探云指南 | 一键化自主实现蛋白质谱鉴定生信分析~

LC-MS/MS即液相色谱与串联质谱联用技术，由于其分析的高灵敏度一直是蛋白质定性和定量研究的常用方法。鹿明LC-MS/MS生信分析内容包括蛋白质定性定量的结果可视化和功能富集分析，而这样的分析现在动动手指就可以自己完成！

当前，鹿明蛋白质谱鉴定生信分析流程已全面上线云平台，常规质谱分析、去除背景蛋白分析都可以在云平台上完成。

图1 | 蛋白质谱鉴定生信分析主界面

云平台地址：

https://cloud.oebiotech.com/task/detail/lcmsms/

云平台使用攻略

对于无需扣除背景的项目，只需上传蛋白鉴定结果表（protein.xlsx）和肽段鉴定结果表（pep.xlsx），根据页面设置参数选择物种，填写分析样本名，再点击提交就可以等待分析结果啦。

图2 | 蛋白鉴定结果蛋白表和肽段表

不扣除背景的分析结果包含蛋白质定性定量可视化模块和功能富集分析模块，部分结果展示图如下：

图3 | 不扣除背景质谱鉴定生信分析运行结果

扣除背景也就是选择某个样本的特有蛋白进行分析，比如要在A样本中剔除B中含有的蛋白，得到A样本特有的蛋白。

这里我们可以使用表格匹配函数VLOOKUP，首先同时打开样本A和样本B的蛋白表，选择A表空白列的第2个单元格，再点击左上角的“fx”进入函数选择页面，在查找函数框中输入“VLOOKUP”，进入函数参数提示框。在查找值那里选择A表的B列，在数据表那里选择B表的B列，列序数输入1，匹配条件选择0,点击确定。也可直接在A表空白列的第2个单元格输入“=VLOOKUP(B:B,''[B-protein.xlsx]Proteins''!$B:$B,1,0)”，再双击填充。

图4 | VLOOKUP函数匹配蛋白

填充完成后，选择A表空白列的第2个单元格，点击上方的筛选，仅筛选为#N/A的数据，即可得到A组特有的蛋白。

图5 | 筛选特有蛋白

数据筛选结束后，只需将得到的特有蛋白的鉴定结果表上传，再选择物种和样本名（无需再上传肽段表），点击提交就可以得到对应的扣除背景的分析结果啦。

注：选择特征蛋白进行分析与扣除背景的操作方式类似，只需将目标蛋白的鉴定结果表上传，表格只需包含“Accession“，”Description”两列即可，肽段表无需上传，具体使用方法见使用说明。

扣除背景的分析结果只有功能富集分析模块，部分结果展示图片如下：

图6 | 扣除背景质谱鉴定生信分析运行结果

总的来说，云平台蛋白质谱鉴定生信分析工具操作流程：上传蛋白表—上传肽段表（可省略）—填写样本分析名称—选择物种—提交。

PS：鹿明云平台致力于为科研人员提供便捷的分析方法、准确的分析结果、高效的数据传输。我们会不断的添加更多新的分析内容，以及持续打磨流程和工具，请大家持续关注鹿明生物公众号动态。

如果各位老师有什么意见和建议，或者是希望增加的分析内容，欢迎在下方评论区留言~

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优雅小猫 撰文

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