响应线性良好，稀释至1% 仍稳定检出（图4）。使用Adaptive RT™ 功能对不同流速下保留时间漂移自动校正，保证临床大队列检测稳定性与重复性(图5)。

结合 Stellar™ 精准定量特性，开展临床 LDT 方法开发与优化。保留更多功能性低丰度蛋白，简化前处理流程，兼顾合规性与实用性，为炎症性肠病临床筛查、辅助诊断打造标准化检测体系。

研究^[2]中的样本为未经高丰度去除、未经肽段富集的人血浆，仅做常规酶解、脱盐处理，研究基于Stellar™ 质谱搭建超高通量 PRM-MS 平台，开发包含57 种血浆蛋白（含21 种 FDA 获批标志物）的健康监测 Panel（HSP），在日通量 100–300 样本梯度下完成方法优化，最终以180 样本/天通量对1002 例炎症性肠病（IBD）队列（493 例患者 + 509 例对照）进行临床验证(图6)；结果显示方法线性优异、重现性高，MS³ 可显著提升灵敏度与特异性，靶向结果与 ELISA 高度相关（r=0.907），成功验证CRP 与 A1AG1为 IBD 标志物，证明 Stellar™ 可实现高通量、高稳健性的临床蛋白组学标志物验证（图7）。

搭配血浆蛋白富集技术，结合 PQ500 绝对定量体系，依托 Stellar™ 超强定量稳定性，实现低丰度蛋白精准绝对定量，满足临床科研高标准数据要求。

研究^[3]基于Thermo Scientific™ Stellar™  质谱，结合Adaptive RT （自适应保留时间）与PQ500 重标肽，在30 分钟梯度内实现 >1600 个肽段前体离子的超高通量靶向 PRM 定量分析，在疾病血浆中检出292 种内源蛋白，94% 肽段 CV<25%、90% 肽段 R²>0.9，并借助MS³ 采集模式可以有效提升低丰度肽段信噪比（图 8），额外鉴定出约 10.3% 的蛋白与 7.3% 的肽段（图9）。成功在结直肠癌血浆中筛选出29 个显著差异蛋白（图10），为临床血浆高通量靶向蛋白质组与疾病标志物开发提供可规模化的高效方案。

免疫肽组学

深度挖掘免疫抗原肽段，解析免疫调控、肿瘤微环境与免疫应答机制，赋能肿瘤免疫、抗体及疫苗研发。Stellar™ 可实现 13 分钟超高通量分析，1 amol 超高灵敏度，tMS³ 采集模式可以提高信噪比。是肿瘤、自身免疫病靶向免疫肽组的首选平台^[4]。

单细胞 / 微量蛋白上样分析

突破样本限制，凭借 Stellar™ 超高检测灵敏度，适配单细胞、微量穿刺样本、低含量特殊组织，攻克微量样本蛋白检测瓶颈。

利用 Stellar™ 质谱的线性离子阱特性，可实现GPF-DIA (气相分级)发现到 PRM 靶向定量的无缝衔接，无需高分辨质量分析器。方法灵敏度高：可在1 ng 级蛋白上样量、低至 10 pg 的肽水平下实现准确定量。研究^[5]成功用于区分 IL-2 和 IL-15 刺激的免疫细胞。这套工作流程和传统的高 pH 反相分级（HPRP-DDA）建库方法相比，不仅简化了流程，更关键的是在极低样本量条件下依然能覆盖大量潜在 PRM 靶点，为流式分选得到的微量免疫细胞乃至单细胞样本，提供了一套可落地的靶向蛋白质组学解决方案。

图 13 展示了基于 Stellar™ 质谱的微量样本靶向 PRM 方法开发流程，核心亮点是通过 GPF-DIA 翻译库策略，实现了从非靶向 DIA 数据到靶向 PRM 方法的无缝衔接，尤其适配微量乃至单细胞级样本的分析需求（点击查看大图）

化学蛋白质组学

专属化学蛋白质组学定制化方案，助力小分子-蛋白互作、药物靶点鉴定、药物作用机制研究。

研究^[6]依托 Stellar™ 质谱，搭建了超高通量化学蛋白质组 PRM 筛选体系：单日可检测 180 个样本，有效梯度 3.5 分钟、总时长 7.5 分钟，可靶向定量 27 种转录因子（97 条肽段）。借助 PRM Conductor 快速建库与保留时间动态校正，在高通量条件下保证了数据质量；并验证了 dBET6、M-1121、(R)-SKBG-1 等药物对 BRD2/3/4、MEN1、NONO 等靶点的特异性调控，适用于药物靶点筛选及 PROTAC 化合物功能验证。

亲电性化合物 (R)-SKBG-1 可靶向结合 RNA 结合蛋白 NONO 的 C145 位点，抑制致癌转录因子功能、遏制癌细胞增殖。研究将其设为阳性对照开展 PRM 筛选，结果表明：(R)-SKBG-1 处理后，仅携带 C145 位点的 NONO 肽段信号显著下调，其余 NONO 肽段无明显改变；提取离子流图显示该特异性肽段信号近乎完全消失，火山图也印证了其他肽段无显著差异。

该高通量 PRM 平台特异性好、效率优异，可为小分子药物作用机制研究、靶点确认及候选化合物筛选提供稳定可靠的技术支撑。

图 14. (R)-SKBG-1 处理后 NONO 肽段的 PRM 定量结果（点击查看大图）