应用笔记 | 一键get：猴痘、结核、鹦鹉热、新冠、流感....多种病原微生物测序研究与应用

发表期刊：BMC Infectious Diseases

发表时间：2022年3月30日

结核病是严重危害人类健康的慢性感染性疾病，位列全球十大死因之一，同时也是单一传染病中的头号杀手。在新型冠状病毒(COVID-19)大流行之前，结核病是由单一传染性病原体导致死亡的主要原因，高于艾滋病，且我国在30个结核病高负担国家中估算结核病发病数排第3位。结核病的病原体为结核分枝杆菌，我国新疆地区是国内结核分枝杆菌最严重的流行区域之一，采用高通量测序技术对结核分枝杆菌进行基因分型可以了解当地主流分支，预测流行趋势，为临床分离诊断提供支持。

新疆喀什市第一人民医院研究团队采用华大智造MGISEQ-2000测序平台及相关建库产品，对喀什地区161个临床样本进行WGS测序，鉴定出多个谱系特异性SNP，并据此对新疆喀什地区的结核分枝杆菌进行了谱系分型。该研究对未来结核分枝杆菌的谱系确认提供了有力支持，并为该地区结核分枝杆菌的诊治提供研究依据。

发表期刊：China CDC Weekly

发表时间：2022年9月19日

世界卫生组织于7月23日宣布猴痘为国际关注的突发公共卫生事件（PHEIC），人畜共患病猴痘再次成为全球关注的焦点。一名中国籍男子被重庆市疾控中心确定为猴痘疑似病例，9月16日，该男子的临床采集样本被送往中国疾病预防控制中心进行qPCR检测，随后利用华大智造宏基因组测序策略，基于DNBSEQ-G99 测序平台对相关临床样本开展了测序工作。测序结果表明，该男子所感染的猴痘病毒(China-CQ202209) 属于西非株的B.1分枝，与2022年6月21号在德国发现的毒株 (GISAID ID: EPI_ISL_13889435)高度同源。DNBSEQ-G99有效助力溯源测序在短时间内即可得到高度可信的毒株序列全长。

图2 疱疹液样本覆盖度和深度的密度分布图和全基因组覆盖图

发表期刊：BMC Genomics

发表时间：2021年6月2日

该研究团队使用包括华大智造DNBSEQ测序平台在内的三种测序平台对一位患重症鹦鹉热患者三种体液样本进行宏基因组测序分析，鉴定了引起该患者发病的病原物种，同时对三种测序平台的性能进行了评估。研究结果表明，华大智造测序平台能够产出的有效数据多，比对覆盖到全基因组的范围广、测序深度较深，检测灵敏度高，能够准确鉴定病理样本中的主要病原，并且测序数据可用于准确组装病原基因组。华大智造测序平台适合多种样本的病原检测，能够准确得到检测结果。

发表期刊：EClinicalMedicine

发表时间：2021年9月12日

2021年5月21日至2021年6月18日，广州医科大学附属市八医院共确诊159例Delta病毒确诊病例4。国内外卫生系统数据显示Delta VOC传播力强，但国内外尚未充分认识Delta变异株的传播链、病毒动力学和临床特征等。广州医科大学附属市八医院联合广州医科大学附属第一医院等单位采用华大智造的ATOPlex技术平台和MGISEQ-2000测序仪的测序组合产品成功实现对新冠Delta病毒全基因组的测序、比对、分型和溯源。

流感病毒易发生变异，传染性强，人群普遍易感，发病率高，是全球关注的重要公共卫生问题。华大智造针对流感监测场景，推出从样本到报告的全流程靶向测序产品组合，采用ATOPlex靶向扩增技术，搭配自动化文库制备系统、多种可选通量的测序仪以及无缝衔接的数据处理系统，为用户提供简单、快速、便捷的使用体验。

图5 呼吸道微生物基因组测序组合产品

从 RT-PCR扩增、文库制备、高通量测序到数据分析的全流程

现已有多地疾病预防控制中心采用华大智造提供的基于ATOPlex 技术平台的微生物基因组测序组合产品进行流感病毒的溯源。其中，某地级市疾控中心采用MGISEQ-200测序平台对32例流感样本进行了病毒鉴定和溯源，初步建立了流感病毒自主测序和数据分析的能力。