上可全自动下可纯手工，MSA芯片助力甲基化科研新突破

2024-06-26 13:37:28 Illumina因美纳（中国）科学器材有限公司

Infinium™ Methylation Screening Array（MSA，270K）

MSA是因美纳今年新推出的一款重点覆盖与常见人类特征、疾病表型、环境暴露、衰老等内容相关的 27 万个独特甲基化位点，使用 Infinium™ EX新芯片制式的甲基化基因芯片产品，专注于面向流行病学基础研究和消费者市场的转化应用。

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因美纳联合佳安卫康进行测评

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因美纳联合佳安卫康，选取不同DNA起始量、不同类型的样本对于MSA芯片的兼容性、探针质控和甲基化位点检出情况等性能进行了测试。结果显示，MSA芯片对于不同的样本类型以及不同的DNA起始量有良好的兼容性，检出结果稳定，本次测试的样本平均甲基化位点检出率高97.36%，且芯片所有探针质控良好。

除了芯片测试结果之外，佳安卫康的一线操作人员还跟我们分享了测试MSA芯片的一手心得体会，在手动实验流程测试取得了良好的结果的基础上，佳安卫康实验室目前配备了2台Tecan自动化工作站，未来可以通过自动化的实验流程实现更高的通量，助力科研用户取得更多的优秀成果。

Tecan自动化工作站

iScan芯片扫描仪

MSA探针质控评估

采用GenomeStudio软件进行MSA芯片探针评估，芯片纳入了一系列质控探针监测整个实验过程，包括非样本依赖型质控：Staining Controls、Extension Controls、Hybridization Controls、Target Removal Controls和样本依赖型质控：Bisulfite Conversion Controls、Specificity Controls、 Non-polymorphic (NP) Controls和Negative Controls。最终所有样本探针质控结果均符合参数设置，表明整体实验流程以及芯片质量良好。

非样本依赖型质控

样本依赖型质控

三种样本类型

不同DNA起始量的检测评估

本次测试选用了3种不同类型的样本，包含血液、唾液和新鲜组织，DNA起始量分别设定为500ng、750ng、1000ng、1200ng、1500ng不等，在同一张芯片的随机位置，交错排布进行了测试。结果显示，血液与新鲜组织样本的甲基化位点检出率较为稳定，各自平均达到了97.86%和98.86%的水平，且与所处的芯片位置关系不大。唾液样本的甲基化位点检出率更具有样本特异性，这可能和不同的个体来源或采样途径差异有关系，但唾液样本的平均样本检出率仍旧达到了96.79%。

iScan芯片扫描仪扫描实时界面

本次测试所有样本的平均检出率高达97.36%，初步测试结果显示，甲基化芯片MSA与唾液、血液、组织样本均具有较为良好的兼容性。

Infinium EX新制式

一手操作体验

iScan芯片扫描仪芯片加载过程

通过体验MSA芯片新制式的流程，佳安卫康实验室的小伙伴们也有一些一手的心得体会希望与我们分享。

佳安卫康的实验室主管宿欣表示：

“MSA芯片相较于我们以往的850K、935K芯片来说，可以做到更低的DNA起始量，这样对于一些珍贵的、总量较少的样本，我们可以用更少的DNA拿到更好的检测结果，给客户更好的体验。”

佳安卫康的实验员魏晓宇表示：

“实验的整体周期缩短了，现在甲基化修饰的时间只需要2小时，而且每张芯片的检测数量由原来的8样本升级到了MSA芯片的48样本，实验的效率得到了很大的提升。”

佳安卫康的实验员屈研峥表示：

“MSA芯片实验流程中的试剂组分和目前的甲基化芯片有一些变化，把原本实验需要用到的甲酰胺替换成了更环保、无毒的组分，做实验的时候会更加的安心，不需要担心职业暴露风险真是太好了。”

通过本次甲基化MSA芯片实验流程的测试，结果显示了MSA芯片对于不同样本类型和不同DNA起始量的样本均有良好稳定的兼容性，且所有探针质控表现良好，这为MSA芯片未来在不同样本的应用方面提供了可靠的保障。

总体来说，MSA芯片在更短的实验周期、更高的样本通量、更环境友好的试剂组分的前提下，实现了对不同样本类型和DNA起始量的良好兼容性。作为因美纳在Infinium™ EX新芯片平台上推出的首款商业化产品，MSA将为研究人类常见性状、常见疾病表型、环境暴露、衰老和细胞类型等领域提供更简便、更实惠且更易获取的解决方案。