用户分享 | 华大智造DNBSEQ-G99新冠测序助力超大型城市的疫情应对

2022-10-28 02:47:05, 赋能用户的深圳华大智造科技有限公司

今年以来，奥密克戎变异毒株主导的新一轮疫情在全球迅速扩散，当前仍然呈现高位运行的态势。“防患于未然”，全力筑牢疫情防控坚固防线，牢牢守住不发生规模性疫情底线，能够最大程度减少疫情对经济社会发展的影响。10月24日，深圳市疾病预防控制中心实验室负责人吕子全博士表示，“通过测序来明确传播链，能够确保及时''斩链''、遏制病毒传播。”

奥密克戎及其变异株病毒具有传播快、潜伏期短、隐匿性强、无症状感染者多、源头多、成因不明等特点，给融入全球化和区域一体化的中国城市尤其是超大城市的抗疫增加了很大难度。作为人口密度全国第一、同时拥有完整的海港、空港、陆地口岸、具有超高的人口流动性的超大型城市，深圳面临着巨大的压力。面对多点源爆发的疫情，深圳市长期保持着大范围的核酸检测和高强度的基因测序。

5小时跑完SE100测序，87例样本同时上机

牢牢守住不发生规模性疫情的底线

超大型城市的疫情应对，可能会面对短时间内激增的大量阳性样本的考验，需要快速完成大量的测序工作和溯源分析，才能牢牢守住不发生规模性疫情底线。吕子全博士提到，“从2022年初至今，我们团队目前已完成了4000多例样本的测序工作，其中的1000多例样本是在华大智造最新推出的基因测序仪DNBSEQ-G99（下文简称“G99”）平台上完成的，这主要是兼顾了测序通量和测序时效性的考量。”

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作为中小通量机型中速度最快的基因测序仪之一，G99能够满足大规模测序的时效性要求。“我们采用单端测序、每个Read长100bp，在多款测序平台的比较中，我们发现：能像G99一样在5小时之内跑完SE100的机型通量往往不够大，不能满足多个样本同时上机的需求；能像G99一样测序通量在10-50Gb区间内的机型测序时长至少在10小时以上。”

“在最近一轮的深圳疫情应对中，有一天单日新增感染者数量非常多，G99对其中的87例样本进行了测序，当天早上8点上机、当天夜里凌晨1点出了结果，测序深度和测序覆盖率等指标表现优秀。这一点非常重要。这一点使得我们抗疫前线能够快速准确地判断疫情形势，越快向外界公布溯源结果，越能让我们的国家和人民安心地在抗疫后方生活、工作。”

稳定运行、不跑空

高质量完成疫情应急使命

城市是各种资源和要素最集中的地方，重大新发突发传染病疫情一旦发生在城市，往往波及面广、扩散快、防控难度大，具有高度的复杂性和难以预测性。“科学精准”是超大型城市疫情应对的刚需，对疫情的精准识别是关键。吕子全博士补充道：“对于疾控中心在疫情中应急使用，测序平台的稳定性非常关键。G99的测序稳定性非常好，我们跑了42张测序载片，平均Q30%>93.15%。”

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对1000+新冠样本的测序数据进行统计分析，结果表明：G99实测数据产出高于预期（平均产量112M reads，>80M reads），每张载片的下机数据达标率>97.62%（41/42)、测序稳定性好，数据质量高。

样本随时来，随时测

单/双载片灵活上机，成本可控

在每一轮疫情的应对中，大家都非常关注超大型城市的单日新增感染者数量。从突发到爆发高达峰值的几十例、几百例稳步下降至个位数，每一例复核确诊的新冠阳性样本，都可以通过测序技术进行病毒基因的溯源分析，从而确定传播链条以及明确疫情感染者间的传播代际关系。

G99配备双载片测序平台，支持单载片上机、双载片同时上机、双载片滚动上机，以及混合读长的双载片混动上机测序等多种测序模式，可以更轻松地应对不同时间节点、不同读长的测序需求，可以满足疫情期间样本随时来、随时测的需求，样本量多的时候不需要等待排队上机，样本量少的时候也不会带来一次开机成本过高的资源浪费。