自带“定身诀”——10×Genomics Single Cell Gene Expression Flex 技术服务正式推出

选取新鲜样本尽快解离上机无疑是单细胞转录组测序中最为“纠结”的问题，因为现实中科研工作者不得不面临以下的问题：

• 临床肿瘤样本尚不知病理诊断结果

• 不同时间点、地点取样，多次上机，担心批次效应

• 血液样本，流式分选样本，临时预约，当天上机，急急急！

• 大量珍贵的FFPE样本在单细胞转录组测序领域毫无用武之地

问题再多总有解决的办法，迅速锁定并保持细胞状态的“定身诀”来了！欧易生物正式推出 10× Genomics Single Cell Gene Expression Flex单细胞转录组测序技术（以下简称FLEX），采用4%的多聚甲醛（PFA）对细胞进行固定，一步锁定RNA表达状态， 解决了样本储存、多样本批次处理的问题，而且还配备更加实惠的混样测序整体解决方案，并同时解锁FFPE样本的单细胞转录组测序功能！

图1 PFA固定RNA的表达状态示意图（图片引自10x Genomics官方）

图2 PBMC样本固定细胞的存储稳定性（图片引自10x Genomics官方）

有别于新鲜解离单细胞转录组测序基于poly A捕获的方法，RNA固定处理的样本（含FFPE样本）采用的是利用探针杂交捕获基因的方法（如图3中所示，LHS和RHS类似左右2个抓手，双双结合可增强特异性）。FLEX配套的杂交探针包含区分样本来源的Probe Barcode，每个样本与不同的探针进行杂交，使每个样本带上特有的Probe Barcode，数据分析时可通过识别不同的Barcode将不同样本来源的Reads区分开来。FLEX配套芯片有8个通道，每个通道最多可以混16个样本。目前FLEX方案仅可应用于人和小鼠样本，探针可覆盖的基因数分别为18000个（人）和19000个（小鼠）。

图3 FLEX方案的探针杂交示意图

图4 10× Genomics Single Cell Gene Expression Flex工作流程（图片引自10x Genomics官方）

细胞在固定和透化后可安全地储存或运输，并且不会影响数据质量。一旦准备好继续操作，将样本与探针组杂交，之后上机形成GEMs，可单个通道运行一个样本（单样分析流程），或单个通道中最多混合16个样本（混样分析流程）。在GEM中，探针与mRNA配对结合、连接并延伸。制备测序文库并开展测序（推荐测序数据量至少为10K reads pairs/cell），然后使用10x Genomics的Cell Ranger和Loupe Browser软件工具进行分析。

图5 FLEX方案应用于FFPE样本（图片引自首届10x Genomics中国空间生物学峰会）

FLEX整体方案处理过程中有两个安全停止点，即PFA固定后和探针杂交后。不同时间或批次采集的样本可以先固定，待样本集齐后即可继续开展后续实验。细胞悬液样本或液氮速冻的组织样本固定后可以在4℃保存不超过7天，或者-20℃/-80℃ 保存不超过6个月。请按照下表进行样本准备和寄送。

表1FLEX方案的样本类型及快递方式

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P．S．特别提醒，FLEX目前仅提供人和小鼠来源的样本检测服务哦！

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排版人：小久

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