2021-03-01 12:27:29, 华大智造 深圳华大智造科技有限公司
全球新冠病毒感染者已经突破百万,形势依然严峻,实时对病毒的全基因组监测能够帮助我们直观了解病毒的变异,传播和进化,对于临床的治疗和耐药研究具有指导作用。
华大智造基于ATOPlex定制化产品平台开发的超高重PCR扩增技术,可在单管中实现病毒全长基因组的富集,并结合双唯一barcode防串扰技术和DNBSEQ测序技术,最大程度真实还原病毒的全基因组序列,最低只需要1 Mreads即可满足病毒全长基因组的覆盖。
ATOPlex SARS-CoV-2 Full Length Genome Panel V1.0不仅能够对全基因组进行检测还能对病毒的浓度进行相对定量,通过掺入的已知拷贝数的人工合成DNA序列,能够准确获取样本病毒载量信息;整个实验操作只有3步,手工时间1小时,样本不需要分管,最大程度降低样本交叉污染风险。
图1:产品设计和工作流程
ATOPlex SARS-CoV-2 Full Length Genome Panel V1.0能够快速准确低成本获取病毒全基因组信息,针对极端样本,也能有很好的检出,并且与水样本有显著差异,对于临床上低病毒载量样本(比如咽拭子、鼻拭子)尤为适合,能够降低假阴性,减少漏检风险。
图2 :梯度稀释病毒培养物在1M原始数据下检测到的病毒基因组的覆盖深度
借助基于ATOPlex SARS-CoV-2 Full Length Genome Panel V1.0试剂盒产品并结合基于DNBSEQ的高通量测序方法,科学家可以快速识别并获得SARS-CoV-2病毒全基因组、病毒耐药性、病毒载量等生物学信息,用以跟踪遗传变化,并快速应对疫情爆发。
ATOPlex多重PCR定制化平台是华大智造自主研发的以超高重PCR技术为核心的产品定制平台。该平台涵盖了DNA、RNA和DNA甲基化方向,可以满足科研、医药、司法、农业、DTC等相关领域的个性化基因检测产品定制。ATOPlex多重PCR定制产品平台提供产品设计、建库试剂,此外,还可以提供该系列产品基于MGISP-100或者MGISP-960 的自动化建库技术平台。
图3:ATOPlex平台
Q&A
1. ATOPlex SARS-CoV-2 Full Length Genome Panel V1.0是如何解决overlap的问题?
Padlock技术将一个目标区域的F/R特异性引物通过一个唯一的互补序列进行锁定,防止不成对引物的扩增,能够有效的避免overlap区域的扩增,因此只需要一个引物池即可完成全基因组的扩增。
2. ATOPlex SARS-CoV-2 Full Length Genome Panel V1.0扩增子长度是多少?引物设计的位点在哪儿,内参和外参分别是什么?
扩增子长度范围159-199bp,平均长度189bp,总共259个扩增子,位点覆盖整个病毒的全基因组序列,内参的靶标是GAPDH基因,外参是我们人工合成的一段已知浓度的DNA序列。
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