2023-02-15 00:12:14, 欧易生物 上海欧易生物医学科技有限公司
(友情提示:浅色模式观看效果最佳)
一般来说,小提琴图是一种绘制连续型数据的方法,可以认为是箱形图与核密度图的结合体。与箱形图相比,小提琴图显而易见的优势在于:除了显示与箱形图相同的统计数据外,它还显示了数据的整体分布。在此,交互式的小提琴图以其简单的操作带给我们更加直观的视觉体验,来体验一下它有什么功能吧。
基于plotly插件的可交互式的小提琴图绘制工具,适用于组别为2组及以上,组内有生物学重复的数据集,可展示多组数据的分布状态以及概率密度,在数据量较大时比箱线图更适用。
01
特征丰度文件
例如alpha指数矩阵文件,第一列为样本名称,其余列为alpha多样性指数,至少一列指数(特征)数据。
02
样本分组信息文件
第一列为样本名称,需要与上述特征丰度文件中的样本名称一致,第二列为分组名称,且表头名称必须为Sample及Group。
01
主要参数
02
常用参数
01
上传文件
①请于主要参数中的特征丰度文件、样本分组信息文件处上传您所要进行分析的文件,如果此处未上传文件,您将无法得出结果。上传成功后,将会于“选择文件”后显示您上传的文件名;
此处为上传成功示例:
02
调整其他参数
①图片标题:默认为Violin Plot,可接受默认或自行输入;
②X轴标签角度:默认为45,可接受默认或点击调整;
③横轴刻度字体大小、纵轴刻度字体大小、纵轴标题字体大小:可接受默认或自行输入;
④字体类型:默认"Arial",可在下拉菜单进行其他选择;
⑤展示数据点:选择是否在图中展示数据点,当数据量较大时可选择关闭。默认为“展示”,可在下拉菜单进行其他选择;
⑥数据点大小:展示数据点的大小。默认为“7”,可接受默认或自行输入;
⑦box配色方案:平台共提供26种配色方案,包括多种期刊配色供您挑选。默认为“配色方案1”,可在下拉菜单进行其他选择;
⑧注释:用于结果的自定义标记,即历史记录中的注释处,可接受默认或自行输入。
03
最终提交
文件上传成功后请点击“提交”,右侧工作区将提示您所需时间。
如图所示区域:
01
结果展示
(图片为使用示例文件及其他参数保持默认时的结果)
分析结果图将会在此处展示,点击“进入交互式作图”可进入交互式界面进行个性化设置。
点击“恢复默认设置”将会清除所有个性化设置,此处的示例图将会自动恢复系统默认设置的状态。
02
交互式作图
03
结果说明
5.3.1、小提琴图
①小提琴图中横坐标为分组,纵坐标为指数(特征)数据;
②不同颜色的小提琴表示不同的分组;
③小提琴图中心白色矩形的上底边和下底边代表该组特征值的上四分位数和下四分位数,中间横线表示该组特征值的中位数;
④从小提琴图中心白色矩形上底边和下底边延伸出去的两条线段,其端点代表最大值和最小值(注意是非离群点的最大最小值);
⑤小提琴图中的黑点为数据点;
⑥外部形状即为核密度估计,宽度即为频率。较宽的部分代表观测值取值的概率较高,较窄的部分则对应于较低的概率。
点击欧易集团云平台界面右上角的“登录”,您可以进行免费注册,用您注册的账号登录欧易云平台个人中心,在此之后使用云平台所有的小工具将会存有记录。您可以点击下图中的“历史记录”查看使用小提琴图交互小工具的使用记录,或点击右上角“个人中心”查看所有小工具任务记录。
请问对输入文件的格式有什么要求呢?
您好,首先感谢您的咨询。我们的小工具支持txt、xls、xlsx这几种文件格式。
请问绘制小提琴图对样本数量有什么要求呢?
您好,首先感谢您的咨询。小提琴图适用于组别为2组及以上的数据集。
交互式作图可以带您更全面地了解各个层次的细节,定制您最称心的个性化图片。以上就是小提琴图交互小工具的介绍,欧易云平台正在开发更多的交互式小工具,期待您的试用反馈。
猜你想看
END
排版人:小久
原创声明:本文由欧易生物(OEBIOTECH)学术团队报道,本文著作权归文章作者所有。欢迎个人转发及分享,未经作者的允许禁止转载。
点击“阅读全文” 收获更多精彩
03-24 景杰生物
中科联换届大会召开,海光公司当选新一届秘书长单位03-24
新版GB/T 5750《生活饮用水检验方法》正式发布,海光助力水质检测03-24
生物医学测试中心细胞生物学平台3DHISTECH玻片扫描系统培训通知03-24
生物医学测试中心细胞生物学平台电镜机组NPGS电子束曝光系统培训通知03-24
生物医学测试中心共享仪器平台FlowJo基础操作及数据演示培训通知03-24
生物医学测试中心细胞生物学平台Zeiss全自动数字玻片扫描系统上机培训通知03-24
《多晶X射线衍射技术与应用》-34(第8章 X射线衍射物相定量分析)无标样法-方法的基本原理03-24 北达燕园
HPLC流动相的十个错误操作03-24 北达燕园
颜宁:讲讲如何记实验记录03-24 北达燕园
快来看这几种洗瓶子的方法,专治玻璃器皿不干净!03-24 北达燕园
24小时热门|《自然》:人体最神秘的感官,有了重要发现|人类终于在围棋上赢了AI03-24 领研网
颜宁出任深圳湾实验室主任 | 科研圈日报03-24
硕士与博士差距有多大?读博后从这5点就能直观感受到 | 荐号03-24
BMC即将截止的特刊征稿:传染病的污名化与心理健康;最新的癌症模型和传染病的心理健康 等03-24 BMC中国
全自动游离二氧化硅处理平台03-24 瀚文仪器
PerkinElmer IVIS Lumina III小动物活体光学成像系统03-24 Sarah
梦想不会发光,追逐梦想的你才是真正发光的那个03-24
《分析化学》第51卷第2期封面文章|基于曼尼希反应的聚集诱导发光效应用于灵敏检测甲醛03-24
北科大&北工大重磅Science!03-24 不可说