酵母杂交Tips4_蛋白跨膜域预

下面，小编就来介绍几个常用的蛋白预测网站：为了方便说明，我们以一个已报道过的水稻蛋白（Golgi SNAP receptor complex member 1  Os08g0440000）为例进行介绍。

首先，找到目的基因的ORF区，翻译为氨基酸序列。如果是已登录的基因，可以直接在NCBI上下载。

下面是该基因的氨基酸序列：

MEASSWDALRKQARRLEAQLDDQMSAYRKLISMKSDGSENDIESDIERSLKQLQQVNSQMQTWVSSGGSEVLSHTLTRHMEILQDLTQEFYRLRSSLRAKQQHASLLDLRDFDRAKFDVEEGADSDQALLKEQAAISRSTGQMDTVISQAQATLGTLMLQRSTFGGITTKISNVSSRLPTINQILSSIKRKKSMDTIILSLVASVCAFLIFIYWMSK

打开在线软件TMHMM网址，输入目的序列：

https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TMHMM-2.0

然后，点击提交，等待预测结果，如下：

预测结果如图所示，该蛋白预测结果，含有1个跨膜域（197-216 aa），N端位于胞内（1-196 aa），C端位于胞外。

感觉是不是so easy，下面再介绍第二个在线蛋白预测软件Phobius。同样的，分两步走，首先找到目的蛋白的氨基酸序列，然后输入、提交、分析预测结果即可。

下面是 Os08g0440000在Phobius中的预测结果，该网站预测结果中还包含蛋白是否含有信号肽， Os08g0440000不含信号肽，而蛋白跨膜结构预测结果与TMHMM预测一致。

打开第二个在线蛋白预测软件Phobius网址，输入目的序列：

http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/phobius/

综合不同网站分析结果，再根据前面载体选择条件就可以选择相应的载体了~~~~~

对了，本例中的Os08g0440000可以选择诱饵载体pBT3-N。

最后，小编再附送蛋白亚细胞定位、功能域、信号肽在线预测网站，感兴趣的小伙伴可以去进行尝试噢~~~~

蛋白亚细胞定位预测：

http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc/

蛋白功能域预测：

http://smart.embl-heidelberg.de/

蛋白信号肽预测：

https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-5.0