布鲁克US HUPO会议最新发布

2024-03-18 16:54:56, 4D-组学老虎队布鲁克（北京）科技有限公司-质谱仪器

USUS HUPO

布鲁克最新发布

Novor V2.0软件采用了一种针对HLA肽段优化的先进机器学习算法，能从从头测序的多肽中发掘免疫肽段信息，并进一步提升鉴定水平

TwinScape™结合iRT™标准多肽的数字化监测技术智能反馈功能确保timsTOF最高性能 – 远远超出“正常运行时间”

新型glyco-PASEF^®方法用于超高灵敏度4D糖肽分析

Spectronaut^® 18软件现在已向Bruker ProteoScape™用户全面开放

Biognosys推出高通量ENRICHMENT血浆蛋白质组学，可以实现约55,000条肽段对应4500种蛋白质大规模定量分析（1% FDR）

PreOmics^®蛋白质组学样本前处理工具BeatBox^®，可实现更高效快速的细胞裂解和FFPE/FF组织均质化

2024年3月11日，在美国俄勒冈州波特兰举办的第20届美国人类蛋白质组学会议（以下简称“US HUPO”）上，布鲁克（纳斯达克股票代码：BRKR）发布了其在免疫肽组学、糖蛋白质组学和其它4D-蛋白质组学工作流程方面的最新进展。布鲁克在高深度、大规模蛋白质组学、糖组学和多肽组学研究解决方案中的最新进展，与其它领先的生命科学工具相辅相成，为后基因组时代提供了支持。这些工具不仅促进了分子和细胞生物学的研究，还为理解疾病生物学提供了重要视角，并为下一代分子诊断和药物发现中的生物标志物研究奠定了基础。

US HUPO会议更新技术进展包括：升级的机器学习从头测序软件 (Novor V2.0)、一款新型高性能数字监测软件 (TwinScape)、用于高灵敏度糖肽分析的glyco-PASEF新方法、以及为Bruker ProteoScape用户提供Spectronaut 18访问权限。ProteoScape是一款基于GPU的用于实时4D-蛋白质组学数据分析软件，目前支持通过Biognosys进行directDIA^®分析。

A. 推进癌症免疫治疗研究

布鲁克利用新软件Novor v2.0提升timsTOF HT和timsTOF Ultra系统用于从头测序免疫肽组学分析性能。这款软件是与Rapid Novor Inc. 合作开发的，通过利用超过140万张谱图训练集，这些谱图映射到超过15万条HLA肽段，可以用于研究从临床活检获取的微量样本。

图：布鲁克免疫肽组学工作流程（图：Business Wire)

德国图宾根大学多肽免疫学教授兼转化免疫学医学主任Juliane Walz博士评论道：“我们的研究重点是免疫学领域，以及针对肿瘤和传染病的新型多肽免疫疗法的开发。布鲁克将捕集离子淌度（TIMS）与飞行时间（TOF）质谱相结合，使其能够快速灵敏地检测HLA肽段。基于此项技术，我们已经将良性参考免疫肽数据库扩展到超过15万条HLA多肽。这使得我们能够高置信度地鉴定肿瘤相关抗原，以加快免疫疗法的发展。”

B. 使用TwinScape实现timsTOF最佳性能

TwinScape是一种新型数字化性能监测和质量控制引擎，能够利用iRT标准多肽来确保样品制备和LC-MS的使用过程中的最佳性能。在后基因组时代的协同多组学研究中，覆盖深度、稳健性和可扩展定量的结合尤为重要。而TwinScape使更大规模的对照研究和有效的跨实验室可比性成为了可能。

西奈健康研究中心副负责人、卢南菲尔德-塔南鲍姆研究所所长、加拿大多伦多大学分子遗传学教授Anne-Claude Gingras表示：“我们蛋白质组学仪器平台会支持各种不同项目，确保仪器拥有最佳性能并且始终了解其动态将显得至关重要。布鲁克ProteoScape、TwinScape和Biognosys iRT试剂盒的组合已成为我们监测仪器不可或缺的一部分，它们确保我们的一切工作按照最高标准运行。特别是TwinScape，它非常适合对质量控制和系统性能进行长时间观察，对于确定样品、LC或MS是否存在问题特别有用。”

C.新型glyco-PASEF方法用于超高灵敏度4D糖肽分析

布鲁克展示了与乌得勒支大学Heck团队合作开发的具有选定目标离子区域功能的新型timsTOF glyco-PASEF方法。同时，还推出了与拉德堡德大学的Van Gool团队合作开发的GlycoScape软件，以及密歇根大学Nesvizhskii 团队开发的MSFragger-Glyco软件。

乌得勒支大学化学和药物科学教授、荷兰蛋白质组学中心科学主任Albert Heck博士指出：“我们很高兴能够利用timsTOF平台的独特优势在糖蛋白组学领域取得了开创性成果，现在我们已经将这一技术转化为glyco-PASEF方法进行糖生物学研究。”

目前，布鲁克提供用于早期测试的GlycoScape™实时糖蛋白组学软件，该软件由拉德堡德大学的Alain van Gool团队开发。

此外，布鲁克还宣布MSFragger-Glyco软件现已支持timsTOF数据。密歇根大学计算医学、生物信息学和病理学教授、MSFragger的创始人 Alexey Nesvizhskii博士表示：“我的团队对 MSFragger 在超快搜索（包括翻译后修饰肽的鉴定）方面的受欢迎程度感到满意。我们的软件完全支持PASEF数据解析，我们也很高兴布鲁克会随着timsTOF仪器提供这个软件。这一认可证明了我们的工具对timsTOF生成的蛋白质组学数据具有广泛适用性。”

D. dia-PASEF^®软件升级

Bruker ProteoScape的最新版本引入了Spectronaut 18模块，基于GPU分析获取实时检索结果，其中包括无需数据库搜索的directDIA。此外，Bruker ProteoScape现在还将TIMS DIA-NN软件升级到3.0版，提高了定量分析的准确性。