生信小工具 | R语言实操，学习R的一万种理由
2022-10-27 23:10:10, 小维 武汉迈特维尔生物科技有限公司
学习R的一万种理由
⚫ R 是免费、开源的！！！
⚫ R 具有强大的统计计算功能和便捷的数据可视化系统
⚫ R 社区非常活跃，有大量的第三方包来实现各种各样的功能可以自由修改代码或自己编写函数/包满足个性化需求
⚫ ……
R 基础
注：以下内容均以 Windows 10 操作系统为例。
安装 R
1.前往下载链接：
https://cran.r-project.org/mirrors.html，选择中国镜像下载 R 安装包
2.如选择清华镜像：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
3.进入 R 下载地址
依次选择Download R for Windows → install R for the first time →Download R-* for Windows （* 为版本号），下载 R 安装器后进行安装
安装 RStudio（可选）
为了方便 R 语言环境的使用和代码编写，推荐使用 RStudio。
1.安装 RStudio 前务必安装好 R
2.RStudio 下载地址：
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
3.点击 RStudio Desktop下方DOWNLOAD 按钮
跳转至安装器链接，点击2.Download RStudio Desktop. 下方的下载按钮，下载适合自己电脑系统的 RStudio 安装器后进行安装
4.在开始菜单栏中找到 RStudio 点击运行以启动 R
R 包
R 中的包（Package）是一些为了便于分发和传播而封装在一起的函数和/或数据集的集合。在电脑中安装包， 便可以扩展 R 的功能。
发布 R 包最主要的仓库是 CRAN （Comprehensive R Archive Network），也是 R 默认使用的仓库。此外还有其他的仓库，如生物信息学领域常用到的 Bioconductor。
镜像配置（可选）
由于 CRAN 的主服务器在国外，官网链接经常不稳定，或者速度很慢，可以配置使用国内的镜像路径，提高下载速度。
⚫ 使用命令进行镜像配置：
# 设置 CRAN 镜像为清华源
options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
# 设置 Bioconductor 镜像为清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
⚫ 图形界面手动配置 CRAN 镜像
RStudio：依次选择菜单栏中的Tools→Global Options...→Packages→primary CRAN repository，点击Change...按钮，在弹出框中更换默认 CRAN 镜像地址
RGui：依次选择菜单栏中的 程序包 → 设定CRAN镜像，在弹出框中选择国内地址镜像
安装包
⚫ 使用 install.packages() 函数来安装 CRAN 中的包，括号中写上要安装的包名（注意包名必须添加英文半角状态下的单/双引号），如 ggplot2：
install.packages("ggplot2")
⚫使用BiocManager::install() 函数来安装 Bioconductor 中的包，如 ComplexHeatmap：
# 先安装 BiocManager 包
install.packages("BiocManager")
# 再使用BiocManager 包中的 install() 函数 ComplexHeatmap
BiocManager::install("ComplexHeatmap")
⚫ 注：当 R 安装一个包的时候，该包依赖的所有包也都会被自动安装。
加载包
使用 library() 函数来加载已安装的包，括号中写上要加载的包名，以加载 ggplot2 包为例，运行：
library(ggplot2)
结束语
至此，我们就对 R 语言有了基本的认识，了解 R、RStudio 和 R 包如何安装。下一期我们再用 20 分钟，极速入门R 语言使用和基本图形绘制，敬请期待~
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