临床代谢组学研究常见问题（一）

A：生物标志物的验证也是非常有技术含量的工作：

a. 通过非靶向找出来的生物标志物或者组合，我们需要从定量代谢组学的层面进一步去确认其在生物样本中的浓度，确立一个合适的ROC-cutoff值；

b. 若通过靶向定量代谢组学或者经过靶向定量确认后，最重要的一个生物标志物验证方式是收集多中心的临床样本，从而进行进一步验证；

c. 从机制研究层面，可以通过分子生物学手段再加以验证，代谢基因、功能蛋白或代谢流的研究都是生物学层面的验证。

A：关于细胞样本，我们发现贴壁的细胞用刮刀的方式进行收集所检测的代谢物种类相对更多，但是重复性取决于细胞的种类和实验人员本身的技术水平。所以我们实验室在大规模收集细胞样本的时候通常采用消化的方法。

A：使用血液样本进行代谢组学研究，可以使用血浆、血清、全血及干血斑（DBS）等样本类型均可。在检测之前，我们必须采用高比例的有机溶剂进行蛋白沉淀和代谢物的提取。大分子的小肽和蛋白会发生化学变性，离心沉淀或采用过滤的方式去除蛋白，从而避免大分子物质对内源性小分子代谢物产生干扰。其中蛋白沉淀及代谢物的提取方法均需通过方法学考察，否则也会大大影响小分子物质的提取效率。

A：有的。这项研究在慢性阻塞性肺疾病COPD的研究中比较成熟，我们在肺癌、胃癌等疾病研究中已经做过了一些探索。

A：差异代谢物组合的判断是需要技巧的，并不是说数学上统计出来p<0.05的top的组合就可以了，没有生物学和医学背景的模型研究人员一直在这么做。但实际上组合的优化一定是统计模型和代谢通道两者兼顾再优化的结果，是“代谢组学驱动下的分子生物学机制研究”。

A：NIST SRM1950是美国标准品物质研究所提供的，我们用这份标本实现了在不同国家、不同实验室、不同仪器设备、不同时间采集的数据矫正，保证我们两国（中美）四地（上海、杭州、北卡、夏威夷）产生的数据的整合。我们定量代谢组学的平台用这份样本作为独立外部质控。所以，不管是气质还是液质平台，这份标本都适用，并且是未来实现全球代谢组学数据统一的唯一机会。

A：即使是使用高分辨质谱进行鉴定时，同样需要与标准品物质的保留时间和母离子及子离子的m/z信息相匹配，没有保留时间（单靠质谱信息或精确分子量）等信息协助，只能算是推断，需要进一步用标准品来验证。如果经费有限，建议采购匹配度最高的对应物质的标准品来排查。

A：非常有必要！全世界代谢组学最好的公司Metabolon、Biocrates，包括我们麦特绘谱的共性即是强大的代谢组学标准品库。对于非靶向代谢组学研究来说，没有标准品库，就没办法对差异变量进行准确定性；对于定量代谢组学而言，无法获得标准曲线和质控。

A：动物的饮食量、饮水量都要如实记录，在后续的分析当中会用到。硅烷化衍生的气质联用非靶向技术平台可以有效的避开食物、植物和药物代谢物的影响，这也是为什么我们优选这个平台进行快速筛选差异代谢物和代谢通道的原因之一。