2023-06-02 16:09:49, 质谱创新组学 上海欧易生物医学科技有限公司
LC-MS和GC-MS技术是目前代谢组学研究常用的两大技术平台,GC-MS会更适用于分子量小,易挥发性的化合物,而LC-MS适用于极性强的化合物和中等极性的化合物,所以两大平台对于物质检测都有一定的局限性和偏向性。鹿明生物搭建LC-MS+GC-MS双平台解决这一卡脖子问题,代谢物的检出量得到显著提升,实现了强极性+弱极性代谢物全覆盖。究竟有哪些具体内容呢,跟着小鹿一起来看看吧。
(1)LC-MS数据库-EMDB数据库:针对人、动物内源性代谢物建立的专属质谱数据库,包含标准品数据库和人工校对数据库,内源性小分子标准品库容量2500个,总库容量10000个。主要包括氨基酸及其衍生物、有机酸及其衍生物、碳水化合物及衍生物、有机杂环类、核苷类及衍生物、吲哚类及其衍生物、类固醇及衍生物、胆汁酸及衍生物、酰基肉碱类、溶血磷脂类、苯类及暴露组相关的等共计13大类代谢物,涵盖糖酵解/糖异生、TCA循环、苯丙氨酸代谢、色氨酸代谢、类固醇生物合成、类固醇激素生物合成、初级胆汁酸生物合成、甘油磷脂代谢等几十余条重要代谢通路。
(2)GC-MS数据库-LUG 4.0:具有自主知识产权的GC-MS数据库—LUG 4.0(Untarget database of GC-MS from Lumingbio,Version 4.0),专利号:ZL202010401911.0,内源性小分子标准品库容量1500个,总库容量3000个。覆盖了包括脂类、氨基酸、脂肪酸、胺类、醇类、糖类、氨基糖类、糖醇类、糖酸类、有机磷酸盐类、羟基酸类、芳香类、嘌呤类和甾醇类等多种物质。LUG数据库中的代谢物含有HMDB, KEGG, CAS识别号、物质分类等内容,信息更全面,方便后续进行代谢物功能研究
(3)商业及其他公共库已更新至最新版本:
A:最新HMDB 5.0版本(含有132335种代谢途径,覆盖了136878种代谢物或外源性物质)
B:最新METLIN数据库(包含85,000个代谢物标准MS/MS图谱)
C:Lipidmaps 数据库(收录超过8大类、4万种脂质,300种亚类、170万种脂质分子的MS2 & MS3数据库;)
(4)自建库所有标品均在自己仪器上建立,非外买库。样本实际检测所用液相、色谱柱、质谱仪、参数与自建库建立时完全一致,有效保证样本检测结果与自建数据库图谱的可比性以及数据准确性
(5)搜库方式升级:自建库中所有代谢物均包含保留时间信息,搜库采用保留时间+标准质谱图匹配(代谢物鉴定金标准),定性更准确;
图1 | 不同数据库搜库匹配实例
(注:上图为通过不同数据库及不同搜库方式得到的定性结果,通过实际的匹配情况及得分情况,可以发现通过保留时间及标准质谱图匹配可靠性最高)
(6)代谢物信息更丰富:提供保留时间、一级精确质量信息、二级质谱碎片信息、代谢物分类信息、分子量、分子式、CAS号、主流数据库ID编号(HMDB编号、METLIN编号、LIPIDMAPS编号、Pubchem编号)、KEGG号、InChIKey,方便研究者对代谢物进行信息溯源。
(7)聚焦功能代谢组:LUG4.0和EMDB2.0全面覆盖糖酵解/糖异生、TCA循环、苯丙氨酸代谢、色氨酸代谢、类固醇生物合成、类固醇激素生物合成、初级胆汁酸生物合成、甘油磷脂代谢等几十余条重要代谢通路。
图2 | 部分重要通路标准品覆盖情况
TOP级期刊生信分析:
A.基础分析:本套分析实现从海量的数据中筛选出关键代谢物及代谢通路,深度解析生理病理调控过程,解释生物过程的复杂性和整体性。
图3 | 标准分析内容
B.个性化分析:结合临床表型等指标,深度数据挖掘,从“因”和“果”两个层面来探究生物学问题,提升研究的完整性、广度和深度。
图4 | 机器学习标志物筛选
图5 | 部分高级分析
C.多组学联合分析:进行KEGG和相关性分析,从直接关联和间接关联两个维度,多角度挖掘重要基因、代谢物和通路。
图6 | 联合分析部分内容
近三年项目交付上千,样本数量达15万以上,助力客户发表多篇高分文章,广获业界好评和肯定!
小鹿推荐
以上为鹿明生物双平台LC-MS和GC-MS代谢组技术的最主要的看点和分析内容。鹿明生物一直致力于提供远超行业常规标准的服务,为不断追求极致的用户体验,我们衷心的希望可以助力各位老师科研更轻松!
有需要咨询的老师请联系欧易/鹿明生物当地销售工程师或者拨打服务热线17317724501联系我们哦~
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