如何进行质谱化合物参数优化？

化合物参数优化

描述如何用针泵连续进样(10ul/min)，在Manual Tuning 窗口下优化化合物参数。

找母离子：Q1 MS全扫描

A、选择你的 project；双击 Navigation Bar 下的 Manual-Tuning；从 Scan Type 下拉菜单中选择：Q1 Scan (Q1)；选择极性：Positive(正离子)、Negative（负离子）；勾选Center/with选项；设置采集时间Duration: 5min；在表格中Center（Da）栏填入待优化化合物的分子量，With(Da)栏填6，Time（sec）填1；左侧Source/Gas项用以下推荐值：CUR 10，IS:5500(正离子) 或-4500（负离子），TEM0，GS1 15，GS2 0，ihe on；Compound项用以下推荐值：DP 60，EP 10或默认值；

B、运行针泵（10ul/min）,点击start采集数据，待左侧窗口TIC序号稳定后再继续采集1min，点击stop，在TIC图上按住鼠标左键托选最后1min谱图，再双击选中的谱图，在下方弹出窗口记录目标化合物峰的中心对应的横坐标分子量作为该化合物的准确分子量。

找子离子：Product Ion Scan（MS2）

A、在当前方法文件的Scan Type下选择 Product Ion Scan （MS2）；去除Center/with选项；在Product of栏填入上一步找到的母离子的准确分子量；在表格中start(Da)栏填50，stop(Da)栏填入质量大于母离子分子量即可，Time（sec）填1；检查Source/Gas项是否与Q1扫描时相同（CAD 默认值即可)；Compound项设定DP 60， EP 10或默认值，CE 5，CXP 15或默认值；

B、点击start采集数据，手动调节CE值（每次增加5），直到右侧质谱图中母离子的信号约只有最强碎片离子信号三分之一左右，再保持继续采集1min，点击stop，在左侧TIC图上按住鼠标左键托选最后1min谱图，再双击选中的谱图，在下方平均谱图中记录两个最强的碎片离子分子量。

优化离子对参数：MRM

A、在当前方法文件的Scan Type下选择 MRM；在表格中Q1栏填母离子分子量，Q3(Da)栏子离子分子量，Time（msec）填50，ID栏填化合物名称（信号强的离子对名称后空格加1，信号弱的为2），每个离子对填一行；检查Source/Gas项是否与Q1扫描时相同（CAD 默认值即可)

B、点击 Edit Ramp 钮，出现以下窗口，在parameter下拉菜单里选择DP,用默认值，点击OK.

C、点击start开始优化，在右侧质谱图上记录峰轮廓最高的位置对应的横坐标的DP值，填入Compound的DP项。

D、点击 Edit Ramp 钮，在parameter下拉菜单里选择CE,用默认值，点击OK，点击start开始优化，采集结束后在右侧质谱图上按鼠标右键并选择相应的离子对，记录其峰轮廓最高的位置对应的横坐标的CE值，再在上方表格内点击鼠标右键选择CE单击，表格中则会显示不同离子对的CE值一栏，填入刚才记录的各离子对的最优CE,最后点击菜单File save即可保持该化合物参数，填入方法名称即可.