溶剂化参数计算——ACD/Absolv

2022-04-28 00:50:17, 胡炽文 Advanced Chemistry Development, Inc. (ACD/Labs)


概述

溶剂化参数是溶质的基本特征,是决定许多生物特性的关键因素。在某些情况下,将感兴趣的性质与溶剂化参数关联起来搭建的简单模型(Abraham方程),足以快速预测新化合物对应的性质。

Absolv模块是Pharma Algorithms公司(目前已被ACD/Labs公司收购)和M. H. Abraham教授合作开发的计算模块。它基于Abraham方程计算各种溶剂相关的性质,并预测这些计算所需的Abraham溶剂化参数。这个模块目前已经整合到ACD/Percepta软件中。


模块介绍

Absolv

Absolv模块计算的溶质属性如下,通常被称为Abraham溶剂化参数:

  • Overall solute H-Bonding acidity:

    总溶质H键酸度-α2H (A)

  • Overall solute H-Bonding basicity:

    总溶质H键碱度-β2H ( B )和β2O (Bo)

  • Partitioning coefficient between gaseous phase and hexadecane:

    气相与十六烷烃之间的分配系数-log L16 (L)

  • Polarity / polarizability:

    极性/极化率-π2H (S)

  • Excessive molar refraction:

    过度的摩尔折射-R2 ( E )

  • McGowan characteristic volume:

    麦高恩特征体积- Vx (V )


  1. 原子上的颜色强度表示每个原子或结构片段对所选参数的贡献程度 ;

  2. 计算的溶质的Abraham溶剂化参数结果 ;

  3. 软件会从训练集中挑选出5个最相似的结构及对应的实验值供用户参考 。

Absolv Equations

用户可以在Absolv equation界面,从250多个预定义的Abraham方程中计算出各种溶剂-溶剂或气体-溶剂的分配系数。 或者,可以输入任何使用预测的Abraham溶溶剂化参数的自定义方程。

  1. 使用选定的方程所得到的计算结果;

  2. 可将相应方程的结果切换为“不可见”;

  3. 所有的溶剂化方程都按其类型分组,可选择适当的选项卡进行切换查看;

  4. 溶剂化属性的名称;

  5. 用来计算特定性质的方程;

  6. 对相应方程的注释;

  7. 参考文献;

  8. 滚动选定组中所有可用的方程

  9. 在“结果”窗格中切换相应方程的结果可见/不可见

  10. 单击以打开方程管理器窗口,如下所示:

方程管理器允许定义新的、编辑或删除现有的自定义Abraham方程(如下图所示),以及查看所有预定义的方程。

新输入的方程式出现在方程式管理器和方程式窗格的相应类别下:  

后台数据库

Absolv数据库包含了7885个化合物以及由M. H. Abraham教授和其同事确定的溶剂化参数的实验值,可供用户轻松查阅。主要参考文献如下:  

  • Abraham, M. H., Grellier, P. L., Prior, D. V., Duce, P. P., Morris, J. J., and Taylor, P. J., J. Chem. Soc. Perkin Trans 2, 1989, 699.

  • Abraham, M. H., Grellier, P. L., Prior, D. V., Morris, J. J., and Taylor, P. J., J. Chem. Soc. Perkin Trans 2, 1990, 521.

  • Abraham, M. H., Whiting, G. S., Doherty, R. M., and Shuely, W. J., J. Chromatogr., 1991 (587), 213-228.




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