Illumina ctDNA文库富集方案：为体细胞变异提供高灵敏度的定制富集检测

Illumina ctDNA文库富集方案：为体细胞变异提供高灵敏度的定制富集检测

前言

利用血浆中提取的游离DNA（cfDNA）搭配新一代测序技术（NGS），可作为开展无创评估癌症生物标志物的新兴工具。组织中出现的基因组变异通常以极低的丰度存在于cfDNA中，因此需要采用具有高分析灵敏度和特异性的检测方法。lllumina cfDNA Prep with Enrichment是一种创新灵活的定制富集文库制备检测方法，采用集成分析流程，可利用Illumina NGS平台检测低频单核苷酸变异（SNV）、插入和缺失（Indel）、拷贝数变异（CNV）和基因融合。集成的工作流程兼容用户定义的定制富集panel，起始量低至10 ng cfDNA ，且具有较高分析灵敏度和特异性。

材料与方法

在本研究中，文库均使用20ng起始材料制备。起始材料来自患者的cfDNA、市售的cfDNA参考标准品、类cfDNA人工样本（cfDNA参考标准品的变异掺入到cfDNA样本中）以及来自细胞系的核小体制备物（npDNA）。文库制备完成后，使用不同规格和形式的panel对文库进行富集，然后在NovaSeq™ 6000、NextSeq™ 2000和NextSeq™ 550仪器上测序，并使用BaseSpace™ SequenceHub上的DRAGEN™ for ILMN cfDNA Prep with Enrichment App进行分析。使用两种不同的定制panel（80bp-ssDNA 55Kb和2000Kb）。

图1：Illumina cell-free DNA Prep with Enrichment工作流程

结果

分析灵敏度和特异性

表1：不同变异类型的分析灵敏度和特异性

CNV和基因重排检测

表2：使用不同大小的panel检测基因融合和CNV的VAF和FC，检测率≥95%

定制panel可实现卓越的分析灵敏度

（因美纳和第三方供应商）

图4：使用cfDNA、0.2% VAF SNV的类cfDNA或变异值为0.5% VAF的cfDNA参考标准品制备的文库进行变异检测。用A中描述的panel对文库进行富集

这些结果表明：Illumina cfDNA Prep with Enrichment和DRAGEN™ for IILMN cfDNA Prep with Enrichment Analysis对0.2% VAF SNV的分析灵敏度>90%，对0.5% SNV、插入缺失和基因重排的分析灵敏度>95%。同时还证明了针对低丰度基因扩增和基因缺失具有高分析灵敏度。该检测方法是一种多功能的定制富集解决方案，针对起始量低的cfDNA进行了优化，在1-plex和4-plex富集形式的变异检测中显示出高度一致性。Illumina cfDNA Prep with Enrichment支持多种panel规格，与因美纳或第三方供应商提供的探针形式兼容。

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仅供研究使用，不得用于诊断。