网络药理学 | 靶点GO/KEGG注释和富集分析
2022-11-17 09:10:16, 小维 武汉迈特维尔生物科技有限公司
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上期我们介绍了关于网络药理学中对疾病靶点预测的相关内容分享，在网络药理学的研究中，获取到这些信息之后，往往会进行GO和KEGG通路富集分析，整体上来看一下中药对于疾病治疗所影响的通路有哪一些。本期我们就具体利用几个网站来看一下如何获取这部分的信息。
1.使用网站：
Metascape（https://metascape.org/gp/index.html#/main/step1）
用途：用于绘制GO或KEGG条形图；可以用于绘制通路之间相关关系网络图和PPI图，且绘制出的该类图片可以用Cytoscape打开编辑。
是一个功能强大的基因功能注释分析工具，可以批量对基因和蛋白质进行功能注释以及富集分析，同时也可以用于构建PPI网络，导出的图形可以直接在Cytoscape中进行调整。该网站每个月更新一次，2019年该网站的开发者总结文献中使用结果发表Nature communications文章。
以GeneCards上获取的肾病相关靶点进行分析：
①在首页中打开靶点相关的文件（支持格式为excel、CSV、txt）或者直接粘贴相关的内容（支持Gene Symbol、Gene ID、RefSeq），点击“submit”，网站会自动识别输入内容的格式；之后在Step2中对“Input as species”进行选择，最后选择自动分析（Express Analysis）还是可以手动修改的分析方式（Custom Analysis）即可；
②网页跳转之后，点击网页上的“Enrichment”，接着对需要进行分析的内容进行选择，例如要进行GO分析，则只勾选“GO Molecular Functions、GO Biological Processes、GO Cellular Components”，若进行KEGG分析，则选择与KEGG Pathway相关的选项即可；选择完成后点击“Enrichment Analysis”进行分析；
③分析完成后，点击“Analysis Report Page”即可看到分析完成的图片结果，点击“Gene List Report Excel Sheets（下载注释和富集分析结果Excel格式）”或者“Gene List Report PPT Sheets（下载富集图片PPT格式）”或者“All in One ZIP File”
2.使用网站DAVID（https://david.ncifcrf.gov/)
用途：用于对基因进行KEGG和GO注释和富集分析，只能输出分析结果表格，不能输出条形图；
以GeneCards上获取的肾病相关靶点进行分析
①鼠标放在首页上的”Shortcut to DAVID Tool”，在下拉选项中选中“Functional Annotation Clustering”进入查询界面；
②在查询界面依次输入所需要分析的内容：Step1-输入gene list或者打开相应文件；Step2-选择输入内容的格式（一般是gene symbol或者gene ID）；Step2a-输入物种信息（输入human）；
Step3-选择“Gene List”；Step4-点击“Submit List”提交进入下一步。
③接下来需要选择富集分析的条目：取消勾选全部，选择GO或KEGG进行注释和富集分析；选定之后点击页面下方的“Functional Annotation Chart”进行分析。
④分析完成后，点击下载按钮下载分析结果，结果以网页版本展示，复制到txt文档中即可。
3.使用网站：
KOBAS（http://kobas.cbi.pku.edu.cn/）
用途：用于基因列表或表达数据KEGG注释和富集分析，无法出具可视化图片；
以GeneCards上获取的肾病相关靶点进行分析
①将鼠标放在首页上”Enrichment”上，点击出现的“Gene-list Enrichment”进入分析界面；
②进入分析界面后，首先选择“species”和“input type”，选定后在“input”处贴入待分析的数据，在页面下方选择分析来源的数据库“PATHWAY”、“DISEASE”、“GO”，点击“RUN”按钮开始分析；
③分析完成后，点击“Download total terms”即可下载所有的注释富集结果，结果文件格式为txt。
通过以上网站获取的GO或者KEGG富集分析的结果，最终需要利用R语言来进行气泡图的绘制，关于这部分内容我们就不做详细介绍。
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