2022-12-22 11:07:49, 欧易生物 上海欧易生物医学科技有限公司
伴随2022下半年10×Genomics Visium Cytassist 仪器的推出,FFPE样本的空间转录组技术服务进入V2.0时代!过往需要组织切片贴合及脱片测试,目前在该仪器上30min可完成组织切片上转录组分析物的转移,并且能获得更加准确的空间信息。
图1 | 桌面型10×Genomics Visium Cytassist 仪器展示
下面的表格让我们进一步了解CytAssist 与过往的区别。
表1 | 10×Genomics Visium CytAssist与Visium 1.0的主要区别
备注:DV200表示大于 200 个核苷酸的 RNA 片段占所有 RNA 片段的百分比
综上我们引进更好的仪器平台,为大家提供更方便快捷的服务流程!
服务流程交给我们,样本如何准备呢,小欧整理如下:
石蜡块
石蜡块不超过5年,过往低温保存可进一步保证RNA的完整性。
石蜡块务必固定在石蜡的包埋盒内,方便后续切片。
多个石蜡块为防止在快递过程中相互磕碰,需要独立包装,可采用气泡膜、锡纸、玻片盒等保护方式,最终放入一大塑料袋中统一寄送。
石蜡块冰袋快递至公司样本管理部,夏季推荐采用干冰寄送,冬季可常温寄送。
石蜡玻片
由于部分石蜡块不方便提供,如无法取出病理实验室,客户可按照以下要求提供石蜡玻片。
图2 | 10×Genomics官方推荐的品牌玻片有效区域示意图
注:A、B、C三种类型在国内均比较少见,D型可订购
石蜡玻片的规格要求
1.1 玻片规格
10×Genomics官方推荐Sigma品牌(即图2中的D 玻片),如没有可暂用国产世泰(规格类似图2中的C 玻片)替代 ,注意该品牌或其他品牌有可能导致与Visium Cytassist设备不匹配后的漏液。
1.2 石蜡切片厚度
5μm,超过该厚度会导致实验处理条件与之不匹配。
1.3 石蜡切片数量
表2 | 10× Visium CytAssist FFPE空间转录组测序石蜡切片提供量
组织贴片的位置
为保证切片选取的组织区域与Visium玻片的捕获区域精确对齐,组织贴片的位置至关重要。
图2绿色框标记的区域为有效区域,长边两边各留15mm,短边两边各留5mm,感兴趣的区域务必放置在有效区域内。
注意有标签的玻片也要符合上述标准。
切片的处理
42℃烘箱烤片处理3小时, 室温过夜干燥(建议采用图3干燥盒/密封袋内放置硅胶干燥剂)。
冰袋快递至公司样本管理部,注意保护防震,勿破损。
图3 | 干燥密封保存示意图(图中为柱状硅胶干燥剂)
过往保存的FFPE珍贵样本将在新技术的加持下发挥更大价值!快快搜索一下样本库看看哪些样本可以进一步挖掘数据,具体问题可咨询您的销售工程师或在微信公众号后台留言。
最后再特别预告另外一项新技术:最新推出的10× Genomics Single Cell Gene Expression Flex 全套解决方案将开启FFPE样本在单细胞转录组测序技术中的应用,该技术与本文空间转录组测序技术的强强联合,必将为大家带来更多研究成果!
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排版人:小久
原创声明:本文由欧易生物(OEBIOTECH)学术团队报道,本文著作权归文章作者所有。欢迎个人转发及分享,未经作者的允许禁止转载。
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