3年累计影响因子30+ | 如何实现用一个组学发表3篇文章？

2023-02-15 00:12:14, 欧易生物上海欧易生物医学科技有限公司

相信很多人在做完测序后会有如下的疑问：我的一套组学数据只能发一篇文章？答案当然不是，只要充分做好数据挖掘工作，通过转换研究角度，不断进行发散延申，就能做到一花多果、一鱼多吃，产出多篇文章！这样的诱惑谁能抵挡的住？接下来我们就一起来学习“别人家”的团队如何在一套全基因组重测序结果基础上，做数据挖掘和下游工作的延展，在3年内累计发表影响因子30+的高质量文章！

2021年9月29日，陆军军医大学西南医院柴进教授为通讯作者，在国际经典医学综合期刊 EMBO Molecular Medicine(IF: 14.260)发表了题为“A homozygous R148W mutation in Semaphorin 7A causes progressive familial intrahepatic cholestasis”的研究论文。利用全基因组重测序（WGS）联合生信技术对家族遗传性肝内胆汁淤积性肝病（PFIC）患者及其家系成员进行分析，在已知的 PIFC 基因内均未检测到突变，通过进一步对 WGS 数据进行分析，首次发现并确诊了由 SEMA7A^R148W纯合子突变所导致的PFIC。研究通过构建与SEMA7A^R148W纯合子突变患者相似的Sema7a^R145W小鼠模型，发现Sema7a^R145W纯合子突变的特征是血清ALT、AST和TBA水平升高，肝细胞显著的水变性和脂肪变性。同时，Sema7a^R145W突变降低了肝脏Bsep和Mrp2的蛋白表达，导致肝内胆汁淤积。

欧易生物在本研究中承担全基因组重测序和分析工作，文章解读详情请点击以下链接：

https://mp.weixin.qq.com/s/DnpWvc9fmB8d7ytmenI5eQ

图1 一个罕见的SEMA7A纯合子R148W突变新病例

根据先前Sema7a^R145W突变小鼠的肝细胞脂肪变性特征，研究人员推测SEMA7A突变可能导致了脂质代谢紊乱和非酒精性脂肪肝（NAFLD）的发育。沿着这一线索，随后2022年8月8日，在JCI Insight(IF: 9.484) 发表了题为“SEMA7A^R148W mutation promotes lipid accumulation and NAFLD progression via increased localization on the hepatocyte surface”的研究论文，表明SEMA7A^R148W突变是NAFLD的一个新的遗传决定因素，并揭示了SEMA7A^R148W突变在NAFLD发展中的分子机制。

该文章通过对470例NAFLD患者进行了SEMA7A外显子测序，鉴定了17例具有SEMA7A杂合子突变的患者，且SEMA7A杂合子突变与NAFLD严重程度的增加相关。通过靶向代谢、定量脂质以及蛋白组学分析，Sema7a^R145W突变通过增强PKC-α的磷酸化，从而刺激小鼠肝脏中脂肪酸（FA）和甘油三酯（TG）的合成和FA的摄取，这些物质增加了肝脏中小脂滴的积累，导致了NAFLD的发生和发展。

图2 SEMA7A^R148W突变导致肝细胞内脂质积累的潜在机制

前期研究发现了SEMA7A^R148W在胆汁淤积症和脂肪肝疾病的发生和发展中发挥重要作用，炎症反应恰恰是参与这两类疾病的重要免疫反应。因此2023年年初，柴进教授团队继续挖掘SEMA7AR148W突变在肝脏炎症中的分子机制，在Cell Communication and Signaling(IF: 7.525)发表了题为“Semaphorin 7A interacts with nuclear factor NF-kappa-B p105 via integrin β1 and mediates inflammation”的研究论文，发现SEMA7A^R148W突变可通过NF-κB p50/p65通路在炎症中发挥关键作用。

在SEMA7A^R148W突变和SEMA7A^WT高表达模型中，SEMA7A通过整合素β1和NF-κB p105相互作用，促进p50的生成和NF-κB p65信号通路的激活。被激活的NF-κB p50/p65信号通路可刺激TNF-α和IL-1β的合成和分泌，导致肝脏炎症的过度积累。此外，肝细胞癌（HCC）患者和HCC小鼠模型中均发现SEMA7A表达水平的升高，这也表明SEMA7A具有广泛的临床意义，可能成为炎症和肿瘤发生的治疗靶点。

图3 SEMA7A在肝细胞中的潜在炎症机制

总的来说，整个研究的开端是从PFIC家系中，通过WGS分析挖掘到一个新的遗传位点，针对挖掘到的纯合子突变结合模型实验，阐明PFIC的发病机制和治疗方案。随后，根据之前实验中发现的表型特征，推测该突变可能与另一肝内疾病NAFLD相关，通过相应的高通量手段揭示了其在NAFLD发展中的分子机制。最后，总结前两个疾病的共同特征找到新的研究方向，证明该突变发现的广泛临床意义。

抓住一个组学发现的结果，通过变换研究角度，深挖下游机制，你也可以“三年抱三”，大喊真香！如此利用一套组学数据进而开展系列研究，你学会了吗？

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陆军军医大学西南医院消化内科/全军消化病研究所成立于1956年，为国家首批、全军最早的消化系病硕士及博士学位授权点、博士后流动工作站、国家临床药理基地等。先后获评为国家重点（培育）学科、国家临床重点专科、重庆市消化病研究所、全军消化病研究所、重庆市高校重点实验室等。同时，消化内科也是卫生部内镜诊疗技术培训基地、国家临床药理基地消化专科病房等。先后为中国医院科技影响力排行榜消化病学上榜科室，复旦排行榜消化病学提名科室等。柴进教授团队医疗岗、科研岗等长期招聘博士毕业生、博士后入站申请等，具体详情见网址：https://mp.weixin.qq.com/s/qBxragDUC23NuT7RRE77AA

参考文献：

[1] Pan Q, Luo G, Qu J, Chen S, Zhang X, Zhao N, Ding J, Yang H, Li M, Li L, Cheng Y, Li X, Xie Q, Li Q, Zhou X, Zou H, Fan S, Zou L, Liu W, Deng G, Cai SY, Boyer JL, Chai J. A homozygous R148W mutation in Semaphorin 7A causes progressive familial intrahepatic cholestasis. EMBO Mol Med. 2021 Nov 8;13(11):e14563.

[2] Zhao N, Zhang X, Ding J, Pan Q, Zheng MH, Liu WY, Luo G, Qu J, Li M, Li L, Cheng Y, Peng Y, Xie Q, Wei Q, Li Q, Zou L, Ouyang X, Cai SY, Boyer JL, Chai J. SEMA7AR148W mutation promotes lipid accumulation and NAFLD progression via increased localization on the hepatocyte surface. JCI Insight. 2022 Aug 8;7(15):e154113.

[3] Li X, Xie W, Pan Q, Zhang X, Zhang L, Zhao N, Xie Q, Ding J, Chai J. Semaphorin 7A interacts with nuclear factor NF-kappa-B p105 via integrin β1 and mediates inflammation. Cell Commun Signal. 2023 Jan 30;21(1):24.

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