2021-11-10 11:39:40, 小迈 武汉迈特维尔生物科技有限公司
● 期刊:Metabolomics
● 发表时间:2021.
2021年11月,华中科技大学同济医学院附属协和医院药学部研究团队在Metabolomics期刊发表题为“Precise pathological classification of non‑small cell lung adenocarcinoma and squamous carcinoma based on an integrated platform of targeted metabolome and lipidome”的研究文章。该研究通过代谢组学和脂质组学实现非小细胞肺腺癌(LUAS)和鳞状细胞癌(LUSC) 精准分型。迈维代谢为该研究提供了全谱代谢组学检测和分析的技术支持。
肺癌是世界上发病率和死亡率最高的恶性肿瘤,五年生存率不到20%。非小细胞肺癌约占肺癌的85%。在非小细胞肺癌中,肺腺癌和鳞状细胞癌是最常见的亚型。它们的分子结构、遗传特征和治疗方法有很多不同,因此准确区分这两种亚型非常重要。
LUAS组和LUSC组代谢差异的鉴定
OPLS-DA显示LUAS和LUSC组存在显著差异,Permutations显示该模型在预测性能方面是可靠的。共检测到1141种内源性代谢物中,根据Fold Change (FC)和VIP值(FC>2/ < 0.5和VIP > 1.0)筛选了差异成分。差异代谢物的筛选结果显示,共鉴定出19种差异代谢物,包括3种下调和16种上调的差异代谢物。
不同代谢物诊断效力的鉴定
在LUAD组和LUSC组之间筛选出19种差异代谢物。探索人口统计学特征对人群血浆代谢谱是否有影响,发现19种差异表达代谢物的水平不受这些因素的显著影响。
为了评估这些代谢物的诊断效力,基于逻辑回归模型绘制了每种代谢物或不同代谢物组合的ROC曲线。在所有诊断模型中,选择了四种差异代谢物(2-(Methylthio)ethanol, Cortisol, d-Glyceric Acid,N-Acetylhistamine)的逻辑回归模型。该模型被证明是一个理想的诊断工具,其ROC曲线下面积为0.946 (95%置信区间为0.886–1.000)。
KEGG功能富集分析
使用KEGG数据库对筛选的代谢物进行了富集途径分析。相关途径可分为维生素消化吸收、核黄素代谢、甘油脂代谢、ABC转运蛋白等。根据KEGG途径分类的丰富因素,这些差异表达的代谢产物可进一步富集于核黄素代谢、类固醇激素生物合成、前列腺癌等。
值得注意的是,富集因子最高的途径(类固醇激素生物合成和前列腺癌)都是由于皮质醇的差异表达。通过The Cancer Genome Atlas (TCGA) database进一步研究了皮质醇相关基因。结果表明,类固醇激素急性调节蛋白(StAR)是皮质醇产生的限速蛋白,是LUAD和LUSC的重要因素。
本研究具有一定意义,但目前的研究存在一些局限性。首先,样本量太小,并且在LUAD和LUSC组之间分布不平衡。第二,缺乏验证集。第三,本研究不包括一组健康人血浆样本,用于与LUAD/LUSC患者进行比较。
本文采用迈维代谢明星代谢组学产品——全谱代谢组检测方案,在此基础上,迈维代谢现已推出全谱PLUS代谢组学检测方案,欢迎广大科研工作者合作体验。
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