从“不可成药”到“可调控”：Biacore助力相分离药物研发新突破

在急性髓系白血病（AML）治疗中，三尖杉酯碱（Homoharringtonine，HHT）已应用多年，但其直接作用靶点长期并不明确。

北大药学院屠鹏飞，曾克武团队在iMeta上发表了文章，确定了EWSR1是HHT在AML细胞中的特异性细胞靶点。机制上，HHT直接结合EWSR1的RNA识别基序，显著促进其相分离。EWSR1液滴在促进YTHDF2的招募中发挥特定作用，导致针对包括TNF受体超家族成员在内的AML细胞增殖关键因子的m6A RNA衰减减弱。

研究团队首先通过化学蛋白质组学筛选，从超过20,000种蛋白中发现EWS RNA Binding Protein 1（EWSR1）可能是HHT的重要作用靶标。随后，需要回答一个关键问题：HHT是否真的与EWSR1直接结合？

为此，研究人员采用Biacore SPR技术进行了验证。实验结果显示，HHT与EWSR1存在明确而稳定的结合，其解离常数（KD）约为6.13 μM。

在相分离研究中，仅仅观察到细胞内凝聚体变化并不足以证明药物作用机制。SPR提供了直接的分子互作证据，证明HHT对EWSR1的调控并非间接效应，而是来源于真实的药物-靶点结合。对于相分离蛋白而言，仅确认结合关系还远远不够。

由于大量相分离相关蛋白富含内在无序区（IDR），缺乏稳定结构，因此药物作用位点的解析往往十分困难。在EWSR1研究中，研究人员通过蛋白截短、突变分析与SPR检测相结合，进一步确定HHT主要结合于EWSR1 C端RNA Recognition Motif（RRM）结构域。随后结合光亲和标记、质谱分析以及分子对接，确定T393、P396、I400等关键氨基酸参与药物结合。

从“是否结合”到“结合在哪里”对于相分离药物研发而言，这些信息往往是从现象观察走向机制确证的关键一步。

四川大学华西医院姜昊教授等团队发表研究论文，首次揭示了TFAP2β在食管鳞癌（ESCC）中的抑癌作用。研究发现，TFAP2β依赖自身IDR区域形成核内凝聚体，通过相分离组织转录调控网络，抑制ZNF131等癌基因表达。研究人员进一步筛选得到小分子A6。A6并不是传统意义上的酶抑制剂，而是能够直接增强TFAP2β凝聚体形成能力的相分离调控剂。

当针对计算机模拟和质谱预测的核心药物结合口袋氨基酸残基进行双位点突变（R382AN380A）后，该突变体与A6的结合信号急剧减弱，SPR结合常数明显丧失，直接证实了小分子A6是通过Arg382和Asn380残基与靶蛋白发生特异性直接识别。后续实验证实，A6结合后能够稳定TFAP2β构象，并暴露其IDR区域，从而促进凝聚体形成。

Cell Metab的重磅研究，由第二军医大学（Naval Medical University）的Jin Hou团队完成。他们不仅发现了一个全新的、由脂质代谢物直接诱导的细胞颗粒——Lipid-Induced Granule (LIG)，更精妙地解析了其如何通过“相分离”捕获促纤维化mRNA，从而在脂肪肝向纤维化进展的过程中构建了一道天然防线。

研究人员发现，花生四烯酸代谢产生的脂质分子能够诱导RNA解旋酶DDX49发生相分离，组装形成一种全新的凝聚体结构：Lipid-Induced Granule（LIG）。

在DDX49-LIG研究中，Biacore SPR提供的正是这种“从相关性走向因果性”的关键证据。它帮助研究者把一个显微镜下观察到的凝聚体现象，转化为能够被药物研发利用的分子机制。

研究团队从天然产物中筛选发现，淫羊藿苷（Icariin，ICA）能够显著增强应激颗粒形成，并在脑缺血再灌注及卒中模型中发挥明显的神经保护作用。然而，要证明ICA是真正的相分离调控剂，仅观察到应激颗粒增加并不足够，研究人员必须回答一个关键问题：ICA是否直接作用于G3BP1？

为此，研究团队引入SPR，结合分子对接和突变分析，证实ICA能够直接结合G3BP1，并锁定其作用区域位于G3BP1的NTF2L结构域。

进一步研究发现，K50（Lys50）是其中的重要识别位点。当这一位点发生突变后，ICA与G3BP1之间的相互作用显著减弱，表明该残基在药物识别过程中发挥着关键作用。SPR在这里提供了药物与靶蛋白直接结合的核心证据，使后续所有机制推断建立在明确的分子互作基础之上。

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