Matthias Mann最新文章：ZenoTOF 8600 蛋白质组分析的“六边形战士”

一、SCIEX ZenoTOF 8600极速超敏多重碎裂质谱介绍

ZenoTOF 8600质谱是SCIEX在2025年发布的最新的高分辨质谱，集“极速、超敏和多重碎裂”等创新技术优势于一体，在整体性能上取得了显著的提升；实现不同蛋白质组应用方向上的能力跃升。

全新ZenoTOF 8600质谱通过整合SCIEX最灵敏三重四极杆系统的尖端离子源与离子传输技术，进军高分辨质谱分析市场；轻松应对少量样本，包括单细胞蛋白质组高效分析。

创新ZT Scan DIA 2.0采集技术，可在用户自定义的一级质量范围内进行单位分辨率扫描；助力在超高样本分析通量的前提下，精准定性和定量蛋白质组以及蛋白质修饰组。

SCIEX ZenoTOF 8600质谱兼顾CID和创新的EAD碎裂技术，实现多重碎裂模式；满足蛋白质结构深度分析的需求，如蛋白质从头测序、免疫肽组、蛋白质翻译后修饰、top-down蛋白质组等。

SCIEX ZenoTOF 8600质谱采用创新Mass Guard技术，有效屏蔽无效的带电离子，显著提升系统整体耐受性，保证开展大规模队列蛋白质组分析的实用性与数据质量。

ZenoTOF 8600质谱结构示意图

二、ZenoTOF 8600质谱蛋白质组分析的“六边形战士”

Matthias Mann团队系统地评估了ZenoTOF 8600质谱在蛋白质组不同应用方向中的性能表现。研究结果表明，在发现蛋白质组、定量蛋白质组和蛋白结构分析等不同的应用方向上，ZenoTOF 8600质谱都展现出优异的性能，是蛋白质组分析的“全能王”。

在常规蛋白质组分析中，ZenoTOF 8600质谱由于定量和定性能力的提升，在深度发现蛋白质组性能显著提升。在ZenoTOF 8600质谱全新采集方式的加持下，可以实现约10 000个蛋白质和190 000个肽段的鉴定。其中，可定量蛋白的数量占比约99%，蛋白定量的相对标准偏差在3%。结果表明，ZenoTOF 8600质谱不仅能够实现深度蛋白质组的鉴定，同时达到可定量蛋白质组的全新高度。

ZenoTOF 8600质谱

深度发现蛋白质组分析结果展示

超高通量蛋白质组分析的核心意义在于将深度蛋白定量从“少量样本的精细研究”扩展到“大规模队列的系统测量”，为临床转化、生物标志物发现和人群级研究提供可行的技术基础。成为推动蛋白质组学从科学研究工具走向常规应用的必须路径。

ZenoTOF 8600质谱

高通量蛋白质组分析结果展示

在搭载Evosep Eno全新高通量蛋白质组LC系统下，在常规蛋白质进样量分析和60-500 SPD（samples/day,日分析样本量）不同分析通量实验中，ZenoTOF 8600质谱展现出优异的定性和定量能力。如在500 SPD样品分析通量和200ng的K562蛋白进样量下，可以实现约4900个蛋白质的鉴定；其中可定量蛋白质超过4500个。实验结果表明ZenoTOF 8600质谱在超高的样本分析通量下，兼顾蛋白质组的鉴定深度和定量能力；适用于大队列的蛋白质组分析。

单细胞蛋白质组研究能够直接解析细胞间真实的功能异质性，弥补转录组与群体平均测量的不足，是理解生长发育、疾病发生发展、生物互作等生物学机制的关键。ZenoTOF 8600质谱通过超高灵敏前端离子传输、Zeno Trap高占空比检测与全新ZT Scan DIA采集技术，实现单细胞尺度下兼顾深度覆盖、定量稳定性与高通量的高质量蛋白质组测量。

ZenoTOF 8600质谱

单细胞蛋白质组分析结果展示

在单个Hela细胞的分析中，ZenoTOF 8600质谱平均实现3700个蛋白质的鉴定；在10个Hela细胞蛋白质组分析时，可以实现6300个蛋白质的鉴定。在单细胞深度蛋白组分析的同时，ZenoTOF 8600质谱的全新ZT Scan DIA采集方式显著提高了定量性能，实现大于80%的发现蛋白质的精准定量。

