“德尔塔克隆（Deltacron）”冠状病毒是真的存在还是虚惊一场？

2022-01-24 10:38:21, 帝肯生命科学帝肯（上海）实验器材有限公司

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图片来源：FusionMedical Animation / Unsplash

临近年关，大家对疫情的关心也胜过平常。虽然国内的疫情一直控制的比较好，但是国际形势很不乐观。疫情对大众的影响不止是身体层面的，更是心理和精神层面的。近期网传的SRRS-CoV-2“新突变—德尔塔克隆（Deltacron）”让不少人感到恐慌。让我们一起来了解一下。

“Deltacron”事件发生的始末

1月5日印度媒体的一则关于“Deltacron” 的报道，引起了公众的轰动，随后澄清系误报。

1月8日，据彭博社报道，塞浦路斯大学生物科学教授Leondios Kostrikis在地中海东部的一个小岛国塞浦路斯发现了一种“新”的冠状病毒。他将这种菌株称为“Deltacron”，“因为在Delta基因组中识别出了类似Omicron的遗传特征”，并声称“和他的团队已经发现了25例这种病毒的病例”。但是随后有科学家对其说法进行了反驳。

1月9日，英国伦敦帝国理工学院病毒学家Tom Peacock指出，塞浦路斯大学的“Deltacron”序列看起来很明显受到了污染，它们没有在系统发育树（进化树）上聚集，并且在其他Delta主干上有一个完整的Omicron的Artic引物测序扩增字。

同日，另一位传染病专家—亚特兰大埃默里大学的Boghuma Kabisen Titanji博士，也提出了对“Deltacron”的质疑，她认为目前可获得的信息指向了样本污染，而不是delta和Omincron的重组突变体。

同时，她也认为，冠状病毒确实可以发生重组。如果一个宿主细胞同时包含了两种不同的冠状病毒基因组，如delta和Omicron，DNA复制酶可以重复从一个基因跳到另一个基因组，结合每个基因组的不同元素，创造出一种混合病毒。

1月11日，WHO对“Deltacron”进行了辟谣，认为所谓的“新型突变”其实很可能是数据“污染”引起的一场误会。世卫组织Covid-19技术负责人Maria Van Kerkhove博士表示，“Deltacron”可能是测序过程中发生污染的结果。他还表示，由于在本次大流行期间出现了同时感染流感和Covid-19的病例，因此有可能感染不同变体的SARS-CoV-2。

也就是说，这种污染可能是因为同一个病人受到了不同突变型的SARS-CoV-2感染，导致最终的测序数据分析结果中出现了不止一种病毒类型。而且这种测序数据“污染”存在于样本源头，无法通过实验或者分析手段去避免污染。目前大多数科学家一致认为“Deltacron”是数据“污染”导致的结果，并不是真的新型突变。到底是否真的存在“Deltacron”，仍需要大量的数据支持。

此外，WHO并未对“Deltacron”的命名进行官方认可，所以大家尽可能的放轻松。但是不管新冠病毒未来会怎么突变，我们都要做好个人防护，顺顺利利地过一个春节。

如何进行实验室日常的污染防治管理呢？

样本污染一直是生物实验室最关心和注意的问题，尤其对于核酸检测来说，极低拷贝的核酸污染，都会影响检测结果的判断。这里简单总结几点预防样本污染的注意事项：

实验室分区。qPCR检测须要有独立的扩增区。qPCR产物容易引起工作区域有气溶胶污染，须与其他区域独立，尤其是扩增前样本处理区域。对于NGS标准实验室，分区更为严格，参考李金明老师的《高通量测序技术》。

不同分区的实验设备和耗材也必须是独立使用。不建议不同分区共用设备耗材，减少交叉污染；如实验室条件有限，换区时需及时清洁设备，密封耗材等。

勤换手套。实验操作不当是导致实验污染的主要原因。实验过程中出现液体飞溅等情况须及时更换手套，并用70%乙醇或者消毒液处理工作台面，将污染降低到最小；

样本标记。实验过程中，免不了多次转移样本到不同的PCR管或者PCR板中，及时对样本标记是保证整个实验流程不会出错的重要环节。

保持实验室清洁。除了设备和实验室的日常维护清洁，实验耗材也需在使用完及时封好，避免长时间暴露而造成污染。实验产生的垃圾做及时清理，尤其是qPCR产物，且不能破坏封膜。另外，每天对实验室进行紫外照射。

Tecan在新冠病毒突变监控中能做些什么？

其实从2019年底疫情开始，Tecan也一直努力为抗疫前线尽一份力量，从自动化核酸提取与检测到自动化文库构建。基本覆盖了全线所需的产品。此外，Tecan还推出了使用Celero EZ文库构建试剂盒对SARS-CoV-2进行基因组检测的解决方案。

在常规的工作流程中，首先使用qPCR或其他定性方法对患者样本进行分析，以确定是否存在病毒。在确认阳性结果后，对阳性样本进行全基因组测序(WGS)，以确定病毒变体。不同版本ARTIC SARS-CoV-2引物序列可在Github网站下载使用。

Celero EZ是一个快速、自动化的解决方案，用于为Illumina测序仪制备文库。结合Tecan公司的专利技术，如片段化酶和NuQuant定量等，使Celero EZ可以在一个工作日内完成从样本到测序仪的流程 (图1)。

图1.SARS-CoV-2, ARTIC-Celero-EZ实验流程：从RNA样本提取到最后的测序数据。

用户友好的Celero EZ实验流程与其他样品到序列的解决方案不同，该方案无需连接后的磁珠纯化，并结合了Tecan专有的NuQuant文库定量，取代了耗时费力的传统方法。

另外Celero EZ可以与Tecan DreamPrep NGS自动化平台整合，使实验室轻松实现全自动化高通量文库构建。DreamPrep NGS包含三个独立机械臂（灵活8通道机械臂、96/384通道机械臂和抓板机械臂），并整合了线上PCR仪（ODTC）和酶标仪，以及方便易操作的触屏面板。让实验室工作更方便高效。

参考资料

[1] Wuhan seafood market pneumonia virus isolateWuhan-Hu-1, complete genome. NCBI Reference Sequence: NC_045512.1.Bethesda: National Center for Biotechnology Information; 2020.Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_045512.1 [cited 2020 May 29]

[2] Hoffmann M.,et al. Cell 2020. 181(2):271-280.

[3] V3 ARTIC primer sequences on Github: https://github.com/esha-joshi/artic-ncov2019-nextflow/blob/master/primer_schemes/nCoV-2019/V3/nCoV-2019.tsv

[4]https://artic.network/ncov-2019

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