Biozen™ Oligo色谱柱用于mRNA Poly A尾的降解检测

概述

信使RNA（mRNA）的poly A尾是腺苷的重复序列（A），它是疫苗和基因疗法开发中常见的形态。在3''端，该尾巴长度的增加为“核心”序列提供了额外的稳定性，该序列可保证细胞核中mRNA的稳定和细胞质中mRNA的降解，调配mRNA与核糖核蛋白的结合以及随后的宿主免疫反应。鉴于mRNA稳定性的挑战以及当前递送方式的挑战，了解poly A尾降解的情况是改善治疗的重要方式。在此应用中，使用RNase H酶酶解了1250个核苷酸的mRNA核苷酸链，然后将其进样到Biozen 2.6μm Oligo中。我们证明了HPLC和高分辨率质谱法（HRMS）区分自然降解的聚A尾的能力。

LC条件

色谱柱：Biozen 2.6μm Oligo

规格：50x2.1mm

货号：00B-4790-AN

流动相：

A: 95mM HFIP, 5.7mM DIEA水溶液

B: 7.1mM HFIP, 2.1mM DIEA于80%甲醇溶液

梯度：

Time (min)

%B034535

45.6

805080

50.5

3603

流速：0.3mL/min

进样量：5μL

温度：70℃

仪器：Vanquish™ UHPLC

检测：HRMS

HRMS 条件

扫描方式：Full MS

极性：负极

分辨率：140,000

AGC目标：3e6ms

Max IT：200ms

扫描范围：450 to 3500m/z

扫描方式：MS2

分辨率：35,000

AGC目标：1e5ms

Max IT：50ms

离子源：HESI

离子源温度：320℃

鞘气压力：30psi

辅助气压力：8psi

电喷雾电压：3000V

S-lens RF Level：50

辅助气体温度：30℃

图表1. 总离子流图中的单核苷酸分辨率：Poly A尾<5ppm

图表2. mRNA Poly A尾长度与相应保留时间