酵母杂交Tips4_蛋白跨膜域预

2022-08-30 01:32:32, 欧易生物 上海欧易生物医学科技有限公司



还记得吗,膜体系酵母杂交筛选前,需要根据蛋白质跨膜情况,选用不同的诱饵载体,以便于与互作蛋白相连的泛素NubG和Cub-LexA-VP16可以在空间上靠近,从而被泛素特异性蛋白酶(UBPs)识别、切割、启动报告基因表达,进而筛选相互作用因子。如果不记得了… …通过下面的表格回顾起来吧



那么问题来了,虽然知道什么情况选择何种载体了,然而我的蛋白质结构到底是怎么样的呢?N端、C端到底在哪儿?以及N端有无信号肽呢?


这个时候就需要我们通过蛋白质的氨基酸序列来预测蛋白结构了。


下面,小编就来介绍几个常用的蛋白预测网站:为了方便说明,我们以一个已报道过的水稻蛋白(Golgi SNAP receptor complex member 1  Os08g0440000)为例进行介绍。


首先,找到目的基因的ORF区,翻译为氨基酸序列。如果是已登录的基因,可以直接在NCBI上下载。


下面是该基因的氨基酸序列:

MEASSWDALRKQARRLEAQLDDQMSAYRKLISMKSDGSENDIESDIERSLKQLQQVNSQMQTWVSSGGSEVLSHTLTRHMEILQDLTQEFYRLRSSLRAKQQHASLLDLRDFDRAKFDVEEGADSDQALLKEQAAISRSTGQMDTVISQAQATLGTLMLQRSTFGGITTKISNVSSRLPTINQILSSIKRKKSMDTIILSLVASVCAFLIFIYWMSK


打开在线软件TMHMM网址,输入目的序列:

https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TMHMM-2.0


然后,点击提交,等待预测结果,如下:


预测结果如图所示,该蛋白预测结果,含有1个跨膜域(197-216 aa),N端位于胞内(1-196 aa),C端位于胞外。


感觉是不是so easy,下面再介绍第二个在线蛋白预测软件Phobius。同样的,分两步走,首先找到目的蛋白的氨基酸序列,然后输入、提交、分析预测结果即可。


下面是 Os08g0440000在Phobius中的预测结果,该网站预测结果中还包含蛋白是否含有信号肽, Os08g0440000不含信号肽,而蛋白跨膜结构预测结果与TMHMM预测一致。


打开第二个在线蛋白预测软件Phobius网址,输入目的序列:

http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/phobius/


综合不同网站分析结果,再根据前面载体选择条件就可以选择相应的载体了~~~~~


对了,本例中的Os08g0440000可以选择诱饵载体pBT3-N。


做酵母双杂

选欧易生物

最后,小编再附送蛋白亚细胞定位、功能域、信号肽在线预测网站,感兴趣的小伙伴可以去进行尝试噢~~~~

蛋白亚细胞定位预测:

http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc/

蛋白功能域预测:

http://smart.embl-heidelberg.de/

蛋白信号肽预测:

https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-5.0


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END

排版人:小久


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