无标记定量蛋白质组学无需同位素或化学标记即可直接比较不同样本间蛋白丰度变化，具有流程简单、成本低、样本兼容性强和通量高的优势，特别适合大规模队列研究、临床样本分析以及探索性生物学研究，是将蛋白质组学从“小样本精细分析”推向“真实世界复杂样本与人群研究”的关键技术路径。

ZenoTOF 8600质谱

无标记定量蛋白质组分析结果展示

在人源、酵母和大肠杆菌混合物种的蛋白质组实验中，ZenoTOF 8600质谱保证超过12 000个蛋白的鉴定的同时，无标记定量得到的蛋白质组的定量结果和实验设计的理论预期高度一致。结果表明ZenoTOF 8600质谱在实现蛋白质组深度覆盖的同时，确保检测的结果具备定量的价值；为满足大队列蛋白质组分析中，挖掘出具备生物学功能意义的差异表达蛋白质提供保证。

通过对预先定义的关键蛋白或肽段进行高灵敏、高重复性的精确定量，靶向蛋白质分析能够在复杂生物样本中可靠地验证生物标志物、监测通路变化等；是连接发现蛋白质组与临床转化、药物研发和精准医学应用的核心技术手段。ZenoTOF 8600质谱的Zeno MRM^HR（增强高分辨多反应监测）靶向蛋白质组分析技术融合三重四极杆质谱的灵敏度和高分辨TOF检测深度特异性，通过MRM^HR，在一次采集中同时获取所有碎片离子的高分辨MS/MS信息，在实现传统MRM灵敏度的同时显著提升特异性与抗干扰能力。结合Zeno Trap高占空比检测与可调Q1分辨率，实现低至attomole级的定量、稳定的峰采样点数以及对复杂基质中低丰度靶标的可靠确认，确保定量的精准度。使发现型DIA采集技术与靶向验证在同一平台无缝衔接，特别适合生物标志物验证与转化研究。

ZenoTOF 8600质谱的MRM^HR

靶向蛋白质组分析结果展示

文章中报道了基于ZenoTOF 8600质谱的MRM^HR技术优化了靶向蛋白质组分析的质谱参数，显示出MRM^HR对于Zeno SWATH DIA和ZT Scan DIA在定量性能上的提升。文章显示，ZenoTOF 8600质谱的MRM^HR在实现attomole定量灵敏度、超过4个数量级线性的同时，具备优异准确度和重现性。结果表明ZenoTOF 8600质谱是兼具差异蛋白组的深度发现和精准确证的一站式蛋白质组分析平台。

蛋白质的结构，包括翻译后修饰（如磷酸化、乙酰化、糖基化等）的分析，能真正理解蛋白如何被调控、如何执行功能以及如何在疾病状态下发生功能失衡；这使研究从“蛋白是否存在、多少变化”提升到“蛋白以何种功能状态参与生命过程”，是生物学功能、疾病研究和精准干预的关键基础。EAD（Electron‑Activated Dissociation）通过电子驱动的碎裂方式在不破坏易碎翻译后修饰（如磷酸化、糖基化、乙酰化）的前提下，产生以c/z离子为主的骨架碎片，从而在保持蛋白或肽段结构信息完整性的同时，实现修饰位点的高置信度定位与精细结构解析；EAD 更适合解析功能性修饰与构象相关信息，是将蛋白质组学从“序列层面”推进到“结构与功能状态层面”的关键技术。

ZenoTOF 8600质谱的

EAD在蛋白翻译后修饰分析结果展示

在文章中，作者报道通过直接靶向帕金森病关键位点——α‑synuclein的pS129磷酸化修饰的研究。结果清晰展示了质谱分析如果停留在“蛋白是否变化”的层面，α‑synuclein在组别间是没有变化的；也无法在复杂生物体系中区分蛋白丰度稳定但功能状态发生显著改变的真实病理信号。同时，借助CID与EAD多重碎裂的互补优势，实现了修饰位点的高置信度定位与准确定量，发现α‑synuclein 的 pS129磷酸化修饰水平存在显著。证明了ZenoTOF 8600质谱单一平台即可完成“全局发现+疾病相关PTM精准解析”，为蛋白质组学深入机制研究和临床转化提供了关键技术范式。

三、ZenoTOF 8600质谱“六边形战士”助力全面蛋白质组研究